More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4218 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4218  inner-membrane translocator  100 
 
 		 287 aa  552  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3184  inner-membrane translocator  86.76 
 
 		 287 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.819999 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0649  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  83.57 
 
 		 289 aa  478  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3731  inner-membrane translocator  83.22 
 
 		 289 aa  474  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3476  inner-membrane translocator  87.46 
 
 		 287 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1178  inner-membrane translocator  71.68 
 
 		 288 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2271  inner-membrane translocator  70.63 
 
 		 289 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.921298  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1364  inner-membrane translocator  49.47 
 
 		 290 aa  260  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4296  inner-membrane translocator  47.5 
 
 		 289 aa  248  7e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  44.21 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  44.91 
 
 		 288 aa  221  8e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  44.01 
 
 		 288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4007  inner-membrane translocator  44.56 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3383  inner-membrane translocator  44.17 
 
 		 290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0509603 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  43.36 
 
 		 289 aa  200  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1748  inner-membrane translocator  44.98 
 
 		 290 aa  198  9e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294925  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0289  inner-membrane translocator  42.4 
 
 		 290 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4781  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  44.2 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0372095  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2060  inner-membrane translocator  42.71 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2453  inner-membrane translocator  42.71 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.768144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2729  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 290 aa  192  6e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279205  decreased coverage  0.00299657 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2248  transmembrane ABC transporter protein  43.06 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0687971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5445  ABC transporter membrane spanning protein  40.14 
 
 		 285 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.596659  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0160  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 311 aa  183  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5149  inner-membrane translocator  40 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.416573 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 286 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 287 aa  156  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  33.94 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 287 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 285 aa  148  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3594  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.577522 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 299 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  36.33 
 
 		 628 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  32.09 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  35.8 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  32.29 
 
 		 628 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  37.55 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  32.71 
 
 		 291 aa  135  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  34.41 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 315 aa  132  5e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  32.63 
 
 		 542 aa  132  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  40 
 
 		 642 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 295 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.36 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1676  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 287 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3368  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6268  inner-membrane translocator  32.46 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.770597  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.46 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2331  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3758  putative ABC transporter, permease protein  30.88 
 
 		 287 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1378  inner-membrane translocator  32.71 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  30.27 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  32 
 
 		 652 aa  129  6e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  30.27 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.41 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  33.09 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.97 
 
 		 294 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  33.09 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  33.09 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 290 aa  127  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1714  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0374994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3165  inner-membrane translocator  30.83 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  29.82 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2696  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 554 aa  126  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.665567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.97 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.75 
 
 		 523 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  30.6 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  30.6 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.6 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  30.6 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  30.6 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  30.6 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  30.97 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 306 aa  125  8.000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  32.09 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2519  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.964633  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  30.98 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>