More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1084 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.94 
 
 
692 aa  831    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0908  signal transduction histidine kinase-like protein  52.94 
 
 
680 aa  732    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.07 
 
 
679 aa  808    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0693701 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1084  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
678 aa  1391    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.48408  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  32.03 
 
 
812 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3375  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.72 
 
 
714 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  32.02 
 
 
556 aa  244  5e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  35.29 
 
 
1005 aa  243  6e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 
1165 aa  240  5.999999999999999e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.59 
 
 
743 aa  239  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 
943 aa  238  3e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 
655 aa  236  9e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  32.68 
 
 
544 aa  234  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  34.28 
 
 
678 aa  230  5e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.93 
 
 
1022 aa  230  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  33.41 
 
 
622 aa  229  9e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.41 
 
 
622 aa  229  9e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 
827 aa  227  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0290  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.93 
 
 
758 aa  227  5.0000000000000005e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.312795 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.72 
 
 
807 aa  227  6e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.35 
 
 
812 aa  226  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.77 
 
 
922 aa  225  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.65 
 
 
740 aa  225  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2172  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
658 aa  225  3e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 
1050 aa  224  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.22 
 
 
916 aa  224  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.87 
 
 
492 aa  224  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2399  histidine kinase  34.99 
 
 
564 aa  224  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.56 
 
 
689 aa  224  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4031  sensory box histidine kinase/response regulator  36.92 
 
 
851 aa  224  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0124  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.92 
 
 
851 aa  223  7e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4711  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.12 
 
 
683 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.61 
 
 
998 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 
1215 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.17 
 
 
741 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4095  sensory box histidine kinase/response regulator  36.67 
 
 
851 aa  222  1.9999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.04 
 
 
651 aa  221  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
628 aa  221  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5603  hypothetical protein  36.84 
 
 
756 aa  221  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.11 
 
 
712 aa  220  7.999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
781 aa  219  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 
660 aa  219  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.94 
 
 
810 aa  219  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.72 
 
 
632 aa  219  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.73 
 
 
1095 aa  218  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  32.05 
 
 
541 aa  218  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0038  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.55 
 
 
681 aa  219  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0323591 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  33.73 
 
 
1065 aa  218  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.39 
 
 
589 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.81 
 
 
589 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.39 
 
 
589 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.25 
 
 
1065 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  33.25 
 
 
726 aa  218  4e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
622 aa  218  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 
559 aa  217  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 
589 aa  217  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  30.31 
 
 
533 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.99 
 
 
1631 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.72 
 
 
681 aa  217  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.746553  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.56 
 
 
508 aa  217  5.9999999999999996e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.31 
 
 
522 aa  217  5.9999999999999996e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  31.67 
 
 
533 aa  216  7e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  30.67 
 
 
539 aa  216  8e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 
732 aa  216  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.39 
 
 
588 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0349  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 
722 aa  216  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.081308  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0018  ATPase domain-containing protein  34.47 
 
 
681 aa  216  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.434302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2505  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.75 
 
 
707 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.44 
 
 
762 aa  216  9.999999999999999e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.17 
 
 
815 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.91 
 
 
1105 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  34.34 
 
 
936 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.53 
 
 
933 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2443  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 
657 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  31.19 
 
 
533 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3211  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.61 
 
 
696 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.7085  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.42 
 
 
769 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  32.2 
 
 
531 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.02 
 
 
853 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.75 
 
 
1053 aa  215  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  31.99 
 
 
541 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.74 
 
 
682 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  31.99 
 
 
541 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.68 
 
 
889 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 
957 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.89 
 
 
953 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.24 
 
 
807 aa  214  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  29.21 
 
 
544 aa  214  4.9999999999999996e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0119  sensor histidine kinase with PAS/PAC  34.55 
 
 
909 aa  214  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.84 
 
 
695 aa  214  5.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3081  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.03 
 
 
638 aa  213  7e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0200059 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1028  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.5 
 
 
870 aa  213  7e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.636365 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  36.46 
 
 
490 aa  213  7.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
1036 aa  213  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  33.82 
 
 
956 aa  213  9e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.5 
 
 
728 aa  213  9e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1620  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  31.43 
 
 
927 aa  212  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.831264  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  32.24 
 
 
611 aa  213  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  32.24 
 
 
611 aa  213  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  32.24 
 
 
611 aa  213  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>