More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1155 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_1155  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
473 aa  956    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000091424 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  51.49 
 
 
491 aa  417  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  44.84 
 
 
487 aa  365  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  54.93 
 
 
491 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.61 
 
 
477 aa  368  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.95 
 
 
491 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  54.37 
 
 
491 aa  365  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.52 
 
 
491 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.95 
 
 
491 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.95 
 
 
491 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.62 
 
 
491 aa  364  2e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.77 
 
 
479 aa  363  3e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.97 
 
 
366 aa  363  3e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  53.67 
 
 
493 aa  362  7.0000000000000005e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  52.82 
 
 
471 aa  362  8e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  53.1 
 
 
471 aa  362  8e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.96 
 
 
466 aa  361  1e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.73 
 
 
477 aa  361  1e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.61 
 
 
477 aa  360  2e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  44.77 
 
 
476 aa  360  3e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002811  flagellar regulatory protein FleQ  45.59 
 
 
488 aa  359  5e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.68 
 
 
491 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.63 
 
 
482 aa  357  1.9999999999999998e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  47.8 
 
 
477 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.61 
 
 
477 aa  355  1e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1721  flagellar regulatory protein A  48.53 
 
 
488 aa  355  1e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000009386  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.04 
 
 
477 aa  353  5e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  54.86 
 
 
490 aa  352  7e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  49.22 
 
 
476 aa  352  7e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2194  response regulator receiver domain-containing protein  55.1 
 
 
479 aa  351  1e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  54.86 
 
 
490 aa  352  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  49.01 
 
 
509 aa  351  2e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  47.91 
 
 
488 aa  350  3e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0431  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.16 
 
 
489 aa  350  4e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462878  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.83 
 
 
477 aa  350  4e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  48.83 
 
 
477 aa  349  6e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.83 
 
 
477 aa  349  8e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.34 
 
 
477 aa  347  2e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.56 
 
 
477 aa  348  2e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.3 
 
 
477 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.3 
 
 
477 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.3 
 
 
477 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.3 
 
 
477 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  47.79 
 
 
494 aa  332  9e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  47.79 
 
 
494 aa  332  9e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.72 
 
 
501 aa  331  1e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.79 
 
 
560 aa  310  2.9999999999999997e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34380  sigma54-dependent activator protein, FleQ  47.88 
 
 
501 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.04 
 
 
442 aa  295  1e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.31 
 
 
457 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.38 
 
 
457 aa  286  5e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.51 
 
 
458 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.21 
 
 
463 aa  285  9e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.91 
 
 
472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0302  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.07 
 
 
353 aa  282  9e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0071  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.27 
 
 
409 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1707  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.97 
 
 
366 aa  282  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.839894  hitchhiker  0.00283703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1456  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.87 
 
 
623 aa  280  3e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.80149  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  40.16 
 
 
465 aa  280  4e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.2 
 
 
457 aa  280  4e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.65 
 
 
491 aa  280  4e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.750458 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.02 
 
 
457 aa  280  5e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  46.92 
 
 
688 aa  279  7e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.94 
 
 
448 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.83 
 
 
457 aa  277  3e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 
473 aa  276  5e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 
473 aa  276  5e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.39 
 
 
461 aa  276  5e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.94 
 
 
453 aa  276  7e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
473 aa  275  9e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.66 
 
 
470 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.76 
 
 
692 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  46.76 
 
 
692 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.76 
 
 
692 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.31 
 
 
469 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
335 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.76 
 
 
692 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  46.76 
 
 
692 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.02 
 
 
469 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  45.43 
 
 
342 aa  274  2.0000000000000002e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  46.76 
 
 
692 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.31 
 
 
469 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.47 
 
 
692 aa  274  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.44 
 
 
452 aa  274  3e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.85 
 
 
467 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3217  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.36 
 
 
501 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3758  helix-turn-helix, Fis-type:nitrogen regulation protein NR(I)  47.63 
 
 
476 aa  273  5.000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.349567 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  41.34 
 
 
471 aa  273  6e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.47 
 
 
692 aa  273  6e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  46.61 
 
 
690 aa  273  7e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1833  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.31 
 
 
460 aa  272  8.000000000000001e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.248577  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.8 
 
 
459 aa  272  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.999422  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.82 
 
 
454 aa  271  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.3 
 
 
453 aa  271  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.55 
 
 
467 aa  271  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1660  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.51 
 
 
366 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.798759  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.33 
 
 
515 aa  271  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2450  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  44.71 
 
 
462 aa  271  2e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000104491  normal  0.63173 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.72 
 
 
458 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.22 
 
 
692 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>