55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0490 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_3867  transcriptional regulator, CadC  83.61 
 
 		 452 aa  768    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0490  transcriptional regulator  100 
 
 		 427 aa  890    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3356  transcriptional regulator, CadC  87.35 
 
 		 427 aa  784    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.36834  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0499  transcriptional regulator  93.44 
 
 		 427 aa  845    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3532  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  92.74 
 
 		 427 aa  842    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3992  transcriptional regulator, CadC  86.18 
 
 		 427 aa  787    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0498  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  92.97 
 
 		 427 aa  840    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0503  transcriptional regulator, CadC  61.59 
 
 		 427 aa  558  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  59.25 
 
 		 427 aa  551  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0513  transcriptional regulator, CadC  59.25 
 
 		 427 aa  553  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  58.78 
 
 		 427 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4446  transcriptional regulator, CadC  59.86 
 
 		 436 aa  537  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0358  transcriptional regulator, CadC  59.25 
 
 		 426 aa  528  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  55.04 
 
 		 427 aa  511  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4049  transcriptional regulator, CadC  34.26 
 
 		 413 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  27.21 
 
 		 435 aa  176  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0474  hypothetical protein  37.36 
 
 		 373 aa  70.1  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  35.29 
 
 		 290 aa  60.8  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  35.65 
 
 		 292 aa  57  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  41.79 
 
 		 711 aa  51.6  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  39.36 
 
 		 294 aa  52.4  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23040  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.97 
 
 		 229 aa  50.4  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.318653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0851  putative transcriptional regulator  27.71 
 
 		 214 aa  50.1  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3144  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 317 aa  47.8  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  36.11 
 
 		 188 aa  47.4  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  34.38 
 
 		 277 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  38.24 
 
 		 756 aa  47  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2466  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 235 aa  47  0.0007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.28267  hitchhiker  0.0000000000126243 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3794  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 223 aa  46.2  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0280755  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0940  transcriptional regulator domain protein  32.97 
 
 		 296 aa  46.2  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000423424 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2355  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  35.14 
 
 		 313 aa  46.6  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0846804  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02360  response regulator transcription regulator protein  38.27 
 
 		 293 aa  46.2  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.253683 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  30.88 
 
 		 396 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10143  two-component system response regulator  36.59 
 
 		 289 aa  45.1  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.304444  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4891  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.31 
 
 		 249 aa  45.8  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 493 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 493 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0852  response regulator transcription regulator protein  39.53 
 
 		 246 aa  45.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.650808  normal  0.373572 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  34.48 
 
 		 396 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 493 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  36.76 
 
 		 565 aa  45.1  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  32.58 
 
 		 247 aa  45.1  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  32.99 
 
 		 499 aa  44.7  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  36 
 
 		 219 aa  44.3  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  32.95 
 
 		 510 aa  44.7  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  31.51 
 
 		 479 aa  43.9  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6773  response regulator receiver protein  39.08 
 
 		 215 aa  44.3  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4398  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.05 
 
 		 263 aa  43.9  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.184239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  35.06 
 
 		 972 aa  43.9  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2526  two component transcriptional regulator  31.91 
 
 		 262 aa  43.5  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262723  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.38 
 
 		 237 aa  43.5  0.007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0741  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.96 
 
 		 216 aa  43.5  0.007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  34.25 
 
 		 604 aa  43.1  0.01  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5055  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 223 aa  43.1  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1961  phosphate regulon response regulator PhoB  38.1 
 
 		 225 aa  43.1  0.01  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>