More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1682 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01235  tryptophan synthase subunit beta  80.1 
 
 		 397 aa  649    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2387  tryptophan synthase, beta subunit  80.1 
 
 		 397 aa  649    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.532965  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1916  tryptophan synthase subunit beta  79.34 
 
 		 397 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000988826 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2321  tryptophan synthase subunit beta  80.05 
 
 		 396 aa  641    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3023  tryptophan synthase subunit beta  91.07 
 
 		 396 aa  742    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1602  tryptophan synthase subunit beta  79.34 
 
 		 397 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0886138 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1936  tryptophan synthase subunit beta  80.15 
 
 		 396 aa  659    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2255  tryptophan synthase subunit beta  92.59 
 
 		 403 aa  764    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0836198 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2316  tryptophan synthase subunit beta  79.9 
 
 		 396 aa  652    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1682  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 407 aa  834    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1370  tryptophan synthase subunit beta  80.1 
 
 		 397 aa  649    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2207  tryptophan synthase subunit beta  81.63 
 
 		 397 aa  663    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.823385  normal  0.0123051 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1486  tryptophan synthase subunit beta  80.1 
 
 		 397 aa  648    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2805  tryptophan synthase subunit beta  91.07 
 
 		 396 aa  744    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1420  tryptophan synthase subunit beta  79.34 
 
 		 397 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02762  tryptophan synthase subunit beta  82.19 
 
 		 396 aa  669    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2046  tryptophan synthase subunit beta  79.9 
 
 		 396 aa  652    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2003  tryptophan synthase subunit beta  80.66 
 
 		 396 aa  661    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2366  tryptophan synthase subunit beta  80.1 
 
 		 397 aa  649    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  hitchhiker  0.000000273648 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2916  tryptophan synthase subunit beta  95.09 
 
 		 407 aa  800    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.511307 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2454  tryptophan synthase subunit beta  90.32 
 
 		 401 aa  749    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1871  tryptophan synthase subunit beta  80.1 
 
 		 397 aa  648    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000282354 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2176  tryptophan synthase subunit beta  80.41 
 
 		 396 aa  657    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1936  tryptophan synthase subunit beta  79.9 
 
 		 396 aa  652    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1586  tryptophan synthase subunit beta  94.86 
 
 		 409 aa  765    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003084  tryptophan synthase beta chain  82.95 
 
 		 396 aa  674    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1458  tryptophan synthase subunit beta  91.58 
 
 		 396 aa  746    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1524  tryptophan synthase subunit beta  91.33 
 
 		 396 aa  745    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0500753 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1425  tryptophan synthase subunit beta  89.58 
 
 		 403 aa  750    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1150  tryptophan synthase subunit beta  82.95 
 
 		 396 aa  672    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1853  tryptophan synthase subunit beta  79.34 
 
 		 397 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0734118 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1858  tryptophan synthase subunit beta  79.34 
 
 		 397 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.389614 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1660  tryptophan synthase subunit beta  91.56 
 
 		 396 aa  746    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014764 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2407  tryptophan synthase subunit beta  91.82 
 
 		 396 aa  747    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1516  tryptophan synthase subunit beta  91.58 
 
 		 396 aa  746    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.474539 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1460  tryptophan synthase subunit beta  80.1 
 
 		 397 aa  649    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00292681  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2133  tryptophan synthase subunit beta  90.84 
 
 		 397 aa  737    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.31152  normal  0.733883 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2705  tryptophan synthase subunit beta  91.3 
 
 		 396 aa  744    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1893  tryptophan synthase subunit beta  80.1 
 
 		 397 aa  649    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.964383  hitchhiker  0.00187983 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2302  tryptophan synthase subunit beta  79.9 
 
 		 396 aa  656    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01245  hypothetical protein  80.1 
 
 		 397 aa  649    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0792  tryptophan synthase subunit beta  81.17 
 
 		 396 aa  660    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00347207  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2726  tryptophan synthase subunit beta  91.56 
 
 		 396 aa  746    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.93556  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2671  tryptophan synthase subunit beta  81.42 
 
 		 396 aa  665    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253614 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02292  tryptophan synthase subunit beta  75.06 
 
 		 393 aa  610  9.999999999999999e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2833  tryptophan synthase subunit beta  73.52 
 
 		 395 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1056  tryptophan synthase subunit beta  75 
 
 		 395 aa  594  1e-169  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3526  tryptophan synthase subunit beta  72.45 
 
 		 420 aa  583  1.0000000000000001e-165  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0245  tryptophan synthase subunit beta  59.95 
 
 		 394 aa  506  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1656  tryptophan synthase subunit beta  59.59 
 
 		 394 aa  508  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.483015  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0591  tryptophan synthase subunit beta  59.95 
 
 		 394 aa  506  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.283769  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0328  tryptophan synthase subunit beta  59.85 
 
