More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5233 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
283 aa  550  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  92.53 
 
 
281 aa  498  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  66.3 
 
 
279 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.74 
 
 
276 aa  354  7.999999999999999e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.6 
 
 
280 aa  350  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.22 
 
 
279 aa  345  4e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.32 
 
 
279 aa  340  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.94 
 
 
279 aa  335  5e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.96 
 
 
279 aa  329  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.71 
 
 
280 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.62 
 
 
279 aa  315  5e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.84 
 
 
279 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.73 
 
 
279 aa  305  6e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.82 
 
 
344 aa  297  1e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.76 
 
 
332 aa  296  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  51.87 
 
 
335 aa  294  1e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.54 
 
 
297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.75 
 
 
281 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.15 
 
 
301 aa  280  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.91 
 
 
283 aa  278  9e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  53.23 
 
 
327 aa  275  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
302 aa  271  7e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.22 
 
 
276 aa  268  8e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.22 
 
 
291 aa  267  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  56.41 
 
 
323 aa  265  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.1 
 
 
276 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.84 
 
 
276 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.79 
 
 
301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.74 
 
 
276 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  50 
 
 
288 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  50.58 
 
 
274 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.38 
 
 
306 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  50.74 
 
 
276 aa  249  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.75 
 
 
284 aa  244  8e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  52.75 
 
 
323 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  47.81 
 
 
288 aa  240  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.31 
 
 
308 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.06 
 
 
302 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.52 
 
 
292 aa  231  7.000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
280 aa  231  1e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
280 aa  227  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.8 
 
 
308 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.49 
 
 
284 aa  226  3e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.95 
 
 
308 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.59 
 
 
308 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 
280 aa  226  4e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.95 
 
 
308 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.53 
 
 
300 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
300 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
276 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.07 
 
 
274 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  44.96 
 
 
282 aa  222  6e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  44.6 
 
 
300 aa  222  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
299 aa  222  6e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  45.88 
 
 
303 aa  221  8e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  43.86 
 
 
304 aa  221  9e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  45.04 
 
 
276 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.52 
 
 
303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.15 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.96 
 
 
325 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.73 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  43.8 
 
 
301 aa  219  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.93 
 
 
285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.7 
 
 
304 aa  217  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
300 aa  217  2e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.38 
 
 
296 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
300 aa  217  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  45.88 
 
 
303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.6 
 
 
289 aa  215  8e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.09 
 
 
300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.8 
 
 
299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.96 
 
 
299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  45.16 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 
296 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.56 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.93 
 
 
290 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.17 
 
 
298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.81 
 
 
278 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
287 aa  212  7e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 
277 aa  211  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
312 aa  210  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 
284 aa  211  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
319 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.56 
 
 
305 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
274 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
285 aa  209  5e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  41.97 
 
 
300 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.97 
 
 
300 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0046  dipeptide transporter  45.26 
 
 
300 aa  206  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
293 aa  206  4e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4096  dipeptide transporter  44.56 
 
 
300 aa  205  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.96 
 
 
304 aa  205  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.74 
 
 
283 aa  205  8e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.44 
 
 
283 aa  205  9e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.96 
 
 
303 aa  204  9e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  40.44 
 
 
283 aa  204  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>