More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_08380 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_08380  transcriptional regulator  100 
 
 		 351 aa  689    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.689367  normal  0.241125 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1878  transcriptional regulator, LacI family  67.52 
 
 		 351 aa  444  1.0000000000000001e-124  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0941149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2402  transcriptional regulator, LacI family  58.79 
 
 		 346 aa  365  1e-100  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4021  transcriptional regulator, LacI family  61.13 
 
 		 350 aa  328  7e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613602  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2841  transcriptional regulator, LacI family  56.68 
 
 		 345 aa  328  8e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0403  transcriptional regulator, LacI family  56.86 
 
 		 350 aa  316  5e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2615  transcriptional regulator, LacI family  61.44 
 
 		 337 aa  312  3.9999999999999997e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5334  transcriptional regulator, LacI family  52.98 
 
 		 339 aa  286  4e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.431046 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  50 
 
 		 344 aa  277  2e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 331 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  45.38 
 
 		 335 aa  270  4e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  49.37 
 
 		 339 aa  269  5e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  46.67 
 
 		 343 aa  268  1e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7169  transcriptional repressor RbsR  51.7 
 
 		 331 aa  266  4e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0351473 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1798  LacI family transcription regulator  47.65 
 
 		 473 aa  264  2e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  47.78 
 
 		 340 aa  263  4.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3721  transcriptional regulator  43.29 
 
 		 350 aa  261  2e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.76 
 
 		 348 aa  259  7e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  48.24 
 
 		 348 aa  258  1e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  46.86 
 
 		 340 aa  257  3e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 339 aa  257  3e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  49.52 
 
 		 335 aa  256  4e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3965  Alanine racemase  45.98 
 
 		 338 aa  255  7e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.578436 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  48.87 
 
 		 343 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  49.23 
 
 		 344 aa  254  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0325  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.91 
 
 		 335 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  46.37 
 
 		 338 aa  251  2e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  47.28 
 
 		 361 aa  241  2e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.330741 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3491  transcriptional regulator, LacI family  45.57 
 
 		 349 aa  236  4e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.201292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5673  transcriptional regulator, LacI family  45.02 
 
 		 343 aa  229  4e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227027  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  45.54 
 
 		 357 aa  226  4e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  40.25 
 
 		 338 aa  220  3e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03890  transcriptional regulator, LacI family  40.85 
 
 		 337 aa  220  3.9999999999999997e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.229438 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13170  transcriptional regulator  45.73 
 
 		 359 aa  219  7.999999999999999e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.362617  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1193  transcriptional regulator, LacI family  46.18 
 
 		 335 aa  218  1e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0624061  normal  0.122686 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3030  transcriptional regulator, LacI family  43.12 
 
 		 342 aa  212  7e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  38.44 
 
 		 337 aa  204  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6684  transcriptional regulator, LacI family  43.87 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.594008 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0307  transcriptional regulator, LacI family  38.39 
 
 		 337 aa  197  3e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.211089  normal  0.109292 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20430  transcriptional regulator  43.59 
 
 		 337 aa  195  1e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04030  transcriptional regulator  41.61 
 
 		 351 aa  192  7e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3075  transcriptional regulator, LacI family  41.83 
 
 		 338 aa  192  8e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.494184  normal  0.554684 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  32.56 
 
 		 334 aa  179  7e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  37.39 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.29 
 
 		 329 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0376  transcriptional regulator, LacI family  36.87 
 
 		 358 aa  177  3e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0944  transcriptional regulator, LacI family  41.95 
 
 		 334 aa  176  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.694443 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3330  transcriptional regulator, LacI family  35.83 
 
 		 343 aa  175  8e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  0.198785 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  34.48 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  37.54 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  33.23 
 
 		 333 aa  172  9e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.39 
 
 		 348 aa  170  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  33.66 
 
 		 386 aa  170  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  34.09 
 
 		 336 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  32.47 
 
 		 352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  36.18 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  32.17 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  34.6 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1024  LacI family transcription regulator  36.66 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  31.09 
 
 		 324 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  36.31 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.45 
 
 		 336 aa  161  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  35.46 
 
 		 355 aa  160  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0861  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.42 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.19022 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 		 335 aa  159  5e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.06 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  34.66 
 
 		 339 aa  159  7e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.13 
 
 		 337 aa  159  7e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  30.48 
 
 		 328 aa  159  8e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.92 
 
 		 339 aa  159  8e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 		 351 aa  159  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.36 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  31.05 
 
 		 323 aa  158  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.36 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  30.37 
 
 		 333 aa  158  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  31.05 
 
 		 323 aa  158  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.36 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.36 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.36 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.23 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.17 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  30.77 
 
 		 323 aa  157  4e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  34.18 
 
 		 353 aa  157  4e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.36 
 
 		 325 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  34.19 
 
 		 353 aa  156  6e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.51 
 
 		 346 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.16 
 
 		 333 aa  155  8e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  30.86 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.84 
 
 		 331 aa  155  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.16 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  30.48 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  32.48 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  30.48 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  32.67 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  35.08 
 
 		 391 aa  154  2e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  30.48 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  36.51 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>