More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1252 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 169 aa  345  2e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  82.25 
 
 		 169 aa  293  7e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  82.84 
 
 		 169 aa  289  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  76.33 
 
 		 169 aa  268  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  81.41 
 
 		 169 aa  264  4e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  73.96 
 
 		 168 aa  257  7e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  73.37 
 
 		 168 aa  255  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  72.19 
 
 		 168 aa  254  3e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  71.6 
 
 		 168 aa  249  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  78.71 
 
 		 168 aa  249  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1134  DNA repair protein RadC  62.72 
 
 		 169 aa  224  3e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  63.23 
 
 		 168 aa  205  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  57.99 
 
 		 169 aa  204  4e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  62.41 
 
 		 158 aa  190  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  56.05 
 
 		 164 aa  186  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1238  DNA repair protein RadC  71.9 
 
 		 138 aa  177  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.159004 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  54.48 
 
 		 224 aa  174  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  58.27 
 
 		 224 aa  173  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  57.53 
 
 		 158 aa  171  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  57.24 
 
 		 158 aa  169  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  60 
 
 		 225 aa  168  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  55.86 
 
 		 223 aa  167  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  66.67 
 
 		 160 aa  167  7e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  55.03 
 
 		 224 aa  165  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  55.71 
 
 		 244 aa  164  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  59.26 
 
 		 225 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  59.26 
 
 		 225 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  59.26 
 
 		 225 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  54.48 
 
 		 224 aa  163  9e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  58.52 
 
 		 225 aa  163  9e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  58.52 
 
 		 225 aa  163  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  58.87 
 
 		 157 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  58.52 
 
 		 225 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  58.52 
 
 		 225 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  58.57 
 
 		 238 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  57.78 
 
 		 225 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  58.57 
 
 		 238 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  53.79 
 
 		 224 aa  161  4.0000000000000004e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  58.09 
 
 		 225 aa  160  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  54.48 
 
 		 242 aa  160  6e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  53.1 
 
 		 233 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  52.41 
 
 		 225 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  53.57 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  53.24 
 
 		 224 aa  159  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  55.33 
 
 		 166 aa  159  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  56.43 
 
 		 171 aa  159  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  56.43 
 
 		 237 aa  159  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  55.88 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  60 
 
 		 222 aa  157  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 160 aa  157  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  54.29 
 
 		 225 aa  157  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  55 
 
 		 224 aa  157  8e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1776  DNA repair protein RadC  55.78 
 
 		 168 aa  157  8e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.647543  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  55.56 
 
 		 237 aa  156  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  52.41 
 
 		 224 aa  156  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_33  DNA repair protein RadC  55.4 
 
 		 154 aa  155  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  54.61 
 
 		 157 aa  155  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  55.24 
 
 		 164 aa  155  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1259  DNA repair protein RadC  56.16 
 
 		 158 aa  155  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1699  DNA repair protein RadC  54.25 
 
 		 164 aa  155  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.233274  normal  0.0652003 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3521  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 168 aa  155  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 224 aa  154  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1181  DNA repair protein RadC  50.98 
 
 		 165 aa  154  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.426303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 234 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  54.55 
 
 		 164 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  54.93 
 
 		 305 aa  154  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  47.06 
 
 		 164 aa  154  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1804  DNA repair protein RadC  55.1 
 
 		 168 aa  154  6e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.764768  normal  0.391578 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0380  DNA repair protein RadC  55.78 
 
 		 163 aa  153  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656816 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 224 aa  152  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  49.34 
 
 		 224 aa  153  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  49.66 
 
 		 224 aa  153  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  52.41 
 
 		 224 aa  153  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  52.14 
 
 		 224 aa  152  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  52.86 
 
 		 224 aa  153  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  55.38 
 
 		 225 aa  152  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0385  DNA repair protein RadC  54.41 
 
 		 225 aa  152  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103198  hitchhiker  0.000000153707 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  56.15 
 
 		 225 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  48.68 
 
 		 224 aa  151  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  48.97 
 
 		 224 aa  151  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  49.3 
 
 		 158 aa  151  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  51.05 
 
 		 164 aa  149  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  57.86 
 
 		 222 aa  148  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  47.97 
 
 		 159 aa  148  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 164 aa  147  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  55.38 
 
 		 224 aa  147  6e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  54.69 
 
 		 242 aa  145  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 		 221 aa  145  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  54.69 
 
 		 242 aa  145  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 164 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  50.68 
 
 		 225 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  48.95 
 
 		 164 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  49.66 
 
 		 226 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  51.43 
 
 		 226 aa  145  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2231  DNA repair protein RadC  53.85 
 
 		 193 aa  145  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.173334  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  58.09 
 
 		 226 aa  145  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4745  DNA repair protein RadC  49.03 
 
 		 162 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0218895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  48.32 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>