More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1104 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  100 
 
 		 222 aa  450  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  52.49 
 
 		 222 aa  246  3e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.58 
 
 		 239 aa  244  6e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  53.21 
 
 		 227 aa  242  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 225 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50.88 
 
 		 242 aa  241  6e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  48.7 
 
 		 232 aa  239  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  54.75 
 
 		 241 aa  238  5e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  49.32 
 
 		 224 aa  237  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.56 
 
 		 242 aa  236  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 		 247 aa  235  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.09 
 
 		 239 aa  235  3e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.09 
 
 		 239 aa  235  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.09 
 
 		 239 aa  235  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  49.32 
 
 		 227 aa  232  3e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  49.54 
 
 		 219 aa  232  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.56 
 
 		 240 aa  232  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.56 
 
 		 240 aa  232  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.56 
 
 		 240 aa  232  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.56 
 
 		 240 aa  232  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.78 
 
 		 243 aa  231  4.0000000000000004e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.08 
 
 		 219 aa  231  5e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.08 
 
 		 219 aa  231  5e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.56 
 
 		 240 aa  231  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  47.11 
 
 		 240 aa  229  3e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.11 
 
 		 240 aa  229  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.11 
 
 		 240 aa  229  3e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  47.11 
 
 		 240 aa  229  3e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  51.38 
 
 		 226 aa  229  3e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.11 
 
 		 240 aa  229  3e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.11 
 
 		 240 aa  229  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.11 
 
 		 240 aa  228  6e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  46.67 
 
 		 240 aa  227  1e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  46.67 
 
 		 240 aa  227  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  47.71 
 
 		 227 aa  225  4e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.85 
 
 		 223 aa  225  5.0000000000000005e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  47.56 
 
 		 230 aa  225  5.0000000000000005e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.85 
 
 		 223 aa  225  5.0000000000000005e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.43 
 
 		 243 aa  223  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.64 
 
 		 234 aa  218  5e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  45.54 
 
 		 230 aa  217  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 		 227 aa  217  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  45.45 
 
 		 221 aa  215  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 230 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 221 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 229 aa  208  5e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  47.25 
 
 		 226 aa  208  6e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  45.87 
 
 		 247 aa  195  5.000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1775  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 243 aa  190  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 231 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 229 aa  186  2e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  42.08 
 
 		 226 aa  182  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 227 aa  182  3e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 236 aa  181  8.000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.19 
 
 		 223 aa  180  2e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2990  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.140246 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.36 
 
 		 228 aa  176  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  43.17 
 
 		 227 aa  176  2e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 231 aa  176  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.56 
 
 		 231 aa  176  3e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  40 
 
 		 232 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.29 
 
 		 242 aa  174  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1658  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 230 aa  174  9e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.515101  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  39.29 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  37.78 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 238 aa  172  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.41 
 
 		 237 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0154  two component transcriptional regulator  37.02 
 
 		 238 aa  172  3.9999999999999995e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.644268  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4670  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  40.54 
 
 		 226 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 231 aa  171  5.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  39.73 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 229 aa  170  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  39.73 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  39.73 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  40.18 
 
 		 229 aa  170  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.86 
 
 		 235 aa  170  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  39.91 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18360  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  40.54 
 
 		 239 aa  170  2e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0132  response regulator receiver protein  39.65 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  39.73 
 
 		 229 aa  168  6e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  39.21 
 
 		 227 aa  168  7e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 		 227 aa  168  7e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  42.34 
 
 		 226 aa  168  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2939  response regulator receiver  41.85 
 
 		 232 aa  168  7e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.46 
 
 		 230 aa  167  8e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  39.73 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>