More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1425 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01235  tryptophan synthase subunit beta  78.73 
 
 		 397 aa  646    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2387  tryptophan synthase, beta subunit  78.73 
 
 		 397 aa  645    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.532965  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1660  tryptophan synthase subunit beta  92.15 
 
 		 396 aa  768    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014764 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2366  tryptophan synthase subunit beta  78.73 
 
 		 397 aa  645    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  hitchhiker  0.000000273648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1486  tryptophan synthase subunit beta  78.48 
 
 		 397 aa  642    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2805  tryptophan synthase subunit beta  91.67 
 
 		 396 aa  765    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3023  tryptophan synthase subunit beta  92.17 
 
 		 396 aa  765    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2316  tryptophan synthase subunit beta  82.56 
 
 		 396 aa  665    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2176  tryptophan synthase subunit beta  81.03 
 
 		 396 aa  660    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2003  tryptophan synthase subunit beta  81.54 
 
 		 396 aa  664    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2726  tryptophan synthase subunit beta  92.15 
 
 		 396 aa  768    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.93556  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1871  tryptophan synthase subunit beta  78.73 
 
 		 397 aa  644    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000282354 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2916  tryptophan synthase subunit beta  89.88 
 
 		 407 aa  752    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.511307 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02762  tryptophan synthase subunit beta  83.12 
 
 		 396 aa  675    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1936  tryptophan synthase subunit beta  81.03 
 
 		 396 aa  664    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1460  tryptophan synthase subunit beta  78.73 
 
 		 397 aa  645    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00292681  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2302  tryptophan synthase subunit beta  81.03 
 
 		 396 aa  660    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1602  tryptophan synthase subunit beta  79.24 
 
 		 397 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0886138 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2705  tryptophan synthase subunit beta  92.41 
 
 		 396 aa  769    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1853  tryptophan synthase subunit beta  79.24 
 
 		 397 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0734118 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2046  tryptophan synthase subunit beta  82.56 
 
 		 396 aa  665    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1936  tryptophan synthase subunit beta  82.56 
 
 		 396 aa  665    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0792  tryptophan synthase subunit beta  81.84 
 
 		 396 aa  665    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00347207  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2454  tryptophan synthase subunit beta  94.29 
 
 		 401 aa  787    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1370  tryptophan synthase subunit beta  78.73 
 
 		 397 aa  645    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1420  tryptophan synthase subunit beta  79.24 
 
 		 397 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1150  tryptophan synthase subunit beta  83.63 
 
 		 396 aa  669    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1893  tryptophan synthase subunit beta  78.73 
 
 		 397 aa  645    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.964383  hitchhiker  0.00187983 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2255  tryptophan synthase subunit beta  89.75 
 
 		 403 aa  746    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0836198 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1682  tryptophan synthase subunit beta  89.58 
 
 		 407 aa  750    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1458  tryptophan synthase subunit beta  92.17 
 
 		 396 aa  762    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1524  tryptophan synthase subunit beta  91.92 
 
 		 396 aa  761    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0500753 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1425  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 403 aa  832    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003084  tryptophan synthase beta chain  83.63 
 
 		 396 aa  678    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2671  tryptophan synthase subunit beta  81.28 
 
 		 396 aa  663    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253614 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1586  tryptophan synthase subunit beta  93.28 
 
 		 409 aa  750    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2207  tryptophan synthase subunit beta  82.28 
 
 		 397 aa  671    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.823385  normal  0.0123051 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1516  tryptophan synthase subunit beta  92.17 
 
 		 396 aa  762    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.474539 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2407  tryptophan synthase subunit beta  92.41 
 
 		 396 aa  768    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2133  tryptophan synthase subunit beta  90.1 
 
 		 397 aa  744    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.31152  normal  0.733883 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01245  hypothetical protein  78.73 
 
 		 397 aa  646    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1916  tryptophan synthase subunit beta  79.24 
 
 		 397 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000988826 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2321  tryptophan synthase subunit beta  82.38 
 
 		 396 aa  656    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1858  tryptophan synthase subunit beta  79.24 
 
 		 397 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.389614 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02292  tryptophan synthase subunit beta  76.23 
 
 		 393 aa  619  1e-176  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2833  tryptophan synthase subunit beta  76.17 
 
 		 395 aa  616  1e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1056  tryptophan synthase subunit beta  75.64 
 
 		 395 aa  598  1e-170  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3526  tryptophan synthase subunit beta  72.12 
 
 		 420 aa  580  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1656  tryptophan synthase subunit beta  59.18 
 
