145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_15700 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_15700  cytochrome c, mono- and diheme variants family  100 
 
 
259 aa  528  1e-149  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.871134  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1447  cytochrome c class I  72.97 
 
 
284 aa  401  1e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0356963  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1891  cytochrome c class I  73.36 
 
 
259 aa  394  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.527374  hitchhiker  0.000337472 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2076  cytochrome c class I  75.48 
 
 
261 aa  355  3.9999999999999996e-97  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2009  cytochrome c class I  71.81 
 
 
259 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14180  cytochrome c, mono- and diheme variants family  61.65 
 
 
266 aa  318  5e-86  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.616928  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2210  cytochrome c, class I  59.7 
 
 
262 aa  297  1e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0119453  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16190  cytochrome c, mono- and diheme variants family  53.61 
 
 
263 aa  287  1e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.188569  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1947  cytochrome c class I  58.56 
 
 
262 aa  281  6.000000000000001e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000151337 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12130  cytochrome c, mono- and diheme variants family  63.3 
 
 
256 aa  281  7.000000000000001e-75  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.298886  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1295  cytochrome c class I  54.34 
 
 
276 aa  280  2e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1678  cytochrome c class I  51.1 
 
 
289 aa  272  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.250223 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2676  hypothetical protein  54.34 
 
 
269 aa  272  4.0000000000000004e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.543217 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3251  cytochrome c class I  58.24 
 
 
277 aa  266  2.9999999999999995e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0775555 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0963  cytochrome c, class I  50.59 
 
 
268 aa  245  6.999999999999999e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0745087 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3062  cytochrome c class I  52.24 
 
 
303 aa  231  9e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0184477  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3107  cytochrome c, class I  49.19 
 
 
305 aa  228  9e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510771  normal  0.352992 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1374  cytochrome c class I  49.79 
 
 
270 aa  226  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.317055  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3294  cytochrome c, class I  46.33 
 
 
277 aa  223  2e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.79873  normal  0.176806 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3526  cytochrome c class I  48.78 
 
 
277 aa  223  2e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021541 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1810  cytochrome c class I  47.13 
 
 
294 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.101949 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3292  cytochrome c, class I  48.83 
 
 
272 aa  218  6e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.250177  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3354  cytochrome c, class I  48.83 
 
 
272 aa  218  6e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0582943  normal  0.0591201 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3303  cytochrome c, class I  48.83 
 
 
272 aa  218  6e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.227675 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2955  cytochrome c, class I  49.59 
 
 
278 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136352  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3341  cytochrome c class I  48.16 
 
 
295 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3135  cytochrome c, class I  48.98 
 
 
289 aa  212  4.9999999999999996e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3558  cytochrome c, class I  47.66 
 
 
273 aa  211  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0912153 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12222  ubiquinol-cytochrome C reductase qcrC (cytochrome C subunit)  46.85 
 
 
280 aa  208  6e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4119  cytochrome c class I  46.18 
 
 
271 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.83541 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10680  cytochrome c, mono- and diheme variants family  43.68 
 
 
275 aa  199  3e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0523281  normal  0.768267 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1021  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c subunit  39.74 
 
 
307 aa  195  6e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.121328  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2693  cytochrome c class I  39.78 
 
 
306 aa  189  2.9999999999999997e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.714589  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3056  cytochrome c class I  47.2 
 
 
295 aa  179  4e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.294486  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3134  cytochrome c class I  37.13 
 
 
311 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3249  cytochrome c class I  41.23 
 
 
255 aa  171  1e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00726195  hitchhiker  0.0000284914 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  40.19 
 
 
280 aa  160  1e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  30.1 
 
 
224 aa  62.8  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  28.49 
 
 
304 aa  62.8  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2038  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  30.17 
 
 
304 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645844  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5923  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.98 
 
 
293 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123388  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1279  cytochrome C oxidase subunit III  27.62 
 
 
326 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.55862 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.82 
 
 
312 aa  57.4  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.37 
 
 
723 aa  57.4  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1587  cytochrome c, class I  24.26 
 
 
220 aa  57  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500716  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.5 
 
 
308 aa  56.6  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.240618 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  28.02 
 
 
269 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1200  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.78 
 
 
307 aa  55.5  0.0000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.944048  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1107  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.78 
 
 
307 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.1867  normal  0.890058 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  30.92 
 
 
350 aa  54.7  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5018  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.59 
 
 
287 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.5 
 
 
313 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1988  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.12 
 
 
323 aa  50.4  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.4 
 
 
308 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4959  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.81 
 
 
287 aa  50.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21117  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2542  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.68 
 
 
294 aa  49.7  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1526  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.1 
 
 
311 aa  49.7  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1003  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.21 
 
 
304 aa  49.7  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.08 
 
 
306 aa  49.3  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3823  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.87 
 
 
325 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85561  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1848  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.02 
 
 
318 aa  48.9  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149886  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1820  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  27.46 
 
 
327 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.700431  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2821  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.16 
 
 
303 aa  48.9  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.106321  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1615  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.88 
 
 
313 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0748863  normal  0.0271548 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4258  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.17 
 
 
325 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.816603 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1992  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.89 
 
 
323 aa  48.1  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2776  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.5 
 
 
310 aa  48.1  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000169467 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1933  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.91 
 
 
305 aa  48.5  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0570892  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1968  cytochrome c class I  29.67 
 
 
238 aa  48.5  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000548419  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3576  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.17 
 
 
326 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1824  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  28.14 
 
 
317 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1019  hypothetical protein  27.16 
 
 
296 aa  47.4  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.166316 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.69 
 
 
298 aa  47.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30 
 
 
382 aa  47.4  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1787  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  24.88 
 
 
296 aa  47.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.832372  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0376  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  30.47 
 
 
287 aa  47.4  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1798  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.67 
 
 
292 aa  47.8  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5932  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.37 
 
 
289 aa  47.4  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322856  normal  0.495001 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6265  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.37 
 
 
289 aa  47.4  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.142904 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3819  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.25 
 
 
313 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.718495 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2001  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.95 
 
 
325 aa  47  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  29.46 
 
 
272 aa  47  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1794  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.12 
 
 
325 aa  47  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.448855  normal  0.0580758 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2475  putative cytochrome C oxidase (subunit III) transmembrane protein  31.06 
 
 
307 aa  47  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.48971  normal  0.0879223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1610  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.46 
 
 
325 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00269268  hitchhiker  0.0066634 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4355  cytochrome c6  35.48 
 
 
110 aa  46.6  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  31.46 
 
 
205 aa  46.6  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.67 
 
 
318 aa  46.6  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.69 
 
 
287 aa  46.2  0.0005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1108  hypothetical protein  25.84 
 
 
248 aa  46.2  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2376  hypothetical protein  20.2 
 
 
224 aa  46.2  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0256417  normal  0.420009 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4302  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.29 
 
 
305 aa  46.2  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0300725  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3416  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  26.95 
 
 
325 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  31.91 
 
 
374 aa  45.8  0.0007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0084  Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  26.26 
 
 
307 aa  45.8  0.0007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000832498  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0466  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.57 
 
 
287 aa  45.8  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00151581  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  26.28 
 
 
718 aa  45.8  0.0007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3572  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.66 
 
 
313 aa  45.4  0.0009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.57 
 
 
322 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.57 
 
 
322 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>