More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3173 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  100 
 
 
309 aa  638    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.96 
 
 
313 aa  316  4e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.32 
 
 
320 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.27 
 
 
315 aa  313  2.9999999999999996e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.92 
 
 
313 aa  312  3.9999999999999997e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.55 
 
 
320 aa  310  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  52.29 
 
 
321 aa  310  2.9999999999999997e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.13 
 
 
322 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.68 
 
 
315 aa  308  8e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.51 
 
 
320 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  51.48 
 
 
323 aa  306  2.0000000000000002e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.68 
 
 
319 aa  302  4.0000000000000003e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  50.32 
 
 
317 aa  297  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  50.16 
 
 
508 aa  296  3e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.39 
 
 
322 aa  295  5e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.25 
 
 
320 aa  295  7e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.13 
 
 
321 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.49 
 
 
320 aa  294  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  50.81 
 
 
326 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  51.79 
 
 
326 aa  291  6e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.2 
 
 
309 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  50.97 
 
 
323 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  48.38 
 
 
318 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.37 
 
 
309 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.58 
 
 
506 aa  279  5e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.2 
 
 
319 aa  278  6e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.62 
 
 
324 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  47.52 
 
 
306 aa  272  5.000000000000001e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.7 
 
 
341 aa  271  1e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  46.64 
 
 
309 aa  266  5e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.19 
 
 
328 aa  258  7e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.87 
 
 
321 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.19 
 
 
307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.59 
 
 
314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  41.78 
 
 
318 aa  232  6e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  41.31 
 
 
324 aa  231  9e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.03 
 
 
318 aa  229  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.19 
 
 
293 aa  228  9e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  40.13 
 
 
318 aa  224  1e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.57 
 
 
302 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.34 
 
 
318 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.49 
 
 
338 aa  216  4e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
320 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  39.33 
 
 
320 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.67 
 
 
321 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.03 
 
 
321 aa  202  8e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.14 
 
 
323 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
318 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.03 
 
 
320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  36.98 
 
 
332 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
321 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
321 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.99 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  35.99 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.99 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.99 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.99 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.99 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.67 
 
 
321 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.05 
 
 
321 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.19 
 
 
321 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.42 
 
 
307 aa  169  7e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.42 
 
 
307 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.74 
 
 
307 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  31.91 
 
 
307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.9 
 
 
285 aa  159  4e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.65 
 
 
318 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.16 
 
 
311 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  34.63 
 
 
289 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  34.4 
 
 
290 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.57 
 
 
305 aa  135  7.000000000000001e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.59 
 
 
287 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.97 
 
 
285 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 
313 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395488  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
349 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.94 
 
 
310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5446  UDP-glucose 4-epimerase  29.41 
 
 
290 aa  113  5e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.1 
 
 
321 aa  109  6e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.47 
 
 
346 aa  107  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 
310 aa  107  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.32 
 
 
287 aa  107  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.13 
 
 
298 aa  106  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.288431  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0225  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.93 
 
 
330 aa  95.9  8e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
307 aa  95.5  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000104829  normal  0.0341268 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
331 aa  94.4  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
295 aa  93.2  5e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
295 aa  93.2  5e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  26.99 
 
 
331 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
331 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  26.99 
 
 
331 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
333 aa  92.8  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
331 aa  92.8  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.46 
 
 
336 aa  91.7  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  26.15 
 
 
331 aa  91.3  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.96 
 
 
330 aa  91.3  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
333 aa  89.7  5e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.14 
 
 
294 aa  87.4  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  28.48 
 
 
330 aa  85.9  7e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.62 
 
 
330 aa  85.5  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
331 aa  84  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>