More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0709 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  73.43 
 
 		 516 aa  706    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  65.06 
 
 		 507 aa  639    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  73.02 
 
 		 516 aa  704    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  73.57 
 
 		 507 aa  716    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  74.29 
 
 		 522 aa  716    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4617  amidase  75.3 
 
 		 506 aa  697    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.130864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  100 
 
 		 507 aa  1033    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  75.86 
 
 		 509 aa  756    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  68.76 
 
 		 508 aa  647    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  63.86 
 
 		 507 aa  627  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  63.41 
 
 		 535 aa  561  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  50.42 
 
 		 492 aa  404  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  49.59 
 
 		 498 aa  396  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  48.45 
 
 		 498 aa  385  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  42.42 
 
 		 495 aa  360  3e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  40.17 
 
 		 477 aa  333  4e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  44.79 
 
 		 463 aa  329  8e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  41.89 
 
 		 475 aa  315  9e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  40.48 
 
 		 466 aa  311  2.9999999999999997e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  41.04 
 
 		 472 aa  308  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  38.9 
 
 		 472 aa  301  1e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  40.54 
 
 		 477 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  39.74 
 
 		 473 aa  293  7e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  42.53 
 
 		 477 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  40.26 
 
 		 482 aa  285  9e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  40.53 
 
 		 494 aa  282  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  40.53 
 
 		 494 aa  282  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  40.53 
 
 		 494 aa  282  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  40.68 
 
 		 494 aa  281  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  40.17 
 
 		 494 aa  280  6e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  43.87 
 
 		 472 aa  276  5e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  39.46 
 
 		 477 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  40.21 
 
 		 494 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  40.25 
 
 		 494 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  39.3 
 
 		 490 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  38.86 
 
 		 490 aa  264  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  35.76 
 
 		 491 aa  254  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  36.7 
 
 		 494 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  36.67 
 
 		 480 aa  254  4.0000000000000004e-66  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  35.41 
 
 		 494 aa  253  6e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  36.48 
 
 		 496 aa  253  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  37.58 
 
 		 479 aa  252  1e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6043  Amidase  38.26 
 
 		 471 aa  250  5e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420135  normal  0.212505 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  37.31 
 
 		 487 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  37.16 
 
 		 485 aa  248  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  37.45 
 
 		 481 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  36.04 
 
 		 495 aa  242  1e-62  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1103  amidase  34.54 
 
 		 472 aa  241  2.9999999999999997e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  35.29 
 
 		 485 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  37.25 
 
 		 473 aa  240  5e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  38.79 
 
 		 468 aa  239  9e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  39.17 
 
 		 497 aa  237  3e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  38.05 
 
 		 505 aa  234  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  34.77 
 
 		 492 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  37.97 
 
 		 521 aa  231  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  37.13 
 
 		 473 aa  229  7e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  38.03 
 
 		 497 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  38.03 
 
 		 546 aa  229  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  36.44 
 
 		 499 aa  229  1e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  38.03 
 
 		 484 aa  228  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  38.22 
 
 		 484 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  38.03 
 
 		 484 aa  228  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  35.47 
 
 		 475 aa  228  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  38.03 
 
 		 484 aa  228  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2551  amidase  36.25 
 
 		 485 aa  228  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5322  amidase  36.99 
 
 		 481 aa  227  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  37.82 
 
 		 484 aa  227  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  35.71 
 
 		 485 aa  226  6e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  35.94 
 
 		 556 aa  226  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  37.74 
 
 		 458 aa  225  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  36.64 
 
 		 480 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2609  amidase  35.06 
 
 		 485 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.369685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1681  amidase  37.47 
 
 		 480 aa  217  5e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2464  amidase  34.37 
 
 		 494 aa  216  8e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0285  amidase  37.1 
 
 		 485 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  35.64 
 
 		 463 aa  214  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2532  amidase  37.23 
 
 		 463 aa  211  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2827  amidase  35.53 
 
 		 495 aa  205  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.865048  normal  0.150322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  35.04 
 
 		 469 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  34.05 
 
 		 463 aa  204  4e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  34.62 
 
 		 469 aa  203  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4143  amidase  35.13 
 
 		 486 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  34.62 
 
 		 469 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  30.77 
 
 		 470 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0671  Amidase  33.27 
 
 		 503 aa  197  3e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.378102  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  33.55 
 
 		 467 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2117  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.47 
 
 		 479 aa  197  5.000000000000001e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.893835  normal  0.399688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  34.35 
 
 		 461 aa  196  9e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0870  amidase  36.38 
 
 		 459 aa  196  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.555977 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  32.55 
 
 		 475 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  32.82 
 
 		 469 aa  194  2e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  32.77 
 
 		 475 aa  194  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.25 
 
 		 483 aa  194  3e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  32.61 
 
 		 471 aa  194  3e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.59 
 
 		 485 aa  194  4e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.81 
 
 		 486 aa  193  8e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.07 
 
 		 486 aa  191  2e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  33.48 
 
 		 470 aa  191  2e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  32.54 
 
 		 471 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3526  amidase  33.19 
 
 		 490 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>