More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2192 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2192  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
442 aa  910    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4273  two-component sensor  47.52 
 
 
402 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595871  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50200  two-component sensor  48.16 
 
 
402 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000583337 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1533  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  48.2 
 
 
403 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2000  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.24 
 
 
411 aa  326  5e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2828  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.52 
 
 
409 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.453157  normal  0.0182492 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3697  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.57 
 
 
405 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.194004  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4372  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.53 
 
 
405 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1495  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.53 
 
 
405 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.702129 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3460  flagellar sensor histidine kinase FleS  47.06 
 
 
404 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3933  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.16 
 
 
405 aa  299  8e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.571484  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1955  sensor histidine kinase FleS  47.66 
 
 
368 aa  290  4e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189576  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02892  putative sensory box sensor histidine kinase in two-component regulatory system  42.17 
 
 
380 aa  251  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3451  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.34 
 
 
384 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3050  histidine kinase  40.72 
 
 
398 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2939  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.1 
 
 
360 aa  239  9e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.924574  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1434  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.1 
 
 
360 aa  239  9e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2929  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.1 
 
 
360 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2579  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.02 
 
 
360 aa  238  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3071  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.1 
 
 
360 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.429893 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1720  flagellar regulatory protein B  42.49 
 
 
351 aa  236  6e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00341718  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1445  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.05 
 
 
390 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2311  histidine kinase  43.21 
 
 
347 aa  231  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.12 
 
 
371 aa  227  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1499  flagellar regulatory protein B  39.94 
 
 
431 aa  221  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440819  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1179  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.3 
 
 
356 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.32 
 
 
370 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1279  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.98 
 
 
360 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1346  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.28 
 
 
360 aa  219  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1339  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.9 
 
 
360 aa  219  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.400038 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03165  hypothetical protein  41.03 
 
 
345 aa  218  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1363  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.91 
 
 
362 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002812  flagellar sensor histidine kinase FleS  40.3 
 
 
343 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3231  flagellar regulatory protein B  40.98 
 
 
360 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3069  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.67 
 
 
371 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1321  ATP-binding region, ATPase-like protein  39.4 
 
 
356 aa  210  5e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2300  flagellar regulatory protein B  40.67 
 
 
357 aa  208  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0774  sensor histidine kinase  35.75 
 
 
397 aa  206  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.307711 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1727  hypothetical protein  37.77 
 
 
343 aa  190  5e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1727  hypothetical protein  37.27 
 
 
343 aa  189  5.999999999999999e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2898  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.31 
 
 
386 aa  180  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230241  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2712  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 
564 aa  126  6e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2391  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.46 
 
 
573 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000390402  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0768  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.9 
 
 
673 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.670648  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  26.73 
 
 
608 aa  112  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  26.73 
 
 
608 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.73 
 
 
608 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  26.73 
 
 
608 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  26.73 
 
 
608 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.19 
 
 
586 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  26.18 
 
 
608 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2908  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.19 
 
 
604 aa  112  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.293686  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.2 
 
 
722 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.100019 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0969  sensory histidine kinase AtoS  26.32 
 
 
622 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000351141  normal  0.40359 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1658  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.4 
 
 
579 aa  110  6e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0362267  normal  0.337398 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2821  sensory box histidine kinase  28.04 
 
 
604 aa  109  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0852  histidine kinase  29.43 
 
 
528 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.152084  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1684  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.84 
 
 
581 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0799101  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4448  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.71 
 
 
589 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2146  two component signal transduction histidine kinase  26.39 
 
 
559 aa  105  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4312  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.25 
 
 
591 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.25 
 
 
589 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0773722  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3120  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.13 
 
 
561 aa  104  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0016  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.11 
 
 
679 aa  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.225702  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4457  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.47 
 
 
661 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0426  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.7 
 
 
598 aa  102  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.830485  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2201  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
480 aa  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0849  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 
981 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000864337  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0979  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.51 
 
 
617 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1319  sensor histidine kinase  32.91 
 
 
367 aa  98.2  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1487  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.97 
 
 
491 aa  98.6  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.470629  normal  0.424816 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1029  two-component sensor CbrA  26.6 
 
 
986 aa  97.8  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.211087  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
733 aa  98.2  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2985  histidine kinase  31.84 
 
 
498 aa  97.8  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2307  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.4 
 
 
506 aa  97.1  6e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0078  histidine kinase  29.58 
 
 
475 aa  97.1  6e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3078  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.73 
 
 
369 aa  97.1  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0142  histidine kinase  29.83 
 
 
614 aa  96.7  8e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0828  sensory histidine kinase AtoS  25.07 
 
 
613 aa  96.7  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.167481 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0824  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.06 
 
 
616 aa  96.3  9e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.125796 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1094  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 
364 aa  95.5  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.54 
 
 
1079 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4395  histidine kinase  31.05 
 
 
484 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.448772  normal  0.535318 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3168  histidine kinase  30.51 
 
 
369 aa  96.3  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 
513 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1404  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.84 
 
 
361 aa  95.5  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000236023 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2806  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.57 
 
 
361 aa  95.1  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2943  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 
415 aa  95.5  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1650  histidine kinase  30.54 
 
 
612 aa  94.4  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0167  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.98 
 
 
517 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3741  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.9 
 
 
367 aa  94.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.49679  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1384  sensory histidine kinase AtoS  25.31 
 
 
617 aa  94  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4580  sensor protein ZraS  30.58 
 
 
465 aa  94  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.910728 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1016  sensor protein ZraS  28.01 
 
 
450 aa  94  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0625472  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2148  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 
729 aa  93.6  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0915  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.59 
 
 
362 aa  93.6  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.115848  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3374  two-component sensor kinase CbrA  30.12 
 
 
1000 aa  93.6  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.694338  normal  0.111505 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0448  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.94 
 
 
519 aa  93.6  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0923  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.64 
 
 
621 aa  93.2  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2808  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.46 
 
 
595 aa  93.2  8e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.277541  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>