More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0237 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  670    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  64.24 
 
 		 317 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  50.15 
 
 		 332 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  36.28 
 
 		 327 aa  231  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 334 aa  223  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  30.36 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 322 aa  107  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 321 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  22.27 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  22.27 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  22.27 
 
 		 322 aa  100  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 321 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 321 aa  97.8  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 321 aa  97.1  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 322 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 322 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  27.75 
 
 		 322 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  26.36 
 
 		 318 aa  94.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  25.45 
 
 		 324 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 320 aa  92.8  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 324 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 324 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 324 aa  92.4  9e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 350 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 328 aa  90.1  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 320 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 324 aa  89.7  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 320 aa  89.7  6e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 325 aa  89.4  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 350 aa  89.4  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 337 aa  89.4  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 324 aa  89  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 326 aa  88.2  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 330 aa  87.8  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  30.54 
 
 		 324 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 320 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  27.64 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  25.75 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 320 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.75 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  24.65 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 321 aa  72  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 310 aa  71.6  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 335 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.12 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 308 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  28.91 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 323 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  23.75 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 313 aa  67  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 323 aa  67  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 317 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 310 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 302 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  24.43 
 
 		 310 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 322 aa  65.5  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  24.71 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  27.98 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  30.22 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  23.51 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  23.78 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  21.95 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4020  LysR family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 324 aa  63.5  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  22.82 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 309 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 314 aa  62.4  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  20.34 
 
 		 306 aa  62  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 314 aa  62  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>