115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1500 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1500  signal transduction protein  100 
 
 		 134 aa  269  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2274  signal-transduction protein  75.57 
 
 		 134 aa  206  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000468461  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1829  signal transduction protein  73.28 
 
 		 135 aa  202  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0766712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2759  signal-transduction protein  68.66 
 
 		 134 aa  201  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.210578  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1594  signal-transduction protein  68.7 
 
 		 135 aa  191  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1223  signal-transduction protein  58.46 
 
 		 134 aa  162  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.173685 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0167  hypothetical protein  60.48 
 
 		 132 aa  158  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.457357  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004143  hypothetical protein  56.49 
 
 		 135 aa  157  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1950  CBS domain-containing protein  54.84 
 
 		 131 aa  143  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.675111  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4660  CBS domain-containing protein  41.13 
 
 		 199 aa  107  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3652  CBS domain containing protein  41.13 
 
 		 208 aa  103  9e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3706  CBS domain containing protein  41.13 
 
 		 208 aa  103  9e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.312715  normal  0.158217 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4391  CBS domain-containing protein  43.09 
 
 		 204 aa  103  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0804  CBS domain containing protein  41.94 
 
 		 208 aa  102  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2130  CBS domain containing protein  41.94 
 
 		 208 aa  102  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.418826 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2061  protein of unknown function CP12  39.84 
 
 		 203 aa  96.7  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.419662 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3943  CBS domain-containing protein  40.65 
 
 		 197 aa  94  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00933631 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3476  signal-transduction protein  35.43 
 
 		 136 aa  94  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.52358 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1090  putative signal transduction protein with CBS domains  36.75 
 
 		 130 aa  86.3  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0178  signal-transduction protein  34.92 
 
 		 148 aa  77.4  0.00000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2345  putative signal-transduction protein with CBS domains  32.54 
 
 		 148 aa  76.3  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0126  CBS  34.13 
 
 		 148 aa  75.1  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0804  putative signal transduction protein with CBS domains  33.62 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0247  putative signal-transduction protein with CBS domains  33.33 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.414289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0661  signal-transduction protein  31.03 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0346092  normal  0.201572 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2718  putative signal-transduction protein with CBS domains  33.33 
 
 		 150 aa  73.2  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1996  CBS  31.75 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3468  signal-transduction protein  30.43 
 
 		 129 aa  69.7  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0283  putative signal-transduction protein with CBS domains  33.06 
 
 		 148 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.974941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2231  signal-transduction protein  34.75 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.943647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0307  signal-transduction protein  30.83 
 
 		 147 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.400951 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0784  signal-transduction protein  30.43 
 
 		 213 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26594 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1242  signal-transduction protein  31.3 
 
 		 213 aa  57  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0305  signal-transduction protein  27.35 
 
 		 185 aa  53.5  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0743786  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1794  signal-transduction protein  30.17 
 
 		 187 aa  53.1  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.190963  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2907  signal-transduction protein  30.77 
 
 		 188 aa  50.8  0.000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.986231 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0673  signal-transduction protein  32.43 
 
 		 165 aa  49.7  0.00001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2665  putative signal transduction protein with CBS domains  28.21 
 
 		 187 aa  48.5  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000148572  normal  0.84733 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1387  CBS domain containing protein  24.35 
 
 		 148 aa  48.1  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0527  CBS domain containing protein  27.83 
 
 		 147 aa  48.1  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0447  signal-transduction protein  23.73 
 
 		 145 aa  47.8  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.285729  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1650  signal-transduction protein  31.37 
 
 		 141 aa  47.4  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1812  CBS domain containing membrane protein  40.38 
 
 		 132 aa  47.4  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0964  hypothetical protein  20.33 
 
 		 217 aa  47  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2097  CBS domain containing protein  31.48 
 
 		 209 aa  47  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2352  signal-transduction protein  26.89 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.103406  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1614  CBS domain containing membrane protein  27.5 
 
 		 155 aa  46.6  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.267585  normal  0.113023 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1763  CBS domain-containing protein  26.72 
 
 		 200 aa  45.8  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0345  signal-transduction protein  32 
 
 		 150 aa  46.2  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1105  CBS domain containing membrane protein  37.1 
 
 		 228 aa  46.2  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.540911 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0272  CBS domain-containing protein  29.41 
 
