120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_10680 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_10680  cytochrome c, mono- and diheme variants family  100 
 
 
275 aa  556  1e-157  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0523281  normal  0.768267 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1374  cytochrome c class I  69.66 
 
 
270 aa  379  1e-104  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.317055  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12222  ubiquinol-cytochrome C reductase qcrC (cytochrome C subunit)  59.61 
 
 
280 aa  299  4e-80  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2955  cytochrome c, class I  62.35 
 
 
278 aa  295  6e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136352  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3558  cytochrome c, class I  61.26 
 
 
273 aa  290  2e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0912153 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3292  cytochrome c, class I  62.89 
 
 
272 aa  288  6e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.250177  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3354  cytochrome c, class I  62.89 
 
 
272 aa  288  6e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0582943  normal  0.0591201 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3303  cytochrome c, class I  62.89 
 
 
272 aa  288  6e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.227675 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2693  cytochrome c class I  52.11 
 
 
306 aa  278  6e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.714589  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3341  cytochrome c class I  57.03 
 
 
295 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3294  cytochrome c, class I  52.36 
 
 
277 aa  271  7e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.79873  normal  0.176806 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3056  cytochrome c class I  56.27 
 
 
295 aa  267  1e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.294486  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3526  cytochrome c class I  54.47 
 
 
277 aa  252  4.0000000000000004e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021541 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3249  cytochrome c class I  60.54 
 
 
255 aa  251  9.000000000000001e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00726195  hitchhiker  0.0000284914 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16190  cytochrome c, mono- and diheme variants family  45 
 
 
263 aa  238  6.999999999999999e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.188569  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4119  cytochrome c class I  48.81 
 
 
271 aa  235  5.0000000000000005e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.83541 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0963  cytochrome c, class I  46.39 
 
 
268 aa  231  1e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0745087 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1295  cytochrome c class I  46.3 
 
 
276 aa  227  1e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1447  cytochrome c class I  44.81 
 
 
284 aa  227  2e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0356963  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1891  cytochrome c class I  43.97 
 
 
259 aa  221  9.999999999999999e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.527374  hitchhiker  0.000337472 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3107  cytochrome c, class I  45.53 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510771  normal  0.352992 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14180  cytochrome c, mono- and diheme variants family  43.5 
 
 
266 aa  218  1e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.616928  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2676  hypothetical protein  46.44 
 
 
269 aa  215  7e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.543217 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1810  cytochrome c class I  43.32 
 
 
294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.101949 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15700  cytochrome c, mono- and diheme variants family  45.15 
 
 
259 aa  209  5e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.871134  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1678  cytochrome c class I  43.08 
 
 
289 aa  208  7e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.250223 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2210  cytochrome c, class I  47.89 
 
 
262 aa  208  9e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0119453  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12130  cytochrome c, mono- and diheme variants family  46.08 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.298886  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1947  cytochrome c class I  46.95 
 
 
262 aa  196  3e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000151337 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3251  cytochrome c class I  45.78 
 
 
277 aa  196  4.0000000000000005e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0775555 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3062  cytochrome c class I  45.27 
 
 
303 aa  192  5e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0184477  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3135  cytochrome c, class I  46.12 
 
 
289 aa  189  4e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2009  cytochrome c class I  45.15 
 
 
259 aa  187  2e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2076  cytochrome c class I  47.91 
 
 
261 aa  181  2e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3134  cytochrome c class I  34.56 
 
 
311 aa  172  5e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1021  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c subunit  35.03 
 
 
307 aa  170  3e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.121328  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  38.75 
 
 
280 aa  169  5e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.61 
 
 
308 aa  62.4  0.000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.240618 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.02 
 
 
312 aa  60.1  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1968  cytochrome c class I  29.9 
 
 
238 aa  52.4  0.000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000548419  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  33.05 
 
 
678 aa  50.1  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  27.57 
 
 
718 aa  50.4  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1003  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.4 
 
 
304 aa  50.1  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0733  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.81 
 
 
293 aa  49.3  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  26.5 
 
 
254 aa  48.9  0.00008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2297  hypothetical protein  24 
 
 
302 aa  48.5  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09091  cytochrome cM  35.44 
 
 
125 aa  48.5  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.670452 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0014  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.15 
 
 
293 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1787  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.4 
 
 
296 aa  47.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.832372  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0084  Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  26.06 
 
 
307 aa  47  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000832498  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2794  cytochrome-c oxidase fixP chain  26.37 
 
 
290 aa  47.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40028  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1107  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.68 
 
 
307 aa  47.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.1867  normal  0.890058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1200  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.68 
 
 
307 aa  47.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.944048  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2038  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  29.12 
 
 
304 aa  46.6  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645844  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  27.98 
 
 
350 aa  46.6  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0353  cytochrome c family protein  27.08 
 
 
357 aa  46.2  0.0006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6817  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.09 
 
 
474 aa  46.2  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166846  normal  0.164997 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1820  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  26.32 
 
 
327 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.700431  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.47 
 
 
308 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0320  cytochrome c family protein  27.08 
 
 
369 aa  45.8  0.0007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  33.71 
 
 
647 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1279  cytochrome C oxidase subunit III  25.7 
 
 
326 aa  45.8  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.55862 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0377  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25 
 
 
292 aa  45.8  0.0008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590381  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4048  cytochrome c family protein  27.71 
 
 
208 aa  45.4  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0012  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.13 
 
 
293 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0615  cytochrome c, class I  27.72 
 
 
218 aa  45.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1087  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.17 
 
 
304 aa  45.4  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497321  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  34 
 
 
355 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0905  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  26.67 
 
 
287 aa  45.4  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.269734  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3931  hypothetical protein  27.88 
 
 
212 aa  45.4  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119057  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0634  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.1 
 
 
304 aa  45.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  32.97 
 
 
636 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  27.75 
 
 
374 aa  44.3  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1824  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  23.81 
 
 
317 aa  44.3  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0717  cytochrome cM  31.25 
 
 
129 aa  44.3  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  34.67 
 
 
152 aa  44.7  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.64 
 
 
298 aa  44.3  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1848  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  24.17 
 
 
318 aa  44.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149886  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  26.81 
 
 
391 aa  44.3  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44360  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  21.76 
 
 
308 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.922379  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1798  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  23 
 
 
292 aa  44.3  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  32.97 
 
 
647 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1916  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  25.53 
 
 
282 aa  44.3  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3776  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  21.72 
 
 
308 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2986  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.31 
 
 
447 aa  44.3  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47949  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4431  hypothetical protein  26.32 
 
 
195 aa  43.9  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.074977  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4492  cytochrome c, class I  36 
 
 
127 aa  43.9  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.540606  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1469  cytochrome c, class I  27.89 
 
 
226 aa  43.5  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0501042 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  33.33 
 
 
352 aa  43.9  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1956  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.47 
 
 
322 aa  43.5  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2776  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.08 
 
 
310 aa  43.9  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000169467 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0573  cytochrome c class I  33 
 
 
355 aa  43.9  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2542  putative cytochrome C6-2  39.74 
 
 
115 aa  43.5  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0112262  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2320  cytochrome c, class I  25.93 
 
 
702 aa  43.5  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2760  cytochrome c, class I  25.93 
 
 
702 aa  43.5  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0656  cytochrome c, class I  36.14 
 
 
283 aa  43.5  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3854  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.74 
 
 
292 aa  43.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0524  cytochrome c, class I  34.34 
 
 
353 aa  43.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0537  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.03 
 
 
292 aa  43.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.931468  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0568  cytochrome c class I  33 
 
 
355 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>