More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2454 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01235  tryptophan synthase subunit beta  78.99 
 
 		 397 aa  646    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2387  tryptophan synthase, beta subunit  78.99 
 
 		 397 aa  645    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.532965  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1858  tryptophan synthase subunit beta  79.49 
 
 		 397 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.389614 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2046  tryptophan synthase subunit beta  81.54 
 
 		 396 aa  659    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3023  tryptophan synthase subunit beta  92.17 
 
 		 396 aa  759    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2726  tryptophan synthase subunit beta  92.15 
 
 		 396 aa  761    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.93556  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0792  tryptophan synthase subunit beta  82.61 
 
 		 396 aa  664    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00347207  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2003  tryptophan synthase subunit beta  81.4 
 
 		 396 aa  658    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1150  tryptophan synthase subunit beta  83.63 
 
 		 396 aa  669    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003084  tryptophan synthase beta chain  83.63 
 
 		 396 aa  678    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1853  tryptophan synthase subunit beta  79.49 
 
 		 397 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0734118 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1936  tryptophan synthase subunit beta  81.54 
 
 		 396 aa  659    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2705  tryptophan synthase subunit beta  91.9 
 
 		 396 aa  760    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1370  tryptophan synthase subunit beta  78.99 
 
 		 397 aa  645    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1660  tryptophan synthase subunit beta  92.15 
 
 		 396 aa  761    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014764 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01245  hypothetical protein  78.99 
 
 		 397 aa  646    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2671  tryptophan synthase subunit beta  81.03 
 
 		 396 aa  662    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253614 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2207  tryptophan synthase subunit beta  81.77 
 
 		 397 aa  667    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.823385  normal  0.0123051 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1602  tryptophan synthase subunit beta  79.49 
 
 		 397 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0886138 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2176  tryptophan synthase subunit beta  81.28 
 
 		 396 aa  662    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1586  tryptophan synthase subunit beta  92.76 
 
 		 409 aa  744    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1486  tryptophan synthase subunit beta  78.99 
 
 		 397 aa  644    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2302  tryptophan synthase subunit beta  81.14 
 
 		 396 aa  656    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2805  tryptophan synthase subunit beta  92.17 
 
 		 396 aa  764    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2454  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 401 aa  826    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2255  tryptophan synthase subunit beta  91.5 
 
 		 403 aa  756    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0836198 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1682  tryptophan synthase subunit beta  90.32 
 
 		 407 aa  749    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2321  tryptophan synthase subunit beta  81.61 
 
 		 396 aa  651    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1458  tryptophan synthase subunit beta  91.92 
 
 		 396 aa  756    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1524  tryptophan synthase subunit beta  91.67 
 
 		 396 aa  755    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0500753 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2316  tryptophan synthase subunit beta  81.54 
 
 		 396 aa  659    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1425  tryptophan synthase subunit beta  94.29 
 
 		 403 aa  787    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1871  tryptophan synthase subunit beta  78.99 
 
 		 397 aa  645    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000282354 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1460  tryptophan synthase subunit beta  78.99 
 
 		 397 aa  645    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00292681  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1916  tryptophan synthase subunit beta  79.49 
 
 		 397 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000988826 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1516  tryptophan synthase subunit beta  91.92 
 
 		 396 aa  756    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.474539 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02762  tryptophan synthase subunit beta  83.12 
 
 		 396 aa  675    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2133  tryptophan synthase subunit beta  91.12 
 
 		 397 aa  741    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.31152  normal  0.733883 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2366  tryptophan synthase subunit beta  78.99 
 
 		 397 aa  645    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  hitchhiker  0.000000273648 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2916  tryptophan synthase subunit beta  89.63 
 
 		 407 aa  747    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.511307 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1936  tryptophan synthase subunit beta  81.03 
 
 		 396 aa  666    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1893  tryptophan synthase subunit beta  78.99 
 
 		 397 aa  646    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.964383  hitchhiker  0.00187983 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1420  tryptophan synthase subunit beta  79.49 
 
 		 397 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2407  tryptophan synthase subunit beta  92.15 
 
 		 396 aa  761    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2833  tryptophan synthase subunit beta  75.77 
 
 		 395 aa  624  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02292  tryptophan synthase subunit beta  76.74 
 
 		 393 aa  624  1e-177  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1056  tryptophan synthase subunit beta  75.64 
 
