More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1241 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1241  aminotransferase, class V  100 
 
 		 347 aa  700    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0442  putative aminotransferase  68.56 
 
 		 348 aa  424  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0429876  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2095  cysteine desulfurase  68.56 
 
 		 348 aa  424  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00656129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1632  cysteine desulfurase  65.32 
 
 		 348 aa  422  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.422734  hitchhiker  0.00000261738 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3963  cysteine desulfurase  62.43 
 
 		 355 aa  421  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0421265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2363  cysteine desulfurase  67.96 
 
 		 348 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2365  aminotransferase, class V  62.97 
 
 		 350 aa  398  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.494188 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3263  aminotransferase class V  43.77 
 
 		 400 aa  273  3e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.867544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1649  aminotransferase, class V  42.06 
 
 		 385 aa  252  7e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.251188  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3063  aminotransferase, class V  40.75 
 
 		 383 aa  248  9e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0588987  unclonable  0.000000817205 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2434  cysteine desulfurase  44.41 
 
 		 387 aa  248  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.438473  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2842  aminotransferase, class V  46.59 
 
 		 390 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.335939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2108  aminotransferase class V  41.56 
 
 		 405 aa  239  5e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44473  normal  0.0661399 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2995  aminotransferase, class V  48.91 
 
 		 388 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0581835 
 
 
-
 
NC_004310  BR0930  cysteine desulfurase, putative  43.08 
 
 		 392 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0484195  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1312  aminotransferase, class V  43.68 
 
 		 387 aa  235  1.0000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.085766  normal  0.715303 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2884  cysteine desulfurase  43.06 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0924  putative cysteine desulfurase  43.08 
 
 		 392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1469  aminotransferase class V  45.31 
 
 		 402 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.747649  normal  0.0112306 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1901  aminotransferase class V  40.89 
 
 		 388 aa  232  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00391908 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4470  aminotransferase class V  47.12 
 
 		 424 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.425504 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2587  aminotransferase class V  44.74 
 
 		 377 aa  230  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.577396  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5849  aminotransferase class V  41.34 
 
 		 391 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.402198  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2027  aminotransferase, class V  42.9 
 
 		 368 aa  228  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.159236  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2455  aminotransferase, class V  47.97 
 
 		 390 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4456  aminotransferase class V  42.43 
 
 		 390 aa  228  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259181  normal  0.127944 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4344  aminotransferase class V  42.05 
 
 		 390 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2741  aminotransferase class V  47.15 
 
 		 390 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.653056  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0207  cysteine desulfurase NifS  37.29 
 
 		 388 aa  224  1e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000531678  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2274  cysteine desulfurase NifS  36.29 
 
 		 402 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.363972  hitchhiker  0.00000604426 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1665  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  44.44 
 
 		 393 aa  222  6e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.502772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3965  cysteine desulfurase  48.77 
 
 		 387 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.707417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0772  cysteine desulfurase  35.34 
 
 		 384 aa  220  3e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2275  aminotransferase, class V  39.51 
 
 		 386 aa  220  3e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2002  aminotransferase class V  35.97 
 
 		 401 aa  219  3.9999999999999997e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.557544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1949  aminotransferase, class V  41.35 
 
 		 385 aa  219  6e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000781244  normal  0.177382 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2232  aminotransferase class V  36.34 
 
 		 401 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2257  aminotransferase class V  40.46 
 
 		 386 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3976  aminotransferase class V  42.12 
 
 		 390 aa  215  8e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1782  aminotransferase, class V  42.3 
 
 		 388 aa  215  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1714  cysteine desulfurase NifS  35.58 
 
 		 394 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000384465  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2630  aminotransferase class V  39.5 
 
 		 1143 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1164  cysteine desulfurase  34.82 
 
 		 384 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3581  cysteine desulfurase NifS  37.43 
 
 		 400 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.345313  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1609  aminotransferase class V  41.22 
 
 		 392 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129216 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5110  aminotransferase class V  42.27 
 
 		 391 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400085 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0302  cysteine desulfurase NifS  35.16 
 
 		 392 aa  212  7.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0467605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2570  cysteine desulfurase  38.38 
 
 		 394 aa  211  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1104  aminotransferase class V  40.27 
 
 		 381 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.141104  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0764  aminotransferase, class V  36.56 
 
 		 414 aa  210  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000561511  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0235  IscS protein  37.23 
 
