More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2050 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 321 aa  656    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2239  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.75 
 
 		 327 aa  368  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  51.39 
 
 		 318 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  51.4 
 
 		 318 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  51.4 
 
 		 318 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  51.09 
 
 		 318 aa  328  6e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  50.78 
 
 		 318 aa  319  5e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  50.78 
 
 		 318 aa  318  6e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  50.47 
 
 		 318 aa  316  3e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  50.94 
 
 		 318 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  50.78 
 
 		 318 aa  311  6.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  47.23 
 
 		 304 aa  293  2e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  47.73 
 
 		 304 aa  291  9e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.87 
 
 		 305 aa  288  6e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1983  DNA polymerase III, delta prime subunit  48.23 
 
 		 303 aa  288  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258403  hitchhiker  0.00527973 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  43.77 
 
 		 304 aa  267  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.2 
 
 		 331 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  33.12 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  32.8 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.11 
 
 		 351 aa  136  4e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  32.79 
 
 		 328 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  45.1 
 
 		 328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  41.24 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  36 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  41.24 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  37.44 
 
 		 330 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  40.23 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  42.5 
 
 		 328 aa  126  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  36.57 
 
 		 336 aa  125  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.76 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  37.14 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  29.85 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  43.14 
 
 		 328 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  43.14 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  44.44 
 
 		 327 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  42.58 
 
 		 328 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  38.46 
 
 		 335 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  40.22 
 
 		 361 aa  121  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  40.11 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.41 
 
 		 312 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  41.4 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.58 
 
 		 328 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.57 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.87 
 
 		 335 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  37.84 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.5 
 
 		 323 aa  119  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  38.83 
 
 		 325 aa  119  9e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  37.71 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  37.3 
 
 		 340 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  26.73 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  40.79 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  33.53 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  35.16 
 
 		 335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.63 
 
 		 336 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  34.07 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.9 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  36.05 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  27.59 
 
 		 334 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  35.23 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  27.73 
 
 		 334 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  35.47 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  27.59 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  35.47 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  27.59 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  27.59 
 
 		 334 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  27.59 
 
 		 334 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  35.47 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  27.59 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  27.59 
 
 		 334 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  34.55 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.19 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  30.86 
 
 		 334 aa  109  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.5 
 
 		 337 aa  109  7.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  27.41 
 
 		 327 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  27.41 
 
 		 327 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  36.84 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 		 431 aa  107  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  34.88 
 
 		 334 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.35 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  30.51 
 
 		 336 aa  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  27.1 
 
 		 327 aa  106  6e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  27.1 
 
 		 327 aa  106  6e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.36 
 
 		 342 aa  106  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  27.1 
 
 		 327 aa  106  7e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  35.95 
 
 		 327 aa  105  8e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  36.6 
 
 		 327 aa  105  8e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  33.71 
 
 		 332 aa  105  9e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  35.95 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.75 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  35.37 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  36.6 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  35.95 
 
 		 327 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  34.65 
 
 		 379 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  33.68 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  35.95 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  35.39 
 
 		 337 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  32 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.84 
 
 		 320 aa  103  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.53 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>