 		 395 aa  597  1e-169  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3526  tryptophan synthase subunit beta  72.34 
 
 		 420 aa  582  1.0000000000000001e-165  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0245  tryptophan synthase subunit beta  59.69 
 
 		 394 aa  505  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0591  tryptophan synthase subunit beta  59.54 
 
 		 394 aa  508  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.283769  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1656  tryptophan synthase subunit beta  58.67 
 
 		 394 aa  505  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.483015  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0328  tryptophan synthase subunit beta  58.67 
 
 		 394 aa  501  1e-140  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1120  tryptophan synthase subunit beta  58.75 
 
 		 389 aa  476  1e-133  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1412  tryptophan synthase subunit beta  60 
 
 		 394 aa  475  1e-133  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00140909  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  58.68 
 
 		 411 aa  472  1e-132  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1864  tryptophan synthase subunit beta  58.81 
 
 		 391 aa  473  1e-132  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0222  tryptophan synthase subunit beta  58.57 
 
 		 399 aa  469  1.0000000000000001e-131  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.580627  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1688  tryptophan synthase subunit beta  57.71 
 
 		 443 aa  469  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.998465  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2143  tryptophan synthase subunit beta  58.16 
 
 		 420 aa  467  9.999999999999999e-131  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0206171  normal  0.237473 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1683  tryptophan synthase subunit beta  56.72 
 
 		 442 aa  466  9.999999999999999e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000190343 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  60.21 
 
 		 410 aa  466  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0076  tryptophan synthase subunit beta  59.84 
 
 		 390 aa  465  9.999999999999999e-131  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0787  tryptophan synthase subunit beta  59.63 
 
 		 389 aa  464  1e-129  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0215  tryptophan synthase subunit beta  57.48 
 
 		 391 aa  462  1e-129  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.735424 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0810  tryptophan synthase subunit beta  59.63 
 
 		 389 aa  464  1e-129  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1208  tryptophan synthase subunit beta  59.1 
 
 		 393 aa  461  1e-129  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  59.33 
 
 		 409 aa  463  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1549  tryptophan synthase subunit beta  55.53 
 
 		 401 aa  463  1e-129  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  59.01 
 
 		 409 aa  464  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0755  tryptophan synthase subunit beta  57.55 
 
 		 414 aa  459  9.999999999999999e-129  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  57.52 
 
 		 409 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  59.42 
 
 		 397 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01821  tryptophan synthase subunit beta  58.14 
 
 		 414 aa  458  9.999999999999999e-129  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  58.22 
 
 		 401 aa  459  9.999999999999999e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0140  tryptophan synthase subunit beta  58.16 
 
 		 433 aa  460  9.999999999999999e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2139  tryptophan synthase subunit beta  57.85 
 
 		 404 aa  456  1e-127  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1216  tryptophan synthase subunit beta  55.96 
 
 		 414 aa  457  1e-127  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.268288  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  58.38 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02381  tryptophan synthase subunit beta  55.5 
 
 		 417 aa  454  1e-127  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  58.9 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01931  tryptophan synthase subunit beta  57.62 
 
 		 414 aa  455  1e-127  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1990  tryptophan synthase subunit beta  57.22 
 
 		 414 aa  457  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663503 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1911  tryptophan synthase subunit beta  55.67 
 
 		 413 aa  457  1e-127  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.124597 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  58.64 
 
 		 397 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  59.16 
 
 		 397 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  58.68 
 
 		 404 aa  456  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0166  tryptophan synthase subunit beta  57.62 
 
 		 414 aa  457  1e-127  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0594261  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3427  tryptophan synthase subunit beta  56.74 
 
 		 408 aa  455  1e-127  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76011  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  58.9 
 
 		 397 aa  456  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5701  tryptophan synthase subunit beta  56.74 
 
 		 411 aa  457  1e-127  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.194969  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3701  tryptophan synthase subunit beta  59.33 
 
 		 396 aa  455  1e-127  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142022 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  59.16 
 
 		 397 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  57.29 
 
 		 405 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  0.000000703836 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  58.38 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  58.64 
 
 		 397 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  58.66 
 
 		 410 aa  456  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  58.38 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01841  tryptophan synthase subunit beta  57.88 
 
 		 414 aa  457  1e-127  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  58.38 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  58.38 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>