More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2003 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01235  tryptophan synthase subunit beta  90.13 
 
 		 397 aa  746    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2387  tryptophan synthase, beta subunit  90.38 
 
 		 397 aa  750    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.532965  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2805  tryptophan synthase subunit beta  80.1 
 
 		 396 aa  654    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02762  tryptophan synthase subunit beta  81.31 
 
 		 396 aa  689    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1871  tryptophan synthase subunit beta  90.63 
 
 		 397 aa  751    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000282354 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3023  tryptophan synthase subunit beta  81.38 
 
 		 396 aa  663    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0792  tryptophan synthase subunit beta  83.84 
 
 		 396 aa  698    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00347207  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1602  tryptophan synthase subunit beta  91.65 
 
 		 397 aa  760    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0886138 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1660  tryptophan synthase subunit beta  80.51 
 
 		 396 aa  655    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014764 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2726  tryptophan synthase subunit beta  80.51 
 
 		 396 aa  655    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.93556  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01245  hypothetical protein  90.13 
 
 		 397 aa  746    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1486  tryptophan synthase subunit beta  90.38 
 
 		 397 aa  747    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2046  tryptophan synthase subunit beta  91.67 
 
 		 396 aa  758    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2916  tryptophan synthase subunit beta  80.41 
 
 		 407 aa  659    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.511307 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1370  tryptophan synthase subunit beta  90.38 
 
 		 397 aa  750    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1586  tryptophan synthase subunit beta  80.77 
 
 		 409 aa  659    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1916  tryptophan synthase subunit beta  91.65 
 
 		 397 aa  760    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000988826 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2176  tryptophan synthase subunit beta  91.92 
 
 		 396 aa  761    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2302  tryptophan synthase subunit beta  98.48 
 
 		 396 aa  804    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2321  tryptophan synthase subunit beta  90.66 
 
 		 396 aa  746    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2366  tryptophan synthase subunit beta  90.38 
 
 		 397 aa  750    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  hitchhiker  0.000000273648 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2454  tryptophan synthase subunit beta  81.4 
 
 		 401 aa  658    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2705  tryptophan synthase subunit beta  80.51 
 
 		 396 aa  656    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1460  tryptophan synthase subunit beta  90.38 
 
 		 397 aa  750    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00292681  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1682  tryptophan synthase subunit beta  80.66 
 
 		 407 aa  661    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2671  tryptophan synthase subunit beta  92.42 
 
 		 396 aa  769    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253614 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1936  tryptophan synthase subunit beta  92.17 
 
 		 396 aa  766    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1853  tryptophan synthase subunit beta  91.65 
 
 		 397 aa  760    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0734118 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1458  tryptophan synthase subunit beta  81.89 
 
 		 396 aa  667    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1524  tryptophan synthase subunit beta  81.63 
 
 		 396 aa  666    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0500753 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1858  tryptophan synthase subunit beta  91.65 
 
 		 397 aa  760    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.389614 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1425  tryptophan synthase subunit beta  81.54 
 
 		 403 aa  664    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2003  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 396 aa  816    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1936  tryptophan synthase subunit beta  91.67 
 
 		 396 aa  758    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1893  tryptophan synthase subunit beta  90.63 
 
 		 397 aa  751    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.964383  hitchhiker  0.00187983 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1420  tryptophan synthase subunit beta  91.65 
 
 		 397 aa  760    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1516  tryptophan synthase subunit beta  81.89 
 
 		 396 aa  667    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.474539 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1150  tryptophan synthase subunit beta  82.58 
 
 		 396 aa  691    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003084  tryptophan synthase beta chain  82.07 
 
 		 396 aa  692    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2133  tryptophan synthase subunit beta  81.91 
 
 		 397 aa  661    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.31152  normal  0.733883 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2255  tryptophan synthase subunit beta  81.93 
 
 		 403 aa  671    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0836198 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2407  tryptophan synthase subunit beta  80.51 
 
 		 396 aa  656    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2316  tryptophan synthase subunit beta  91.67 
 
 		 396 aa  758    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2207  tryptophan synthase subunit beta  91.39 
 
 		 397 aa  756    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.823385  normal  0.0123051 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1056  tryptophan synthase subunit beta  78.17 
 
 		 395 aa  617  1e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02292  tryptophan synthase subunit beta  72.7 
 
 		 393 aa  599  1e-170  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2833  tryptophan synthase subunit beta  73.08 
 
 		 395 aa  597  1e-169  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3526  tryptophan synthase subunit beta  69.15 
 
 		 420 aa  554  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0245  tryptophan synthase subunit beta  60.15 
 