 		 394 aa  505  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.483015  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0245  tryptophan synthase subunit beta  60.21 
 
 		 394 aa  506  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0591  tryptophan synthase subunit beta  60.05 
 
 		 394 aa  507  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.283769  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0328  tryptophan synthase subunit beta  58.93 
 
 		 394 aa  499  1e-140  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1120  tryptophan synthase subunit beta  58.85 
 
 		 389 aa  479  1e-134  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1688  tryptophan synthase subunit beta  58.29 
 
 		 443 aa  477  1e-133  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.998465  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1864  tryptophan synthase subunit beta  58.75 
 
 		 391 aa  471  1e-132  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1412  tryptophan synthase subunit beta  59.74 
 
 		 394 aa  474  1e-132  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00140909  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1683  tryptophan synthase subunit beta  57.07 
 
 		 442 aa  471  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000190343 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0222  tryptophan synthase subunit beta  59.54 
 
 		 399 aa  469  1.0000000000000001e-131  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.580627  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0076  tryptophan synthase subunit beta  60.1 
 
 		 390 aa  466  9.999999999999999e-131  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0787  tryptophan synthase subunit beta  59.32 
 
 		 389 aa  463  1e-129  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  56.77 
 
 		 411 aa  463  1e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0140  tryptophan synthase subunit beta  57.47 
 
 		 433 aa  461  1e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0810  tryptophan synthase subunit beta  59.32 
 
 		 389 aa  463  1e-129  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0215  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 391 aa  462  1e-129  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.735424 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1208  tryptophan synthase subunit beta  59.1 
 
 		 393 aa  462  1e-129  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5701  tryptophan synthase subunit beta  55.98 
 
 		 411 aa  460  9.999999999999999e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.194969  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0755  tryptophan synthase subunit beta  56.63 
 
 		 414 aa  458  9.999999999999999e-129  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0166  tryptophan synthase subunit beta  57.47 
 
 		 414 aa  460  9.999999999999999e-129  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0594261  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2143  tryptophan synthase subunit beta  57 
 
 		 420 aa  458  9.999999999999999e-129  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0206171  normal  0.237473 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01841  tryptophan synthase subunit beta  57.73 
 
 		 414 aa  460  9.999999999999999e-129  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4724  tryptophan synthase subunit beta  55.87 
 
 		 411 aa  458  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.319994 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1549  tryptophan synthase subunit beta  54.5 
 
 		 401 aa  458  9.999999999999999e-129  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  58.55 
 
 		 410 aa  459  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01821  tryptophan synthase subunit beta  57.73 
 
 		 414 aa  459  9.999999999999999e-129  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  57.77 
 
 		 409 aa  458  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1268  tryptophan synthase subunit beta  57.44 
 
 		 399 aa  455  1e-127  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1267  tryptophan synthase subunit beta  57.44 
 
 		 399 aa  455  1e-127  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  58.12 
 
 		 397 aa  456  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1216  tryptophan synthase subunit beta  55.7 
 
 		 414 aa  456  1e-127  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.268288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2521  tryptophan synthase subunit beta  59.01 
 
 		 406 aa  456  1e-127  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195763 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20740  tryptophan synthase, beta chain  54.61 
 
 		 415 aa  457  1e-127  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.133254  normal  0.373248 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1790  tryptophan synthase subunit beta  57.65 
 
 		 391 aa  458  1e-127  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2763  tryptophan synthase subunit beta  59.01 
 
 		 406 aa  456  1e-127  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.785331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2688  tryptophan synthase subunit beta  57.7 
 
 		 408 aa  457  1e-127  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  56.73 
 
 		 409 aa  456  1e-127  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  59.17 
 
 		 410 aa  458  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1741  tryptophan synthase subunit beta  59.27 
 
 		 394 aa  456  1e-127  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10970  tryptophan synthase subunit beta  55.08 
 
 		 441 aa  451  1.0000000000000001e-126  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0274745  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  57.85 
 
 		 397 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01931  tryptophan synthase subunit beta  56.96 
 
 		 414 aa  453  1.0000000000000001e-126  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1691  tryptophan synthase subunit beta  56.81 
 
 		 393 aa  454  1.0000000000000001e-126  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  57.33 
 
 		 397 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2139  tryptophan synthase subunit beta  57.14 
 
 		 404 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  57.59 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  56.25 
 
 		 405 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0113  tryptophan synthase subunit beta  57.73 
 
 		 399 aa  454  1.0000000000000001e-126  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  58.33 
 
 		 400 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  57.07 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  57.33 
 
 		 397 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  57.07 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>