More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02556 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02556  hypothetical protein  100 
 
 		 318 aa  654    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04812  hypothetical protein  37.3 
 
 		 335 aa  232  8.000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1929  LacI family transcription regulator  37.34 
 
 		 347 aa  224  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0612  LacI family transcription regulator  36.25 
 
 		 343 aa  220  3e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2465  HTH-type transcriptional regulator, LacI-family  34.06 
 
 		 336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.16 
 
 		 351 aa  202  4e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1107  LacI family transcription regulator  36.91 
 
 		 345 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.62 
 
 		 342 aa  199  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.49 
 
 		 343 aa  192  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2612  transcriptional regulator, LacI family  34.17 
 
 		 339 aa  186  6e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  decreased coverage  0.00297504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0812  transcriptional regulator, LacI family  35.11 
 
 		 342 aa  185  8e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171283  normal  0.194495 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0307  LacI family transcription regulator  33.75 
 
 		 338 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0353911  normal  0.19283 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6065  transcriptional regulator, LacI family  37.72 
 
 		 335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2238  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 344 aa  175  9e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3751  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.11 
 
 		 335 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3173  transcriptional regulator, LacI family  34.33 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6135  transcriptional regulator, LacI family  34.7 
 
 		 334 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.212508 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  31.44 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.08 
 
 		 347 aa  165  9e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7655  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6547  transcriptional regulator, LacI family  33.86 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.758912 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  34.24 
 
 		 332 aa  163  3e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3344  LacI family transcription regulator  31.58 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000247508  normal  0.28725 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  32.62 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3245  transcriptional regulator, LacI family  31.55 
 
 		 328 aa  157  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.27 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  29.28 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4155  LacI family transcription regulator  33 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  27.99 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4679  LacI family transcription regulator  33 
 
 		 340 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.705598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3706  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.22 
 
 		 359 aa  151  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261904  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3595  LacI family transcription regulator  31.35 
 
 		 340 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4772  LacI family transcription regulator  31.35 
 
 		 340 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819593 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3114  LacI family transcription regulator  32.65 
 
 		 350 aa  150  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0116195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.44 
 
 		 335 aa  149  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2497  Alanine racemase  30.82 
 
 		 338 aa  149  8e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  32.71 
 
 		 331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.75 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0942  LacI family transcription regulator  31.35 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3140  transcriptional regulator  31.86 
 
 		 350 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  29.6 
 
 		 337 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  30.98 
 
 		 328 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5997  transcriptional regulator, LacI family  32.89 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.361062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.34 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0348412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  29.32 
 
 		 334 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.52 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  29.47 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33670  LacI family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.647475  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.22 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0185  alanine racemase  29.53 
 
 		 349 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.51 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5511  LacI family transcription regulator  31.6 
 
 		 344 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732614  normal  0.759968 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.82 
 
 		 352 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  30.43 
 
 		 330 aa  143  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.99 
 
 		 334 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  28.99 
 
 		 334 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  28.99 
 
 		 334 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  29.43 
 
 		 330 aa  142  6e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  29.43 
 
 		 330 aa  142  6e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  30.1 
 
 		 330 aa  142  9e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  30.1 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  29.72 
 
 		 328 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5892  LacI family transcription regulator  31.08 
 
 		 335 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.899736  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  28.48 
 
 		 332 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  30.1 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.79 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.66 
 
 		 342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2850  LacI family transcription regulator  30.26 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.156092 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3013  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.168933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.03 
 
 		 333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  29.77 
 
 		 330 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.25 
 
 		 330 aa  139  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  28.71 
 
 		 348 aa  139  6e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  30.19 
 
 		 348 aa  139  6e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  30.52 
 
 		 338 aa  139  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  28.04 
 
 		 336 aa  139  6e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  30.09 
 
 		 332 aa  139  7e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.25 
 
 		 341 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.25 
 
 		 341 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.25 
 
 		 341 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.25 
 
 		 341 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.25 
 
 		 341 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.25 
 
 		 343 aa  139  7.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.25 
 
 		 343 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.87 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  29.72 
 
 		 337 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.25 
 
 		 341 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  29.25 
 
 		 341 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.25 
 
 		 341 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  29.25 
 
 		 341 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.25 
 
 		 341 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.25 
 
 		 341 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  28.93 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  28.96 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  29.1 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  27.9 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  27.55 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3781  transcriptional regulator, LacI family  33.69 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.477284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  31.48 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>