 		 394 aa  502  1e-141  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0591  tryptophan synthase subunit beta  59.9 
 
 		 394 aa  498  1e-140  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.283769  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1656  tryptophan synthase subunit beta  59.38 
 
 		 394 aa  498  1e-139  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.483015  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0328  tryptophan synthase subunit beta  58.87 
 
 		 394 aa  489  1e-137  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1120  tryptophan synthase subunit beta  59.48 
 
 		 389 aa  487  1e-136  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1683  tryptophan synthase subunit beta  58.97 
 
 		 442 aa  474  1e-133  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000190343 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1688  tryptophan synthase subunit beta  59.23 
 
 		 443 aa  475  1e-133  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.998465  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0222  tryptophan synthase subunit beta  60.31 
 
 		 399 aa  473  1e-132  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.580627  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1804  tryptophan synthase subunit beta  59.58 
 
 		 404 aa  472  1e-132  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.603761  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0787  tryptophan synthase subunit beta  59.13 
 
 		 389 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1216  tryptophan synthase subunit beta  58.07 
 
 		 414 aa  470  1.0000000000000001e-131  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.268288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0810  tryptophan synthase subunit beta  59.13 
 
 		 389 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  58.68 
 
 		 411 aa  468  1.0000000000000001e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0810  tryptophan synthase subunit beta  59.11 
 
 		 406 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1412  tryptophan synthase subunit beta  59.74 
 
 		 394 aa  471  1.0000000000000001e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00140909  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  58.53 
 
 		 399 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  58.53 
 
 		 399 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1208  tryptophan synthase subunit beta  59.79 
 
 		 393 aa  465  9.999999999999999e-131  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0140  tryptophan synthase subunit beta  59.74 
 
 		 433 aa  467  9.999999999999999e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0755  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 414 aa  467  9.999999999999999e-131  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0113  tryptophan synthase subunit beta  58.35 
 
 		 399 aa  466  9.999999999999999e-131  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1911  tryptophan synthase subunit beta  57.07 
 
 		 413 aa  463  1e-129  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.124597 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0215  tryptophan synthase subunit beta  58.38 
 
 		 391 aa  464  1e-129  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.735424 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  59.74 
 
 		 404 aa  463  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2143  tryptophan synthase subunit beta  58.02 
 
 		 420 aa  462  1e-129  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0206171  normal  0.237473 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1741  tryptophan synthase subunit beta  59.49 
 
 		 394 aa  462  1e-129  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  57.63 
 
 		 409 aa  464  1e-129  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  58.96 
 
 		 396 aa  462  1e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2876  tryptophan synthase subunit beta  58.91 
 
 		 414 aa  462  1e-129  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1487  tryptophan synthase subunit beta  57.92 
 
 		 399 aa  461  9.999999999999999e-129  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20740  tryptophan synthase, beta chain  56.19 
 
 		 415 aa  459  9.999999999999999e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.133254  normal  0.373248 
 
 
-
 
NC_004310  BR2110  tryptophan synthase subunit beta  58.07 
 
 		 406 aa  461  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0459587  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  58.27 
 
 		 409 aa  459  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2042  tryptophan synthase subunit beta  59.27 
 
 		 403 aa  460  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.104617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  56.99 
 
 		 418 aa  458  9.999999999999999e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3589  tryptophan synthase subunit beta  58.79 
 
 		 409 aa  458  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.738122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1277  tryptophan synthase subunit beta  57.92 
 
 		 399 aa  461  9.999999999999999e-129  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0206  tryptophan synthase subunit beta  59.33 
 
 		 419 aa  458  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.475237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1549  tryptophan synthase subunit beta  55.5 
 
 		 401 aa  459  9.999999999999999e-129  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2026  tryptophan synthase subunit beta  57.81 
 
 		 422 aa  459  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00854562  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  60.31 
 
 		 410 aa  461  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1558  tryptophan synthase subunit beta  57.22 
 
 		 406 aa  461  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1864  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 391 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1990  tryptophan synthase subunit beta  56.14 
 
 		 414 aa  455  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663503 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3585  tryptophan synthase subunit beta  58.38 
 
 		 409 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.855143  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3237  tryptophan synthase subunit beta  58.29 
 
 		 406 aa  455  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2079  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 403 aa  456  1e-127  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2763  tryptophan synthase subunit beta  58.12 
 
 		 406 aa  455  1e-127  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.785331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3270  tryptophan synthase subunit beta  58.38 
 
 		 409 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.244666 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1257  tryptophan synthase beta chain  57.14 
 
 		 399 aa  455  1e-127  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  57.48 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  58.38 
 
 		 400 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>