31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0869 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0869  type III secretion system protein HrpB  100 
 
 		 301 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.371286  decreased coverage  0.00150472 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5852  HrpE/YscL family type III secretion apparatus protein  33.55 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0423  type III secretion system protein HrpB  33.9 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00673327  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5635  HrpE/YscL family type III secretion apparatus protein  33.99 
 
 		 335 aa  89.7  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0813541 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1899  type III secretion system protein HrpB  34.42 
 
 		 270 aa  86.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.890859  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1991  type III secretion system protein HrpB  34.42 
 
 		 277 aa  86.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03397  type III secretion system protein HrpB  34.78 
 
 		 233 aa  85.1  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0745  type III secretion system protein HrpB  36.65 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.694748  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0628  type III secretion system protein HrpB  39.56 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2204  type III secretion system protein HrpB  39.56 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2287  type III secretion system protein HrpB  39.56 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0183918  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5938  HrpE/YscL family type III secretion apparatus protein  33.04 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0582913 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1949  type III secretion system protein HrpB  39.56 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238143  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1636  type III secretion system protein HrpB  39.56 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0685  type III secretion system protein HrpB  39.01 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.129872  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3746  HrpE/YscL family type III secretion apparatus protein  30.68 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0212499  hitchhiker  0.00667574 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4745  HrpE/YscL family type III secretion apparatus protein  30.36 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.528631 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4223  HrpE/YscL family type III secretion apparatus protein  30.36 
 
 		 209 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.338425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0464  HrpE/YscL family type III secretion apparatus protein  35.55 
 
 		 277 aa  54.7  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01709  type III secretion system protein  28.34 
 
 		 211 aa  54.7  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16870  Flagellar biosynthesis/type III secretory pathway protein  23.23 
 
 		 262 aa  53.9  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4848  HrpE/YscL family type III secretion apparatus protein  29.65 
 
 		 209 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5436  HrpE/YscL family type III secretion apparatus protein  29.65 
 
 		 209 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0949322  normal  0.0915809 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3518  Type III secretion system HrpE/YscL  29.65 
 
 		 209 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00253777  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0063  type III secretion system protein  26.16 
 
 		 210 aa  51.2  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003346  type III secretion cytoplasmic protein (YscL)  26.8 
 
 		 212 aa  49.7  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.739868  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2989  type III secretion system protein  28.17 
 
 		 205 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2434  type III secretion system protein  28.57 
 
 		 205 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42250  type III secretion system protein  27.81 
 
 		 214 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0399821  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0850  type III secretion system protein  27.04 
 
 		 235 aa  44.7  0.002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.136096  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1393  H+transporting two-sector ATPase E subunit  24.63 
 
 		 255 aa  43.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.800727 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>