More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0115 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_0115  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 226 aa  454  1e-127  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0388834  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0117  DNA-binding response regulator  97.79 
 
 		 226 aa  446  1.0000000000000001e-124  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.527355  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0836  DNA-binding response regulator  59.91 
 
 		 222 aa  276  2e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.509227  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5200  DNA-binding response regulator  48.2 
 
 		 223 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03380  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  50.67 
 
 		 271 aa  236  3e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.7 
 
 		 223 aa  221  8e-57  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1415  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 		 222 aa  216  2e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.279939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0521  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.44 
 
 		 246 aa  211  1e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1528  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 224 aa  209  3e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1310  DNA-binding response regulator  42.73 
 
 		 226 aa  207  1e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4285  two component transcriptional regulator  42.6 
 
 		 235 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4531  DNA-binding response regulator  42.15 
 
 		 235 aa  197  9e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4337  DNA-binding response regulator  41.7 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4173  response regulator  41.7 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.407882  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4184  response regulator  42.15 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4519  DNA-binding response regulator  41.7 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4671  DNA-binding response regulator  41.7 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.292793  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4572  DNA-binding response regulator  42.15 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.947729  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3334  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0677  DNA-binding response regulator  42.15 
 
 		 252 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00651698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4557  DNA-binding response regulator  42.15 
 
 		 235 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2177  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.97 
 
 		 235 aa  191  6e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0682  two component transcriptional regulator  41.36 
 
 		 224 aa  190  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.243903  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0697  response regulator receiver  41.36 
 
 		 224 aa  190  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.156095  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3154  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 235 aa  191  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.546688  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0495  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 		 232 aa  189  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0312  DNA-binding response regulator  39.82 
 
 		 224 aa  186  2e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0343  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.37 
 
 		 228 aa  182  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2322  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 234 aa  181  6e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0122233  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0655  response regulator  40.81 
 
 		 232 aa  181  9.000000000000001e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.134395  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1093  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2206  DNA-binding response regulator  39.82 
 
 		 221 aa  177  2e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2540  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 235 aa  175  6e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0258785  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2304  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 234 aa  174  7e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00553057  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2570  DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1910  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 223 aa  171  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0834  DNA-binding response regulator  38.12 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000464203  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2617  DNA-binding response regulator  36.61 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00078911  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2648  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 221 aa  170  2e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2704  response regulator receiver  38.36 
 
 		 221 aa  170  2e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2655  DNA-binding response regulator  36.61 
 
 		 235 aa  169  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00013766  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3483  two component transcriptional regulator  35.43 
 
 		 231 aa  169  3e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4725  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4677  two component transcriptional regulator  35.75 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4567  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000110456  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4587  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.93847  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5087  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4948  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4976  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2754  DNA-binding response regulator  36.61 
 
 		 235 aa  169  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000477477 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4989  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 231 aa  168  5e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0272  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 231 aa  168  5e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4961  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 231 aa  168  5e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2614  DNA-binding response regulator  36.61 
 
 		 235 aa  168  5e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000167367 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2343  response regulator  36.61 
 
 		 235 aa  168  7e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0508948  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2419  DNA-binding response regulator  36.61 
 
 		 235 aa  167  9e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2597  DNA-binding response regulator  36.61 
 
 		 235 aa  167  9e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2378  response regulator  36.61 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0847711  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2112  two component transcriptional regulator  37.84 
 
 		 233 aa  165  4e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1787  two component transcriptional regulator  34.39 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4929  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.59 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0976  DNA-binding response regulator  37.05 
 
 		 222 aa  158  8e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2903  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.65 
 
 		 234 aa  157  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  36.36 
 
 		 226 aa  154  9e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1073  putative response regulator  36 
 
 		 234 aa  154  1e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2534  DNA-binding response regulator YycF  34.93 
 
 		 233 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2915  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.75 
 
 		 225 aa  152  4e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.892207  normal  0.300351 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  37.39 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  37.39 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  37.39 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  37.39 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  37.39 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  37.39 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.61 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.04 
 
 		 228 aa  152  5e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  37.39 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 235 aa  151  5.9999999999999996e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 235 aa  151  5.9999999999999996e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  37.39 
 
 		 235 aa  151  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 230 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  37.39 
 
 		 235 aa  150  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.73 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  32.27 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  35.91 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.64 
 
 		 226 aa  149  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0018  response regulator receiver  35.22 
 
 		 233 aa  149  4e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0018  two component transcriptional regulator  35.22 
 
 		 233 aa  149  4e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.70243  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.8 
 
 		 236 aa  148  8e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6145  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.788201 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0997  response regulator receiver  36.16 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  32.73 
 
 		 229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.45 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  33.64 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  34.53 
 
 		 229 aa  146  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.78 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.28 
 
 		 237 aa  145  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0088  two component transcriptional regulator  33.94 
 
 		 228 aa  146  3e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1658  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.04 
 
 		 230 aa  146  3e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.515101  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3303  two component transcriptional regulator  31.72 
 
 		 229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000702519  hitchhiker  0.00000106408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>