130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3107 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3107  cytochrome c, class I  100 
 
 		 305 aa  612  9.999999999999999e-175  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510771  normal  0.352992 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1810  cytochrome c class I  78.54 
 
 		 294 aa  422  1e-117  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.101949 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0963  cytochrome c, class I  49.62 
 
 		 268 aa  248  1e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0745087 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16190  cytochrome c, mono- and diheme variants family  48.61 
 
 		 263 aa  239  2.9999999999999997e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.188569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1447  cytochrome c class I  47.74 
 
 		 284 aa  233  3e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0356963  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2676  hypothetical protein  50.63 
 
 		 269 aa  231  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.543217 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1374  cytochrome c class I  49.61 
 
 		 270 aa  229  3e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.317055  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1891  cytochrome c class I  47.45 
 
 		 259 aa  228  7e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.527374  hitchhiker  0.000337472 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1295  cytochrome c class I  47.53 
 
 		 276 aa  224  2e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15700  cytochrome c, mono- and diheme variants family  48.43 
 
 		 259 aa  221  9.999999999999999e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.871134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3294  cytochrome c, class I  46.07 
 
 		 277 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.79873  normal  0.176806 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12222  ubiquinol-cytochrome C reductase qcrC (cytochrome C subunit)  45.67 
 
 		 280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14180  cytochrome c, mono- and diheme variants family  47.33 
 
 		 266 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.616928  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3251  cytochrome c class I  49.78 
 
 		 277 aa  213  4.9999999999999996e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0775555 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3341  cytochrome c class I  47.54 
 
 		 295 aa  212  7e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10680  cytochrome c, mono- and diheme variants family  44.44 
 
 		 275 aa  211  1e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0523281  normal  0.768267 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3526  cytochrome c class I  47.58 
 
 		 277 aa  208  8e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021541 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3062  cytochrome c class I  45.87 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0184477  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1678  cytochrome c class I  43.18 
 
 		 289 aa  202  4e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.250223 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12130  cytochrome c, mono- and diheme variants family  45.37 
 
 		 256 aa  202  6e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.298886  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3558  cytochrome c, class I  45.67 
 
 		 273 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0912153 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2210  cytochrome c, class I  46.01 
 
 		 262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0119453  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3056  cytochrome c class I  46.5 
 
 		 295 aa  199  6e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.294486  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1947  cytochrome c class I  45.21 
 
 		 262 aa  194  2e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000151337 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4119  cytochrome c class I  43.14 
 
 		 271 aa  193  3e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.83541 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3249  cytochrome c class I  48.83 
 
 		 255 aa  191  1e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00726195  hitchhiker  0.0000284914 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3292  cytochrome c, class I  44.49 
 
 		 272 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.250177  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3354  cytochrome c, class I  44.49 
 
 		 272 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0582943  normal  0.0591201 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3303  cytochrome c, class I  44.49 
 
 		 272 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.227675 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  40.81 
 
 		 280 aa  189  5e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2955  cytochrome c, class I  45.85 
 
 		 278 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136352  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2693  cytochrome c class I  38.81 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.714589  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2076  cytochrome c class I  48.61 
 
 		 261 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1021  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c subunit  36.67 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.121328  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3135  cytochrome c, class I  41.76 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2009  cytochrome c class I  46.23 
 
 		 259 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3134  cytochrome c class I  34.64 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1280  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.65 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.47 
 
 		 312 aa  56.2  0.0000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.22 
 
 		 308 aa  54.3  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.240618 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.98 
 
 		 308 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1845  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.35 
 
 		 349 aa  52.4  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1848  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.03 
 
 		 318 aa  51.2  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149886  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  26.06 
 
 		 718 aa  51.2  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0246  cytochrome c class I  34.15 
 
 		 251 aa  51.2  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1879  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.27 
 
 		 300 aa  50.4  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.09 
 
 		 575 aa  50.8  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.48 
 
 		 318 aa  50.8  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0664  cytochrome c oxidase  30 
 
 		 287 aa  50.8  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1794  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.19 
 
 		 325 aa  50.4  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.448855  normal  0.0580758 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1152  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.02 
 
 		 307 aa  49.7  0.00006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.67748  normal  0.0615842 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44360  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.74 
 
 		 308 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.922379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0693  Cbb3-type cytochrome c oxidase CcoP subunit  27.81 
 
 		 290 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0634  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.65 
 
 		 304 aa  48.5  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2348  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.81 
 
 		 290 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.765339  normal  0.386471 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2607  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.53 
 
 		 332 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00078494  normal  0.780558 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3776  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  26.74 
 
 		 308 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1992  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.6 
 
 		 323 aa  48.5  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2918  cytochrome c class I  30.46 
 
 		 219 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059713 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7344  cytochrome c, class I  27.44 
 
 		 501 aa  48.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.335201  normal  0.557089 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1988  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.03 
 
 		 323 aa  47.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3265  cytochrome c class I  30.46 
 
 		 219 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.838246  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0473  cytochrome c class I  36.19 
 
 		 268 aa  47.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2013  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.03 
 
 		 324 aa  47.4  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00187341  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  24.35 
 
 		 313 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2361  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.57 
 
 		 322 aa  46.6  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0936  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.8 
 
 		 321 aa  46.6  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3662  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.25 
 
 		 294 aa  46.6  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.839971 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  23.76 
 
 		 298 aa  46.2  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.168664  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2070  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.19 
 
 		 317 aa  45.8  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.542754  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2110  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.78 
 
 		 322 aa  46.2  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0408813  normal  0.504179 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3273  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.4 
 
 		 293 aa  45.8  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288519  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.78 
 
 		 322 aa  45.8  0.0009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.78 
 
 		 322 aa  45.8  0.0009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2987  oxidoreductase cytochrome C-type signal peptide protein  29.03 
 
 		 219 aa  45.4  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  31.9 
 
 		 419 aa  45.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1824  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  26.78 
 
 		 317 aa  45.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2542  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.84 
 
 		 294 aa  45.4  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1787  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.67 
 
 		 296 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.832372  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.23 
 
 		 306 aa  45.4  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2593  hypothetical protein  27.78 
 
 		 269 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.572119  normal  0.592044 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0376  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  29.33 
 
 		 287 aa  45.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.34 
 
 		 425 aa  45.8  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1455  cytochrome c class I  26.5 
 
 		 278 aa  45.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000371587  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0014  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.08 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0251  cytochrome c class I  32.53 
 
 		 274 aa  45.1  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3137  cytochrome c family protein  25 
 
 		 265 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1956  cytochrome c family protein  25 
 
 		 265 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1956  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.42 
 
 		 322 aa  44.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1615  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  23.83 
 
 		 313 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0748863  normal  0.0271548 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0905  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  24.59 
 
 		 287 aa  44.7  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.269734  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30 
 
 		 426 aa  44.7  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_004310  BR0360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.67 
 
 		 287 aa  44.3  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  25.63 
 
 		 265 aa  44.3  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3854  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.23 
 
 		 292 aa  43.9  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1933  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.92 
 
 		 305 aa  44.3  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0570892  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  28.02 
 
 		 324 aa  43.9  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.78 
 
 		 723 aa  43.9  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2776  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.04 
 
 		 310 aa  44.3  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000169467 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0017  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.52 
 
 		 293 aa  44.3  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>