More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0844 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0844  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  601  1.0000000000000001e-171  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.546579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4045  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2004  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  37.85 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.49 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  33.91 
 
 		 289 aa  166  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.45 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000754  putative transcription activator  35.17 
 
 		 289 aa  165  8e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000185322  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.59 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.59 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.92 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.92 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4152  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.983526 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2769  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.21 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 306 aa  152  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 326 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.23 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.66 
 
 		 303 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.66 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.66 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  31.88 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.32 
 
 		 303 aa  145  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.85 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 298 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.32 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.66 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.66 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.66 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.66 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.32 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 323 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5111  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.176573  normal  0.0206941 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.42 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 328 aa  139  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0387  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1578  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0432  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1764  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.42 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 312 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 310 aa  139  7.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  31.85 
 
 		 308 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 295 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>