 		 398 aa  210  4e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1652  aminotransferase, class V  35.89 
 
 		 392 aa  209  4e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.143138  hitchhiker  0.00767612 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0872  aminotransferase, class V  36.94 
 
 		 382 aa  209  4e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0809  aminotransferase, class V  37.67 
 
 		 382 aa  209  6e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0097  aminotransferase class V  41.39 
 
 		 393 aa  209  8e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.765035 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1581  aminotransferase, class V  38.81 
 
 		 1135 aa  208  9e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.863454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0341  cysteine desulfurase  34.43 
 
 		 388 aa  207  3e-52  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2329  aminotransferase, class V  44.38 
 
 		 399 aa  206  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1583  aminotransferase class V  39.04 
 
 		 1139 aa  205  9e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2206  Cysteine desulfurase  42.86 
 
 		 387 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0240111  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1068  aminotransferase, class V  39.58 
 
 		 393 aa  205  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0344653  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0534  aminotransferase class V  36.61 
 
 		 394 aa  204  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2175  aminotransferase class V  34.97 
 
 		 398 aa  203  3e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.670004  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4451  aminotransferase, class V  40.11 
 
 		 397 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1493  aminotransferase, class V  36.26 
 
 		 379 aa  203  4e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0268467  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0809  aminotransferase, class V  36.55 
 
 		 382 aa  202  7e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0512399  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0206  IscS protein  35.83 
 
 		 397 aa  202  9.999999999999999e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264012  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4856  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  37.87 
 
 		 389 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224928 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1175  aminotransferase class V  40.31 
 
 		 381 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0693  aminotransferase class V  40 
 
 		 389 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456582  normal  0.0363239 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2213  aminotransferase, class V  36.01 
 
 		 398 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.506383 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1048  aminotransferase, class V  39.47 
 
 		 381 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0675  aminotransferase, class V  40.65 
 
 		 385 aa  199  6e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00811405  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0705  aminotransferase, class V  34.97 
 
 		 378 aa  199  7e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0688  aminotransferase, class V  39.08 
 
 		 418 aa  199  7e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.446364  normal  0.630962 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8110  Cysteine desulfurase  39.14 
 
 		 387 aa  199  7.999999999999999e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0365  aminotransferase class V  35.05 
 
 		 401 aa  199  7.999999999999999e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0437125  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1257  aminotransferase, class V  38.28 
 
 		 387 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1872  aminotransferase, class V  35.56 
 
 		 400 aa  198  9e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.175027  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2498  aminotransferase class V  34.59 
 
 		 381 aa  197  3e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2363  aminotransferase, class V  35.05 
 
 		 398 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197402  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0304  rrf2/aminotransferase, class V family protein  35.46 
 
 		 530 aa  196  5.000000000000001e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1297  aminotransferase class V  33.87 
 
 		 403 aa  196  5.000000000000001e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.216598  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0173  aminotransferase class V  32.89 
 
 		 382 aa  196  5.000000000000001e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1098  aminotransferase class V  39.95 
 
 		 379 aa  195  9e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0719  cysteine desulfurase NifS  36.01 
 
 		 394 aa  195  1e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1783  cysteine desulfurase NifS  33.86 
 
 		 401 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0617  aminotransferase class V  40.91 
 
 		 388 aa  195  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.314376  normal  0.0656763 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1811  cysteine desulfurase NifS  33.86 
 
 		 401 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2729  aminotransferase, class V  40.76 
 
 		 408 aa  195  1e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.560546  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2295  aminotransferase class V  35.58 
 
 		 394 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0121543 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0907  aminotransferase, class V  38.75 
 
 		 383 aa  194  2e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000245321  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09940  cysteine desulfurase family protein  39.53 
 
 		 392 aa  194  2e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.128931  hitchhiker  0.00000254642 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3724  Cysteine desulfurase  42.82 
 
 		 384 aa  192  6e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.252129  normal  0.177628 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2182  aminotransferase, class V  38.02 
 
 		 388 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08880  aminotransferase class V  34.67 
 
 		 392 aa  192  9e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.80371e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4080  aminotransferase class V  37.2 
 
 		 393 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.575303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4255  aminotransferase, class V  36.13 
 
 		 422 aa  191  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4043  aminotransferase class V  37.2 
 
 		 393 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0530  cysteine desulfurase  37.76 
 
 		 387 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.103474  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>