172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4115 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4115  transport-associated  100 
 
 		 166 aa  315  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0874  transport-associated  48.08 
 
 		 163 aa  111  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2274  transport-associated  50.37 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.431584  normal  0.766565 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1600  transport-associated  50.37 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4039  transport-associated protein  45.86 
 
 		 156 aa  98.2  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130048  normal  0.0885216 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0915  transport-associated  44.44 
 
 		 165 aa  94.4  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.629645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3022  transport-associated  44.59 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  0.200341 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2175  osmotically inducible periplasmic protein  46.34 
 
 		 166 aa  86.7  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.17152  normal  0.224433 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1033  transport-associated  34.87 
 
 		 134 aa  67.8  0.00000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.232129  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0258  histidine kinase  47.5 
 
 		 222 aa  67  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.469068 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0063  transport-associated  49.28 
 
 		 110 aa  65.5  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.37402  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0916  transport-associated  43.3 
 
 		 104 aa  62  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0950  transport-associated  34.96 
 
 		 171 aa  61.2  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.788848 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1094  transport-associated  34.96 
 
 		 171 aa  61.2  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1642  putative periplasmic protein  45.12 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0830703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0477  transport-associated  44 
 
 		 103 aa  58.9  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4004  transport-associated  43.84 
 
 		 104 aa  57.4  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.38345  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0875  transport-associated  43.66 
 
 		 104 aa  57  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.647487  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3632  periplasmic protein  31.31 
 
 		 204 aa  57  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3503  periplasmic protein  31.31 
 
 		 204 aa  57  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1805  transport-associated protein  45.21 
 
 		 106 aa  57  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0836  periplasmic protein  31.82 
 
 		 204 aa  57  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2837  transport-associated  45.21 
 
 		 104 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.47962  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3514  transport-associated  45.21 
 
 		 104 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0552  periplasmic protein  42.35 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.783524  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3244  transport-associated  44.78 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.688311  normal  0.631575 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0454  periplasmic protein  42.35 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390695  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2047  transport-associated protein  40.58 
 
 		 104 aa  55.1  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4882  periplasmic protein  29.94 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0715597  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4815  periplasmic protein  29.94 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4976  periplasmic protein  29.94 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.163142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4917  periplasmic protein  29.94 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4969  periplasmic protein  29.94 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04251  periplasmic protein  30.06 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.368391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3623  transport-associated  30.06 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4923  periplasmic protein  30.06 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.497608  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04217  hypothetical protein  30.06 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.310729  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3867  transport-associated  43.84 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3681  periplasmic protein  30.06 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.261916  hitchhiker  0.00179473 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4610  periplasmic protein  30.06 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0762495  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0535  periplasmic protein  43.48 
 
 		 205 aa  54.3  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388761  hitchhiker  0.00819185 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5888  periplasmic protein  30.06 
 
 		 201 aa  54.3  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.223121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4973  periplasmic protein  30.06 
 
 		 201 aa  53.9  0.0000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00297721  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4919  periplasmic protein  43.48 
 
 		 201 aa  53.5  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.618733  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2261  transport-associated  44.12 
 
 		 282 aa  52.8  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3465  periplasmic protein  37.78 
 
 		 202 aa  52.8  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1501  transport-associated protein  42.25 
 
 		 104 aa  52.4  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1170  phospholipid binding protein  41.18 
 
 		 112 aa  52.4  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.191898 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2170  transport-associated  42.03 
 
 		 104 aa  51.6  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.395466  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0278  periplasmic or secreted lipoprotein  39.13 
 
 		 103 aa  51.6  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2052  transport-associated protein  32.09 
 
 		 139 aa  51.2  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5898  transport-associated  39.71 
 
 		 116 aa  50.8  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2542  transport-associated protein  43.48 
 
 		 105 aa  50.8  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000702242 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0425  hypothetical protein  38.81 
 
 		 183 aa  50.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1193  transport-associated protein  35.29 
 
 		 199 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6692  transport-associated  35.56 
 
 		 543 aa  50.1  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1671  transport-associated  43.94 
 
 		 105 aa  50.4  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2909  putative lipoprotein  39.51 
 
 		 104 aa  50.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.434819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1333  transport-associated  44.78 
 
 		 303 aa  50.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2407  transport-associated protein  40.58 
 
 		 104 aa  50.4  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00333473  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0449  hypothetical protein  38.81 
 
 		 183 aa  49.3  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2076  transport-associated protein  46.38 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.585071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2676  hypothetical protein  44.78 
 
 		 303 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.462534  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1195  transport-associated protein  40 
 
 		 192 aa  50.1  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2343  transport-associated  37.04 
 
 		 104 aa  49.7  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.259537  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5436  transport-associated  41.18 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.627744 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2185  transport-associated  34.21 
 
 		 255 aa  49.3  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0262  transport-associated protein  47.62 
 
 		 279 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0826  transport-associated  43.02 
 
 		 245 aa  48.9  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0362569 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2416  transport-associated  41.18 
 
 		 118 aa  48.9  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4015  transport-associated  40.28 
 
 		 118 aa  48.9  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5879  transport-associated  35.37 
 
 		 115 aa  48.5  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2251  transport-associated  42.47 
 
 		 103 aa  48.5  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5303  transport-associated  35.62 
 
 		 112 aa  48.1  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.320232  normal  0.0505821 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0264  transport-associated  41.03 
 
 		 187 aa  48.5  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.47721  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0333  hypothetical protein  47.54 
 
 		 279 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3026  transport-associated protein  43.28 
 
 		 124 aa  47.8  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.311021  normal  0.461623 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0885  transport-associated domain-containing protein  57.78 
 
 		 122 aa  47.8  0.00006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3185  transport-associated domain-containing protein  57.78 
 
 		 122 aa  47.8  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0627443  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1891  putative phospholipid-binding protein  57.78 
 
 		 122 aa  47.8  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.944608  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0674  transport-associated  39.71 
 
 		 115 aa  47.8  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3454  hypothetical protein  37.5 
 
 		 191 aa  47.4  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3622  hypothetical protein  37.5 
 
 		 191 aa  47.4  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3456  hypothetical protein  37.5 
 
 		 191 aa  47.4  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3525  hypothetical protein  37.5 
 
 		 191 aa  47.4  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.950572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3562  hypothetical protein  37.5 
 
 		 191 aa  47.4  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3585  periplasmic protein  41.33 
 
 		 218 aa  47  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3148  putative phospholipid-binding protein  59.09 
 
 		 294 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0177  transport-associated  36.71 
 
 		 276 aa  47  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0653  periplasmic protein  38.82 
 
 		 204 aa  46.6  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2029  transport-associated domain-containing protein  57.78 
 
 		 221 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.168793  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5083  transport-associated protein  30.57 
 
 		 151 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3201  phospholipid-binding domain-containing protein  57.78 
 
 		 221 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.883979  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0093  transport-associated protein  34.72 
 
 		 119 aa  46.6  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.419766  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1624  putative phospholipid-binding protein  37.88 
 
 		 119 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0267001  normal  0.292905 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2719  transport-associated domain-containing protein  57.78 
 
 		 221 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3849  transport-associated  35.29 
 
 		 115 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000819027 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5031  transport-associated  37.88 
 
 		 119 aa  45.8  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.677375 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7765  Smc22-1 ( osmotically inducible sensory protein)  44.78 
 
 		 217 aa  45.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.705157  normal  0.17558 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4984  transport-associated  55.56 
 
 		 113 aa  45.4  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0812534  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>