More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0448 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0448  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  624  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01722  transcriptional regulator  39.6 
 
 		 309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05269  transcriptional regulator  37.16 
 
 		 288 aa  169  7e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  34.87 
 
 		 296 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  33.55 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1672  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.127951  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0385  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.97 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 301 aa  144  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0770  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 300 aa  143  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.87 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 335 aa  142  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 317 aa  139  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 399 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.35 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 313 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1665  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0236  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.859767 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6395  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.158228 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.7 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.7 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3930  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0309903  normal  0.96448 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0128  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5886  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.437235  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 322 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5522  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0758082  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 300 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 297 aa  132  9e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  30.03 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>