156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1810 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1810  cytochrome c class I  100 
 
 
294 aa  591  1e-168  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.101949 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3107  cytochrome c, class I  78.23 
 
 
305 aa  421  1e-117  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510771  normal  0.352992 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0963  cytochrome c, class I  48.85 
 
 
268 aa  241  7.999999999999999e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0745087 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16190  cytochrome c, mono- and diheme variants family  48.21 
 
 
263 aa  237  2e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.188569  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2676  hypothetical protein  48.3 
 
 
269 aa  236  4e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.543217 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1891  cytochrome c class I  49.61 
 
 
259 aa  233  2.0000000000000002e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.527374  hitchhiker  0.000337472 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1295  cytochrome c class I  45.08 
 
 
276 aa  228  1e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14180  cytochrome c, mono- and diheme variants family  50.62 
 
 
266 aa  227  2e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.616928  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1447  cytochrome c class I  45 
 
 
284 aa  223  3e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0356963  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1374  cytochrome c class I  45.98 
 
 
270 aa  219  3e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.317055  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3294  cytochrome c, class I  44.49 
 
 
277 aa  219  3e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.79873  normal  0.176806 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3341  cytochrome c class I  47.13 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15700  cytochrome c, mono- and diheme variants family  46.12 
 
 
259 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.871134  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3251  cytochrome c class I  49.78 
 
 
277 aa  210  2e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0775555 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3526  cytochrome c class I  46.18 
 
 
277 aa  208  8e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021541 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2210  cytochrome c, class I  45.09 
 
 
262 aa  207  2e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0119453  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12130  cytochrome c, mono- and diheme variants family  45.83 
 
 
256 aa  206  3e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.298886  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12222  ubiquinol-cytochrome C reductase qcrC (cytochrome C subunit)  44.49 
 
 
280 aa  202  4e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10680  cytochrome c, mono- and diheme variants family  40.81 
 
 
275 aa  200  1.9999999999999998e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0523281  normal  0.768267 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1947  cytochrome c class I  45.95 
 
 
262 aa  200  3e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000151337 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1678  cytochrome c class I  43.07 
 
 
289 aa  198  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.250223 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3062  cytochrome c class I  42.15 
 
 
303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0184477  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4119  cytochrome c class I  43.2 
 
 
271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.83541 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  42.01 
 
 
280 aa  195  6e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3135  cytochrome c, class I  43.44 
 
 
289 aa  193  3e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3558  cytochrome c, class I  43.7 
 
 
273 aa  191  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0912153 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3292  cytochrome c, class I  45.28 
 
 
272 aa  189  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.250177  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3354  cytochrome c, class I  45.28 
 
 
272 aa  189  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0582943  normal  0.0591201 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3303  cytochrome c, class I  45.28 
 
 
272 aa  189  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.227675 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2076  cytochrome c class I  49.53 
 
 
261 aa  188  8e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3056  cytochrome c class I  41.64 
 
 
295 aa  185  7e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.294486  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3249  cytochrome c class I  46.01 
 
 
255 aa  182  6e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00726195  hitchhiker  0.0000284914 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1021  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c subunit  35.67 
 
 
307 aa  181  1e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.121328  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2955  cytochrome c, class I  45.9 
 
 
278 aa  181  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136352  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2693  cytochrome c class I  34.94 
 
 
306 aa  175  7e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.714589  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2009  cytochrome c class I  44.19 
 
 
259 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3134  cytochrome c class I  34.31 
 
 
311 aa  163  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.79 
 
 
308 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.96 
 
 
312 aa  62  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1845  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.81 
 
 
349 aa  59.3  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  27.66 
 
 
718 aa  59.3  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  30.1 
 
 
374 aa  58.5  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.61 
 
 
308 aa  58.9  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.240618 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.59 
 
 
382 aa  57  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3819  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.02 
 
 
313 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.718495 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.38 
 
 
306 aa  56.2  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2070  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.26 
 
 
317 aa  56.2  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.542754  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3572  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.42 
 
 
313 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44360  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.84 
 
 
308 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.922379  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3776  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  27.84 
 
 
308 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1988  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.55 
 
 
323 aa  55.1  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2607  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.88 
 
 
332 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00078494  normal  0.780558 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0905  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  29.1 
 
 
287 aa  54.7  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.269734  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1820  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  30.21 
 
 
327 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.700431  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1787  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.9 
 
 
296 aa  53.9  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.832372  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0634  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.28 
 
 
304 aa  53.9  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2214  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.98 
 
 
322 aa  53.9  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.87 
 
 
318 aa  53.9  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.95 
 
 
313 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1280  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.57 
 
 
296 aa  53.5  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3273  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.8 
 
 
293 aa  52.8  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288519  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1879  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.5 
 
 
300 aa  52.8  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1824  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  32.26 
 
 
317 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1794  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.79 
 
 
325 aa  52.4  0.000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.448855  normal  0.0580758 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4258  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.05 
 
 
325 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.816603 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2001  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.53 
 
 
325 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0936  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.77 
 
 
321 aa  52  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2361  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.5 
 
 
322 aa  50.8  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1615  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.02 
 
 
313 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0748863  normal  0.0271548 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3576  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.41 
 
 
326 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0377  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.02 
 
 
292 aa  50.8  0.00003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590381  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1956  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.87 
 
 
322 aa  50.8  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  28.5 
 
 
324 aa  50.8  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3854  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.06 
 
 
292 aa  50.4  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1848  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25 
 
 
318 aa  50.1  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149886  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1152  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.29 
 
 
307 aa  50.1  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.67748  normal  0.0615842 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44400  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.49 
 
 
318 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1610  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.06 
 
 
325 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00269268  hitchhiker  0.0066634 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3780  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  28.49 
 
 
318 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.5 
 
 
322 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000127298  normal  0.441817 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3823  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.02 
 
 
325 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85561  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3662  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.05 
 
 
294 aa  50.1  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.839971 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4490  hypothetical protein  28.5 
 
 
322 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2204  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.5 
 
 
322 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000397613  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.5 
 
 
322 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0262117  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2422  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.46 
 
 
325 aa  50.1  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000195931  hitchhiker  0.0000802746 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.14 
 
 
723 aa  49.7  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.5 
 
 
322 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106993  normal  0.268308 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  26.09 
 
 
350 aa  49.7  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0084  Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  22.28 
 
 
307 aa  49.7  0.00006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000832498  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.53 
 
 
322 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.53 
 
 
322 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2110  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.98 
 
 
322 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0408813  normal  0.504179 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1992  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.46 
 
 
323 aa  48.9  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1747  cytochrome c, class I  28.16 
 
 
372 aa  48.9  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0188659 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  26.96 
 
 
407 aa  48.9  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003470  cytochrome c oxidase subunit CcoP  28.5 
 
 
324 aa  48.1  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204703  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2475  putative cytochrome C oxidase (subunit III) transmembrane protein  27.42 
 
 
307 aa  47.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.48971  normal  0.0879223 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.58 
 
 
575 aa  47.8  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0664  cytochrome c oxidase  29.47 
 
 
287 aa  47.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>