More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3185 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3185  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  593  1e-168  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  0.982451 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2919  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 290 aa  298  5e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.226862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1864  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 294 aa  236  5.0000000000000005e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0673  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 289 aa  232  5e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102205  normal  0.750884 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 289 aa  159  5e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 289 aa  157  3e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 289 aa  157  3e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 289 aa  155  6e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3140  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2021  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 263 aa  142  8e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000475915  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1920  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 263 aa  142  9e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.304852  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1952  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000018508 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.28 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  33.61 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 317 aa  119  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 293 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 323 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 307 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3623  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 350 aa  112  5e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  34.52 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  34.52 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4974  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  29.55 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2935  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.74 
 
 		 296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 301 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  33.18 
 
 		 290 aa  109  5e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 298 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 317 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.74 
 
 		 296 aa  108  9.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 304 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2625  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.351429 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2509  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.23 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2390  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3373  hypothetical protein  28.36 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2417  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2521  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2466  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.11864 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  32.11 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0807  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  30.69 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>