More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1941 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1941  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  100 
 
 
379 aa  779    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.49323  normal  0.352115 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4219  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  71.82 
 
 
370 aa  552  1e-156  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0216896 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2924  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  68.17 
 
 
387 aa  533  1e-150  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.493867 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3084  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  67.03 
 
 
387 aa  506  9.999999999999999e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.263848  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3133  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  65.46 
 
 
371 aa  494  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585078  normal  0.756341 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2892  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  67.57 
 
 
387 aa  497  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.323123  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2480  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  65.46 
 
 
371 aa  494  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4950  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  63.91 
 
 
369 aa  491  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3365  hypothetical protein  64.36 
 
 
372 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283378  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4051  twin-arginine translocation pathway signal  67.88 
 
 
373 aa  488  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.222615 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3867  hypothetical protein  43.56 
 
 
379 aa  296  6e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0795964  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0346  twin-arginine translocation pathway signal  43.13 
 
 
380 aa  295  1e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.982682  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3018  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  41.64 
 
 
379 aa  285  7e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3372  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  41.37 
 
 
379 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0789991  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0832  Extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 
363 aa  182  1e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.33 
 
 
360 aa  176  5e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3284  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.33 
 
 
360 aa  176  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.970201 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2657  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.29 
 
 
335 aa  175  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1951  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.52 
 
 
371 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.29119 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1554  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.82 
 
 
360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1686  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.47 
 
 
365 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.846032  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0528  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.38 
 
 
360 aa  167  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1971  putative TRAP-transporter extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 
325 aa  167  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418895  normal  0.696077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0531  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.33 
 
 
369 aa  167  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.887659 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  32.66 
 
 
360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3466  putative periplasmic mannitol-binding protein  33.62 
 
 
363 aa  164  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577251 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  31.03 
 
 
359 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0598  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.06 
 
 
367 aa  162  7e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.41 
 
 
360 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.68 
 
 
364 aa  159  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  31.62 
 
 
370 aa  158  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0883  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.64 
 
 
364 aa  158  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550638  hitchhiker  0.00000307081 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1749  twin-arginine translocation pathway signal  31.23 
 
 
359 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0960995 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0449  Extracellular solute-binding protein, family 7  30.98 
 
 
360 aa  157  4e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145503  normal  0.0293677 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2873  twin-arginine translocation pathway signal  30.52 
 
 
359 aa  157  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3651  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.91 
 
 
351 aa  156  6e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0498583 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1273  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.33 
 
 
360 aa  156  6e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0933  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.68 
 
 
371 aa  156  6e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329289  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28431  TRAP-T family tripartite transporter, substrate binding protein  30.16 
 
 
374 aa  156  6e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.986733 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0963  CjaC  30.67 
 
 
353 aa  156  7e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000247317  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0935  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.68 
 
 
370 aa  156  7e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113128  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3285  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.94 
 
 
360 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0971  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.35 
 
 
371 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000651502  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.17 
 
 
360 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2755  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.95 
 
 
373 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.759944  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003132  TRAP transporter solute receptor  29.89 
 
 
363 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000514187  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0097  TRAP-T family sorbitol/mannitol periplasmic binding protein SmoM  31.97 
 
 
365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2011  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.4 
 
 
366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0290842  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3763  hypothetical protein  31.11 
 
 
378 aa  154  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.854395  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1733  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.97 
 
 
365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4421  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.08 
 
 
368 aa  154  2.9999999999999998e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2542  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  33.81 
 
 
363 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2532  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.95 
 
 
369 aa  153  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.403327  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0129  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 
362 aa  153  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189544  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0946  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.92 
 
 
374 aa  153  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2016  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.94 
 
 
359 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0633546  normal  0.0167782 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1450  trap-type mannitol/chloroaromatic compound transport system, periplasmic component  29.57 
 
 
372 aa  153  5.9999999999999996e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2815  twin-arginine translocation pathway signal  32.29 
 
 
364 aa  152  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.793224  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0085  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.69 
 
 
366 aa  152  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2164  transporter, periplasmic component  38.7 
 
 
356 aa  152  8.999999999999999e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0458836 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1404  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 
358 aa  152  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219343  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1416  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.81 
 
 
367 aa  152  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3566  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.34 
 
 
400 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.123987  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2188  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.76 
 
 
363 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0149275  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0394  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.76 
 
 
379 aa  151  2e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0331945  hitchhiker  0.00125692 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02705  hypothetical protein  30.29 
 
 
364 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3150  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.43 
 
 
359 aa  150  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.117485  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4361  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.46 
 
 
361 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2049  twin-arginine translocation pathway signal  31.7 
 
 
362 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3750  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.5 
 
 
355 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.871351 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3441  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.1 
 
 
400 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.837811  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0633  trap dicarboxylate transporter- dctp subunit  32.55 
 
 
351 aa  150  4e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.86 
 
 
372 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0416  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  30.23 
 
 
360 aa  150  5e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000442775  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1100  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 
370 aa  149  6e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0598  twin-arginine translocation pathway signal  30.75 
 
 
362 aa  149  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0921  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.01 
 
 
400 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0937  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.06 
 
 
369 aa  149  7e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.592464  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  30.84 
 
 
361 aa  149  8e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2244  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.1 
 
 
359 aa  149  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.342958  normal  0.0290816 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3789  periplasmic mannitol-binding protein  30.79 
 
 
368 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1719  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  32.9 
 
 
368 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.457663  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0957  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.26 
 
 
360 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.861985  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1474  twin-arginine translocation pathway signal  31.12 
 
 
362 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1039  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.26 
 
 
360 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0821806 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0459  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.14 
 
 
360 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.141093  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3778  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.83 
 
 
345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.29277  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2067  twin-arginine translocation pathway signal  35.38 
 
 
362 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270219  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4514  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.22 
 
 
364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1750  twin-arginine translocation pathway signal  29.36 
 
 
359 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2292  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.41 
 
 
357 aa  147  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  30.17 
 
 
358 aa  147  4.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4720  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.52 
 
 
364 aa  146  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.607383  normal  0.0697574 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.36 
 
 
360 aa  146  7.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0671  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.07 
 
 
361 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0345  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 
372 aa  145  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0892  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 
401 aa  145  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000149436  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3392  twin-arginine translocation pathway signal  31.41 
 
 
362 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4422  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.56 
 
 
361 aa  144  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3063  TRAP dicarboxylate transporter DctM subunit  30.09 
 
 
402 aa  144  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0234034  hitchhiker  0.000132937 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>