 		 394 aa  503  1e-141  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1864  tryptophan synthase subunit beta  60.05 
 
 		 391 aa  475  1e-133  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0113  tryptophan synthase subunit beta  60.05 
 
 		 399 aa  473  1e-132  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1120  tryptophan synthase subunit beta  58.59 
 
 		 389 aa  473  1e-132  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1412  tryptophan synthase subunit beta  59.47 
 
 		 394 aa  471  1.0000000000000001e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00140909  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01841  tryptophan synthase subunit beta  59.17 
 
 		 414 aa  466  9.999999999999999e-131  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0222  tryptophan synthase subunit beta  58.72 
 
 		 399 aa  466  9.999999999999999e-131  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.580627  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1691  tryptophan synthase subunit beta  59.44 
 
 		 393 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0166  tryptophan synthase subunit beta  58.91 
 
 		 414 aa  465  9.999999999999999e-131  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0594261  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1337  tryptophan synthase subunit beta  59.28 
 
 		 401 aa  464  9.999999999999999e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130625  normal  0.877655 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0810  tryptophan synthase subunit beta  59.28 
 
 		 389 aa  465  9.999999999999999e-131  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0787  tryptophan synthase subunit beta  59.28 
 
 		 389 aa  465  9.999999999999999e-131  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01821  tryptophan synthase subunit beta  59.17 
 
 		 414 aa  464  9.999999999999999e-131  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2859  tryptophan synthase, beta subunit  60.05 
 
 		 391 aa  463  1e-129  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0140  tryptophan synthase subunit beta  58.42 
 
 		 433 aa  462  1e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  58.05 
 
 		 409 aa  462  1e-129  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0076  tryptophan synthase subunit beta  59.58 
 
 		 390 aa  462  1e-129  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0755  tryptophan synthase subunit beta  58.33 
 
 		 414 aa  464  1e-129  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  57.89 
 
 		 411 aa  461  1e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1268  tryptophan synthase subunit beta  57.7 
 
 		 399 aa  458  9.999999999999999e-129  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1267  tryptophan synthase subunit beta  57.7 
 
 		 399 aa  458  9.999999999999999e-129  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1990  tryptophan synthase subunit beta  57.61 
 
 		 414 aa  458  9.999999999999999e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663503 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  59.11 
 
 		 409 aa  459  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2139  tryptophan synthase subunit beta  58.33 
 
 		 404 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1216  tryptophan synthase subunit beta  56.48 
 
 		 414 aa  458  9.999999999999999e-129  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.268288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1688  tryptophan synthase subunit beta  56.4 
 
 		 443 aa  460  9.999999999999999e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.998465  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2128  tryptophan synthase, beta subunit  56.4 
 
 		 394 aa  460  9.999999999999999e-129  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01931  tryptophan synthase subunit beta  58.4 
 
 		 414 aa  458  9.999999999999999e-129  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1531  tryptophan synthase subunit beta  56.96 
 
 		 417 aa  455  1e-127  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.636717  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1683  tryptophan synthase subunit beta  54.85 
 
 		 442 aa  456  1e-127  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000190343 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1757  tryptophan synthase subunit beta  58.67 
 
 		 402 aa  457  1e-127  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000013956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28100  tryptophan synthase subunit beta  57.61 
 
 		 406 aa  455  1e-127  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.54821  normal  0.926175 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20740  tryptophan synthase, beta chain  56.22 
 
 		 415 aa  457  1e-127  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.133254  normal  0.373248 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  58.33 
 
 		 396 aa  457  1e-127  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2143  tryptophan synthase subunit beta  57.51 
 
 		 420 aa  457  1e-127  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0206171  normal  0.237473 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 399 aa  456  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1790  tryptophan synthase subunit beta  58.75 
 
 		 391 aa  457  1e-127  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 399 aa  456  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1668  tryptophan synthase subunit beta  57.44 
 
 		 404 aa  457  1e-127  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000103564  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1549  tryptophan synthase subunit beta  54.43 
 
 		 401 aa  456  1e-127  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02381  tryptophan synthase subunit beta  56.96 
 
 		 417 aa  455  1e-127  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1186  tryptophan synthase subunit beta  56.69 
 
 		 394 aa  455  1e-127  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00284462  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1741  tryptophan synthase subunit beta  59.01 
 
 		 394 aa  456  1e-127  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1361  tryptophan synthase subunit beta  56.99 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1296  tryptophan synthase subunit beta  57.25 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3218  tryptophan synthase subunit beta  55.61 
 
 		 394 aa  451  1.0000000000000001e-126  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0055  tryptophan synthase subunit beta  56.14 
 
 		 414 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.660106  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11310  tryptophan synthase subunit beta  55.7 
 
 		 398 aa  452  1.0000000000000001e-126  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000215917  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4173  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 432 aa  454  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>