 		 145 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3056  putative signal-transduction protein with CBS domains  31.08 
 
 		 143 aa  45.8  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.185367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3713  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  32.08 
 
 		 613 aa  45.8  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000235103  unclonable  0.0000000288509 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0340  signal-transduction protein  30.1 
 
 		 120 aa  45.1  0.0004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0589746  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1756  CBS  31.68 
 
 		 155 aa  44.3  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.966462  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2666  putative signal transduction protein with CBS domains  40 
 
 		 252 aa  44.3  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0113422  normal  0.552797 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3826  putative signal transduction protein with CBS domains  35.14 
 
 		 120 aa  44.3  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.950929 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1780  putative signal transduction protein with CBS domains  30.14 
 
 		 141 aa  43.9  0.0008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4123  signal-transduction protein  31.68 
 
 		 153 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00087962  normal  0.0202046 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0640  hypothetical protein  38.46 
 
 		 292 aa  43.1  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2357  cyclic nucleotide-binding protein  29.06 
 
 		 615 aa  43.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0243  signal transduction protein  31.48 
 
 		 155 aa  43.1  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0228  CBS domain-containing protein  29.41 
 
 		 145 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1050  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  24.56 
 
 		 600 aa  43.5  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2669  putative transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 258 aa  43.5  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.168086  normal  0.566486 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0100  putative signal transduction protein with CBS domains  28.43 
 
 		 143 aa  43.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1026  signal-transduction protein  31.68 
 
 		 153 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0490462 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1462  putative signal transduction protein with CBS domains  25.24 
 
 		 145 aa  42.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0493403  normal  0.625814 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2095  hypothetical protein  30.28 
 
 		 164 aa  42.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.040556  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0214  putative signal transduction protein with CBS domains  27.83 
 
 		 207 aa  42.7  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3565  CBS domain-containing protein  27.63 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1574  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 184 aa  42.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.844747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2529  CBS domain containing membrane protein  40.98 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00130386  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2668  CBS domain containing membrane protein  27.56 
 
 		 277 aa  42.4  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.204246  normal  0.569108 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0202  CBS domain-containing protein  28.43 
 
 		 145 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.025801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3539  signal-transduction protein  30.84 
 
 		 146 aa  41.6  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.278615 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2080  signal-transduction protein  28.45 
 
 		 141 aa  41.6  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3635  signal-transduction protein  30.69 
 
 		 153 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.295786  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4732  signal-transduction protein  30.69 
 
 		 153 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820406  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0345  signal transduction protein  27.54 
 
 		 411 aa  42  0.003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0335  hypothetical protein  30.39 
 
 		 144 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0817  CBS domain-containing protein  30.39 
 
 		 603 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.175091 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1182  putative transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 147 aa  42  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000705125  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5550  signal-transduction protein  30.69 
 
 		 153 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2035  CBS domain-containing protein  28.57 
 
 		 143 aa  41.6  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0225  CBS domain-containing protein  28.43 
 
 		 145 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.791993 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3943  signal-transduction protein  32.67 
 
 		 153 aa  41.6  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.69222 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  40.43 
 
 		 865 aa  41.6  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0016  signal-transduction protein  28.43 
 
 		 146 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1304  signal-transduction protein  26.72 
 
 		 148 aa  41.2  0.005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000185547 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0420  signal-transduction protein  30.39 
 
 		 158 aa  41.2  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2165  hypothetical protein  46.51 
 
 		 291 aa  40.8  0.006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.758559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1105  putative signal transduction protein with CBS domains  32.81 
 
 		 268 aa  40.8  0.006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03090  CBS domain-containing protein  29.7 
 
 		 144 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.17742  hitchhiker  0.000000481482 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1401  signal-transduction protein  32.43 
 
 		 142 aa  40.8  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1395  signal-transduction protein  31.13 
 
 		 141 aa  40.8  0.006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0871644 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4587  signal-transduction protein  30.69 
 
 		 153 aa  40.8  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00378118  hitchhiker  0.00177049 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11190  predicted signal-transduction protein containing cAMP-binding and CBS domains  28.3 
 
 		 131 aa  40.8  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.170576 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3316  CBS domain-containing protein  25 
 
 		 144 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00011902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0381  CBS domain-containing protein  33.85 
 
 		 688 aa  40.4  0.007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0243844 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>