More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0754 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0754  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  100 
 
 		 195 aa  383  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.430859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0882  general secretion pathway protein H  46.32 
 
 		 204 aa  101  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00289529  normal  0.110934 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0760  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  35.75 
 
 		 156 aa  84.7  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.014468  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4569  MSHA pilin protein MshA  51.47 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442923  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0461  MSHA pilin protein MshA  36.6 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3744  methylation site containing protein  37.77 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.144711  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4105  MSHA pilin protein MshA  33.71 
 
 		 171 aa  75.1  0.0000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3828  methylation site containing protein  32 
 
 		 172 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00258  MSHA pilin protein MshA  52 
 
 		 163 aa  74.7  0.0000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3326  pilin, putative  50 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0266287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3340  methylation  53.33 
 
 		 172 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000827612  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002375  MSHA pilin protein MshA  45.63 
 
 		 168 aa  73.2  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0138724  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3983  methylation site containing protein  34.55 
 
 		 165 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03692  hypothetical protein  40.37 
 
 		 151 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1066  pilin, putative  48.57 
 
 		 187 aa  72  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00196226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0473  methylation site containing protein  52.54 
 
 		 174 aa  72  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000513166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1033  pilin, putative  48.57 
 
 		 187 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0234716  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0964  pilin, putative  48.57 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0885526  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  47.44 
 
 		 176 aa  72  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0551  MSHA pilin protein MshA  31.75 
 
 		 173 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258454  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2827  MSHA pilin protein MshA  59.02 
 
 		 178 aa  70.9  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.99325  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3479  methylation site containing protein  50.82 
 
 		 169 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000294883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0491  methylation site containing protein  50.85 
 
 		 186 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000497616  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0476  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  55.93 
 
 		 157 aa  70.9  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3656  methylation site containing protein  50.82 
 
 		 169 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00406084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0567  methylation site containing protein  50.82 
 
 		 169 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468703  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0512  methylation site containing protein  50.85 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000175657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0477  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  54.24 
 
 		 156 aa  70.1  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.581973  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3296  methylation site containing protein  53.23 
 
 		 173 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3758  hypothetical protein  46.88 
 
 		 174 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0573  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  46.38 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.200044 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0515  methylation site containing protein  45 
 
 		 168 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000372661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0552  MSHA pilin protein MshA  50 
 
 		 159 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00386307  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3761  MSHA pilin protein MshA  53.57 
 
 		 178 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000202365  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4409  methylation site containing protein  35.88 
 
 		 166 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0397  methylation site containing protein  45.95 
 
 		 163 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.061774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  49.15 
 
 		 169 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2913  hypothetical protein  50 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4410  methylation site containing protein  47.46 
 
 		 175 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000246782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0883  general secretion pathway protein H  53.45 
 
 		 146 aa  67.4  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0109332  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3268  hypothetical protein  57.14 
 
 		 125 aa  67  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.359601  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3217  hypothetical protein  48.44 
 
 		 108 aa  67  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170582 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0516  methylation site containing protein  29.57 
 
 		 172 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00623258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0576  hypothetical protein  45.31 
 
 		 174 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0726397 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2151  membrane protein  53.12 
 
 		 186 aa  65.9  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.899411  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0856  methylation site containing protein  47.62 
 
 		 182 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4408  MSHA pilin protein MshA  31.49 
 
 		 170 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00456827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003563  type II secretory pathway pseudopilin PulG  47.62 
 
 		 163 aa  65.5  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1141  V10 pilin  49.15 
 
 		 163 aa  65.5  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0976  pilin, putative  45.59 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0485556  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0566  MSHA pilin protein MshB  48.28 
 
 		 205 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.571105  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3074  pilin, putative  40.74 
 
 		 178 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3657  methylation site containing protein  48.28 
 
 		 205 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000205665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3822  putative V10 pilin  44.26 
 
 		 163 aa  63.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4106  MSHA pilin protein MshB  48.28 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0364  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  26.34 
 
 		 163 aa  64.3  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0735599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3478  methylation site containing protein  45 
 
 		 169 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0472  methylation site containing protein  48.28 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000795599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1380  methylation site containing protein  45.21 
 
 		 190 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0511  MSHA pilin protein MshB  48.28 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000086206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3689  pilin, putative  44.44 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0490  MSHA pilin protein MshB  48.28 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000965015  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0568  methylation site containing protein  45 
 
 		 169 aa  63.5  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238644  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3480  methylation site containing protein  48.28 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000493749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0514  MSHA pilin protein MshB  48.28 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00061527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3821  hypothetical protein  34.67 
 
 		 173 aa  63.5  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3829  MSHA pilin protein MshB  48.28 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0460  MSHA pilin protein MshB  46.55 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02523  hypothetical protein  50.85 
 
 		 163 aa  63.2  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  42.86 
 
 		 172 aa  62.4  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0898  hypothetical protein  42.62 
 
 		 172 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0907  hypothetical protein  42.62 
 
 		 172 aa  61.6  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3464  hypothetical protein  42.62 
 
 		 172 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3745  methylation site containing protein  48.28 
 
 		 201 aa  62  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0403042  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0872  hypothetical protein  42.62 
 
 		 172 aa  61.6  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0395  methylation site containing protein  48.33 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0635812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01338  hypothetical protein  30.69 
 
 		 195 aa  61.2  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3762  methylation site containing protein  49.12 
 
 		 202 aa  61.2  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000262752  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1956  hypothetical protein  30.91 
 
 		 189 aa  61.2  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0620526  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0550  methylation site containing protein  46.88 
 
 		 218 aa  61.2  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000424061  normal  0.764365 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3100  hypothetical protein  69.23 
 
 		 136 aa  60.8  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1109  hypothetical protein  36.54 
 
 		 166 aa  60.5  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3315  pilin, putative  43.66 
 
 		 185 aa  60.8  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.540059  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3341  methylation  48.28 
 
 		 205 aa  60.8  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000885834  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  46.43 
 
 		 193 aa  60.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3690  methylation site containing protein  43.48 
 
 		 185 aa  60.5  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0530  hypothetical protein  49.21 
 
 		 192 aa  60.5  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0448  hypothetical protein  49.21 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1109  hypothetical protein  45.78 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.925948  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0464  hypothetical protein  47.62 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1141  MSHA pilin protein MshB  44.44 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1599  N-terminal methylation domain-containing protein  70.73 
 
 		 152 aa  58.5  0.00000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4411  methylation site containing protein  50 
 
 		 219 aa  58.5  0.00000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000316241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3363  methylation  54.55 
 
 		 139 aa  57.8  0.00000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.57133  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3989  pilin, putative  43.33 
 
 		 187 aa  57.8  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.387559 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0366  N-terminal methylation  44.44 
 
 		 132 aa  57.4  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3866  hypothetical protein  46.03 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2452  methylation site containing protein  48.08 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816638  normal  0.444869 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2391  general secretion pathway protein G  32.89 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000271033 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3698  methylation site containing protein  51.56 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.452925  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>