More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1876 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1876  NodD transcription activator-related protein  100 
 
 		 227 aa  462  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  73.57 
 
 		 297 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  75.23 
 
 		 306 aa  355  1.9999999999999998e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 294 aa  214  9e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1094  LysR family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 304 aa  207  9e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3107  LysR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 299 aa  191  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454778  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0383  LysR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 300 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 298 aa  98.2  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  28.38 
 
 		 321 aa  96.7  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 305 aa  95.9  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  27.95 
 
 		 304 aa  91.7  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 309 aa  91.3  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 312 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 302 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 297 aa  90.1  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  27.14 
 
 		 297 aa  89.7  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 297 aa  89.7  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  27.14 
 
 		 297 aa  89.7  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 309 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 297 aa  89.4  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 306 aa  89.4  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 309 aa  87.8  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 297 aa  87.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 297 aa  87.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 302 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  27.83 
 
 		 297 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 297 aa  85.9  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 297 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 297 aa  85.1  7e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 297 aa  85.1  7e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  29.56 
 
 		 304 aa  85.1  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 297 aa  85.1  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 297 aa  85.1  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 297 aa  85.1  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 298 aa  84.7  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 297 aa  85.1  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 311 aa  82  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 298 aa  81.6  0.000000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  25.66 
 
 		 309 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 332 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.76 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 331 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 432 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 333 aa  76.3  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002655  LysR-like transcriptional regulator  25.24 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2441  hypothetical protein  25.98 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4711  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.96 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 306 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 308 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 314 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 308 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 314 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 327 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  24.09 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.55 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  22.01 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  23.04 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 320 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 320 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 345 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  24.09 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  23.58 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  22.49 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>