201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0176 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0176  hypothetical protein  100 
 
 		 433 aa  862    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3997  hypothetical protein  52.81 
 
 		 499 aa  441  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3231  putative DNA repair enzyme  46.44 
 
 		 552 aa  362  5.0000000000000005e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0055  hypothetical protein  45.68 
 
 		 536 aa  335  9e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1458  putative DNA repair enzyme  42.11 
 
 		 534 aa  315  7e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0108  putative DNA repair enzyme  42.32 
 
 		 534 aa  315  7e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0727599 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2530  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.36 
 
 		 548 aa  280  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397333 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3891  putative nucleotidyltransferase protein  37.39 
 
 		 471 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4290  hypothetical protein  42.25 
 
 		 506 aa  261  1e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3022  hypothetical protein  38.41 
 
 		 471 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.302557 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.77 
 
 		 499 aa  258  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3264  hypothetical protein  39.16 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2801  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  38.82 
 
 		 452 aa  257  3e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.236313 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4575  hypothetical protein  41.27 
 
 		 500 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.782674  normal  0.448511 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5035  hypothetical protein  41.27 
 
 		 467 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.0411477 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1332  hypothetical protein  40.32 
 
 		 472 aa  249  5e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1559  hypothetical protein  38.8 
 
 		 477 aa  248  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.293786 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3766  hypothetical protein  37.14 
 
 		 486 aa  247  3e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5093  hypothetical protein  40.41 
 
 		 471 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2399  cytosolic protein  35.12 
 
 		 500 aa  242  1e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.843761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  38.17 
 
 		 507 aa  240  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  38.62 
 
 		 507 aa  239  5e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.63 
 
 		 499 aa  239  9e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1120  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  37.58 
 
 		 515 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.881049 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4497  hypothetical protein  38.67 
 
 		 472 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  37.53 
 
 		 545 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2667  hypothetical protein  36.42 
 
 		 462 aa  233  5e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3293  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  39.06 
 
 		 522 aa  231  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247641  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2295  hypothetical protein  38.16 
 
 		 472 aa  231  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1537  hypothetical protein  36.68 
 
 		 472 aa  230  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5394  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.25 
 
 		 503 aa  231  3e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.280036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4462  hypothetical protein  37.31 
 
 		 525 aa  229  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5156  hypothetical protein  39.07 
 
 		 472 aa  226  6e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249554  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5604  hypothetical protein  36.3 
 
 		 503 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000770787 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5202  hypothetical protein  37.03 
 
 		 474 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.45217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3469  hypothetical protein  38.18 
 
 		 480 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.757841 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5158  putative nucleotidyltransferase protein  36.06 
 
 		 474 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1072  hypothetical protein  36.46 
 
 		 488 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.289779 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3808  hypothetical protein  37.81 
 
 		 465 aa  220  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  36.21 
 
 		 529 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1732  hypothetical protein  35.5 
 
 		 490 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0965901  hitchhiker  0.00613419 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4948  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  35.87 
 
 		 519 aa  208  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.777522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2256  hypothetical protein  33.12 
 
 		 501 aa  208  2e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0080  hypothetical protein  33.55 
 
 		 489 aa  205  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0070  hypothetical protein  34.28 
 
 		 483 aa  202  8e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2005  hypothetical protein  34.41 
 
 		 478 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1902  hypothetical protein  34.7 
 
 		 478 aa  190  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2013  hypothetical protein  40.62 
 
 		 562 aa  190  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1326  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.99 
 
 		 473 aa  179  7e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1830  hypothetical protein  32.74 
 
 		 449 aa  172  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3564  hypothetical protein  33.55 
 
 		 488 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2887  hypothetical protein  30.86 
 
 		 495 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524264  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0974  hypothetical protein  27.35 
 
 		 473 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0203  hypothetical protein  28.81 
 
 		 487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276332 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2745  hypothetical protein  30.05 
 
 		 495 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2214  hypothetical protein  29.9 
 
 		 483 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2827  hypothetical protein  29.9 
 
 		 498 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0608535  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2838  hypothetical protein  29.67 
 
 		 463 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0691  hypothetical protein  28.95 
 
 		 491 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494486  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6157  hypothetical protein  29.57 
 
 		 498 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.594108  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02090  hypothetical protein  29.27 
 
 		 472 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0509  hypothetical protein  28.95 
 
 		 491 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2427  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  28.05 
 
 		 472 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0113  hypothetical protein  28.71 
 
 		 491 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0618  hypothetical protein  27.68 
 
 		 392 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0254373 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1475  hypothetical protein  28.71 
 
 		 488 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2903  hypothetical protein  28.71 
 
 		 488 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1094  hypothetical protein  29.79 
 
 		 437 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.095311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0526  hypothetical protein  28.95 
 
 		 491 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2794  hypothetical protein  25.87 
 
 		 487 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42838  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2165  hypothetical protein  27.56 
 
 		 492 aa  108  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1935  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  30.2 
 
 		 473 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0476  hypothetical protein  30.36 
 
 		 495 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.181741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4537  hypothetical protein  27.13 
 
 		 445 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23157  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55600  hypothetical protein  27.9 
 
 		 471 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.325851 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3205  hypothetical protein  28.25 
 
 		 449 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102672  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4840  hypothetical protein  27.49 
 
 		 471 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0444  hypothetical protein  28.26 
 
 		 491 aa  106  7e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2739  hypothetical protein  27.56 
 
 		 472 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02867  hypothetical protein  26.32 
 
 		 467 aa  105  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4489  hypothetical protein  30.37 
 
 		 527 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0757544  normal  0.599232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4129  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.48 
 
 		 527 aa  104  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4622  hypothetical protein  30.37 
 
 		 540 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0814384  normal  0.0497308 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1743  hypothetical protein  27.85 
 
 		 432 aa  103  5e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2733  hypothetical protein  27.93 
 
 		 441 aa  103  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.340285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2379  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  29.32 
 
 		 469 aa  103  8e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3118  hypothetical protein  27.5 
 
 		 472 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_003296  RS01908  hypothetical protein  29.36 
 
 		 523 aa  102  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.223055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2599  hypothetical protein  27.5 
 
 		 472 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2387  hypothetical protein  26.98 
 
 		 476 aa  101  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.434046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4524  hypothetical protein  30.34 
 
 		 528 aa  100  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2522  hypothetical protein  25.35 
 
 		 476 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.855778 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1971  hypothetical protein  25.96 
 
 		 489 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1941  hypothetical protein  26 
 
 		 479 aa  94.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0469275 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003015  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  25.4 
 
 		 467 aa  94.4  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.600573  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1226  hypothetical protein  27.85 
 
 		 431 aa  93.2  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2598  hypothetical protein  24.47 
 
 		 506 aa  93.2  9e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1533  hypothetical protein  29.48 
 
 		 466 aa  92  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0110393  normal  0.601822 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3150  hypothetical protein  26 
 
 		 471 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1029  aspartate decarboxylase  24.22 
 
 		 541 aa  88.2  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>