176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_A0132 on replicon NC_004349
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004349  SO_A0132  hypothetical protein  100 
 
 		 152 aa  304  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.105448  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0172  response regulator  36.05 
 
 		 237 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00420829  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  29.49 
 
 		 250 aa  48.9  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 219 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3838  response regulator receiver domain-containing protein  30.38 
 
 		 234 aa  47.8  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000539223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1528  two component transcriptional regulator  32.5 
 
 		 224 aa  47.8  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1208  phosphate regulon response regulator PhoB  28.95 
 
 		 233 aa  47.4  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  42.31 
 
 		 493 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.09 
 
 		 518 aa  47.8  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1716  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  31.51 
 
 		 248 aa  47.4  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00444869  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0473  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  31.51 
 
 		 248 aa  47.4  0.00007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1527  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 214 aa  47.4  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000285155  normal  0.0354846 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2761  transcriptional regulator, CadC  34.15 
 
 		 214 aa  47.4  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2680  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 214 aa  47.4  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00609621  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2304  two component transcriptional regulator  29.55 
 
 		 234 aa  47  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00553057  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.88 
 
 		 223 aa  46.6  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 493 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 493 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0617  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 207 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0586  winged helix family two component response transcriptional regulator  34.48 
 
 		 207 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0613  winged helix family two component response transcriptional regulator  34.48 
 
 		 207 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.341975 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2093  two component transcriptional regulator  30.43 
 
 		 233 aa  44.7  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.582679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3483  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 231 aa  45.1  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  25.2 
 
 		 425 aa  44.7  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0489  two component transcriptional regulator  28 
 
 		 228 aa  44.7  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1824  two component transcriptional regulator  36.23 
 
 		 222 aa  44.7  0.0005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0521  two component transcriptional regulator, winged helix family  30 
 
 		 246 aa  44.3  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2216  two component transcriptional regulator  25 
 
 		 234 aa  43.9  0.0007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.357864  normal  0.270863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  28.09 
 
 		 294 aa  43.9  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0841  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.92 
 
 		 223 aa  43.9  0.0008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0495  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.43 
 
 		 232 aa  43.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2378  response regulator  30.56 
 
 		 235 aa  43.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0847711  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2612  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.71 
 
 		 228 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0412974  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2180  two component transcriptional regulator  29.63 
 
 		 235 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0753297 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  34.29 
 
 		 921 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5200  DNA-binding response regulator  31.43 
 
 		 223 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1559  response regulator receiver  33.33 
 
 		 228 aa  43.5  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  29.87 
 
 		 950 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4989  DNA-binding response regulator  30.56 
 
 		 231 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6685  two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 234 aa  42.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599421  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4725  DNA-binding response regulator  30.56 
 
 		 231 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4567  DNA-binding response regulator  30.56 
 
 		 231 aa  42.4  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000110456  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4587  DNA-binding response regulator  30.56 
 
 		 231 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.93847  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0785  DNA-binding response regulator PhoB  25.84 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2614  DNA-binding response regulator  30.56 
 
 		 235 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000167367 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1923  two component transcriptional regulator  25 
 
 		 234 aa  42.7  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.172224  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1415  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.77 
 
 		 222 aa  42.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.279939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1623  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  25.84 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 591 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5087  DNA-binding response regulator  30.56 
 
 		 231 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2768  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  25.84 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.368066  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4948  DNA-binding response regulator  30.56 
 
 		 231 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  27.37 
 
 		 234 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1561  two component transcriptional regulator  33.72 
 
 		 226 aa  42.7  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  26.14 
 
 		 762 aa  42.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3253  two component transcriptional regulator  33.8 
 
 		 229 aa  42.4  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0195  two component transcriptional regulator  33.8 
 
 		 222 aa  42.7  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.304768 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0824  two component transcriptional regulator  28.05 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3042  two-component response regulator  36.99 
 
 		 228 aa  42.4  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.330896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0115  DNA-binding response regulator  30.67 
 
 		 226 aa  42.4  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0388834  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  29.76 
 
 		 479 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1194  two component transcriptional regulator  28.05 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.159741  normal  0.484581 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1659  two component transcriptional regulator  27.63 
 
 		 245 aa  42.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1182  two component transcriptional regulator  28.05 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4976  DNA-binding response regulator  30.56 
 
 		 231 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1305  two component transcriptional regulator  28.05 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.920206  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1296  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  25.84 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1320  response regulator receiver protein  25.84 
 
 		 160 aa  42.7  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0572  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  25.84 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1490  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  25.84 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.72233  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1520  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  25.84 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0579  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  25.84 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0503015  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7423  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  29.41 
 
 		 234 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1512  two component transcriptional regulator  33.72 
 
 		 226 aa  42.7  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1276  two component transcriptional regulator  28.05 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1433  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  42.4  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5320  winged helix family two component transcriptional regulator  30.12 
 
 		 242 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0485  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  29.17 
 
 		 227 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.537934  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4961  DNA-binding response regulator  30.99 
 
 		 231 aa  42  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0154  two component transcriptional regulator  30.12 
 
 		 229 aa  42  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4677  two component transcriptional regulator  30.56 
 
 		 231 aa  42  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5606  two component transcriptional regulator  30.12 
 
 		 229 aa  42.4  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  25.33 
 
 		 584 aa  42  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0541  two component transcriptional regulator  31.94 
 
 		 230 aa  42  0.003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  27.08 
 
 		 233 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3795  transcriptional regulator, CadC  28 
 
 		 325 aa  42  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.264433  decreased coverage  0.000000426063 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4515  two component transcriptional regulator  27.71 
 
 		 247 aa  42  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3116  two component transcriptional regulator  27.4 
 
 		 229 aa  42  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.202822  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0117  DNA-binding response regulator  30.67 
 
 		 226 aa  42  0.003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.527355  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4602  two component transcriptional regulator  27.71 
 
 		 247 aa  42  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0183  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  29.17 
 
 		 227 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4898  two component transcriptional regulator  27.71 
 
 		 247 aa  42  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0272  DNA-binding response regulator  30.99 
 
 		 231 aa  42  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48520  phosphate regulon response regulator; PhoB  30.12 
 
 		 229 aa  42  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0667889  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5367  two component transcriptional regulator  30.12 
 
 		 229 aa  42  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.400776 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  26.8 
 
 		 235 aa  41.6  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5228  two component transcriptional regulator  30.12 
 
 		 229 aa  42  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.661336  normal  0.450139 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0173  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  29.17 
 
 		 227 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.505642  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2781  two component transcriptional regulator  30.56 
 
 		 241 aa  41.6  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1105  two component transcriptional regulator  26.51 
 
 		 229 aa  41.6  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.489008  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>