More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_8902 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
132 aa  262  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 
135 aa  192  1e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.1 
 
 
131 aa  189  1e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.41 
 
 
127 aa  186  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  67.18 
 
 
127 aa  182  1.0000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.89 
 
 
129 aa  177  2.9999999999999997e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  58.02 
 
 
131 aa  158  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  56.49 
 
 
127 aa  156  9e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.96 
 
 
131 aa  156  9e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  55.73 
 
 
131 aa  155  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  59.54 
 
 
127 aa  156  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.02 
 
 
131 aa  154  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  58.78 
 
 
152 aa  154  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
132 aa  153  7e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  57.25 
 
 
127 aa  152  2e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  53.44 
 
 
127 aa  147  6e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  55.3 
 
 
128 aa  146  9e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.73 
 
 
127 aa  144  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  54.96 
 
 
127 aa  144  4.0000000000000006e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  53.79 
 
 
131 aa  144  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  49.62 
 
 
133 aa  142  2e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  54.41 
 
 
155 aa  140  4e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  53.44 
 
 
127 aa  140  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.11 
 
 
136 aa  140  4e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  51.85 
 
 
138 aa  140  7e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.94 
 
 
136 aa  140  7e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.94 
 
 
136 aa  140  7e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.21 
 
 
147 aa  138  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.37 
 
 
136 aa  137  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  51.15 
 
 
127 aa  137  3.9999999999999997e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  49.24 
 
 
128 aa  137  3.9999999999999997e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  54.14 
 
 
129 aa  137  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  48.09 
 
 
129 aa  136  7e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  48.55 
 
 
139 aa  135  2e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.62 
 
 
144 aa  135  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  48.09 
 
 
129 aa  130  5e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.7 
 
 
128 aa  120  5e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  43.94 
 
 
128 aa  120  8e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
67 aa  77.8  0.00000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  55.56 
 
 
66 aa  77.4  0.00000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  57.14 
 
 
66 aa  77.4  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
66 aa  77.4  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
66 aa  74.7  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 
67 aa  75.1  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  48.48 
 
 
66 aa  74.7  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 
67 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 
67 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.46 
 
 
67 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  51.95 
 
 
310 aa  72.4  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  56.67 
 
 
65 aa  71.6  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.38 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.73 
 
 
67 aa  72  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  55.74 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.92 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  55.74 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.67 
 
 
65 aa  70.9  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
259 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.56 
 
 
66 aa  70.5  0.000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.74 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  54.1 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.1 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  54.1 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  54.1 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  53.97 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  54.1 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  50.72 
 
 
317 aa  68.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.1 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  53.85 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  54.1 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
66 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  54.1 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  54.1 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  53.85 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.46 
 
 
65 aa  68.6  0.00000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
65 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  53.12 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.06 
 
 
242 aa  68.2  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  53.85 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
279 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
268 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1911  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.71 
 
 
70 aa  68.2  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000206161  normal  0.143594 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  56.25 
 
 
281 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.372989 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  51.52 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  50.79 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  52.38 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  50.79 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.75 
 
 
71 aa  67.8  0.00000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  55.74 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
71 aa  67.8  0.00000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>