More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3103 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3103  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  100 
 
 
688 aa  1382    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2437  sensor histidine kinase  40.04 
 
 
704 aa  437  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.166276  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0198  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  42.76 
 
 
693 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.828483 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0703  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 
703 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2399  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.34 
 
 
694 aa  391  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1598  histidine kinase  39.71 
 
 
689 aa  386  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2497  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.34 
 
 
688 aa  383  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2672  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 
659 aa  375  1e-102  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0528368  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1534  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.46 
 
 
688 aa  357  5e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.887236  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0158  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.72 
 
 
684 aa  357  5e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1998  Signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 
694 aa  340  4e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.689731  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1618  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 
712 aa  338  1.9999999999999998e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.19 
 
 
711 aa  321  3e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0750  signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 
680 aa  288  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3440  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.15 
 
 
708 aa  279  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.184047  normal  0.328768 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3296  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 
672 aa  251  3e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.593293  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0949  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 
706 aa  246  9.999999999999999e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.317535  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5031  sensor histidine kinase  29.39 
 
 
677 aa  244  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2957  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
697 aa  239  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.445047  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03285  sensor histidine kinase  29.56 
 
 
675 aa  236  1.0000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0429  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.41 
 
 
690 aa  221  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0815441 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2439  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 
690 aa  220  7.999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1941  sensor histidine kinase  29.93 
 
 
677 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1993  histidine kinase  29.57 
 
 
696 aa  213  1e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.124604  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1806  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.25 
 
 
690 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2444  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.34 
 
 
695 aa  196  9e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2325  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.68 
 
 
681 aa  194  5e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.136199  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2196  histidine kinase  30 
 
 
684 aa  194  5e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0849  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.41 
 
 
701 aa  161  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.732792  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3043  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.86 
 
 
678 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.546021  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0661  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.26 
 
 
686 aa  138  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2916  sensor histidine kinase  28.45 
 
 
487 aa  89.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.691073  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1288  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.63 
 
 
679 aa  85.5  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0554  histidine kinase  30.29 
 
 
499 aa  85.5  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0739  histidine kinase  30.51 
 
 
420 aa  84.7  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5069  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.46 
 
 
748 aa  84.3  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.801669 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1893  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.02 
 
 
985 aa  84  0.000000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.426931  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1356  histidine kinase  27.17 
 
 
591 aa  84  0.000000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.272397  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4457  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.35 
 
 
598 aa  82  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.235161  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2939  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 
360 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.924574  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1434  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 
360 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0675  two-component sensor kinase CbrA  27.97 
 
 
975 aa  79.3  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3071  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 
360 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.429893 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4312  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
591 aa  78.6  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2979  histidine kinase  30.49 
 
 
622 aa  78.6  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0797138 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2136  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
465 aa  78.6  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1658  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.65 
 
 
579 aa  78.6  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0362267  normal  0.337398 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2738  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.04 
 
 
749 aa  78.2  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.789248  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0531  sensory histidine kinase AtoS  27.8 
 
 
611 aa  77.8  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3259  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
622 aa  77.8  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.157895  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.79 
 
 
733 aa  77.8  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4471  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.6 
 
 
677 aa  77.4  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.465536  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.76 
 
 
589 aa  76.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0773722  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0064  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 
564 aa  76.6  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4448  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.11 
 
 
589 aa  77  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2333  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
607 aa  76.6  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3284  histidine kinase  33.94 
 
 
625 aa  76.3  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2929  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
360 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0646  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 
484 aa  75.9  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.609641  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5743  ATPase domain-containing protein  29.81 
 
 
1685 aa  76.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2718  histidine kinase  29.67 
 
 
623 aa  76.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4694  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
991 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000630671 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0965  sensor histidine kinase  28.93 
 
 
982 aa  75.5  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1111  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
463 aa  75.5  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2624  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.58 
 
 
744 aa  75.5  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3479  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.58 
 
 
744 aa  75.5  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.209747 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6496  ATPase domain-containing protein  29.49 
 
 
1685 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53789  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
991 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.310149  hitchhiker  0.0000734254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0738  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
991 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000340339 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.95 
 
 
1519 aa  74.7  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0865128  normal  0.147126 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0909  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
661 aa  74.3  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310959  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2568  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
661 aa  74.3  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.957334  normal  0.86605 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6227  two component sensor kinase for C4-dicarboxylate transport  28.57 
 
 
600 aa  74.7  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.970393  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3060  ATPase domain-containing protein  33.33 
 
 
625 aa  73.9  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457203  normal  0.839364 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0768  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 
673 aa  74.3  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.670648  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4457  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.87 
 
 
661 aa  73.9  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0709  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  25.1 
 
 
489 aa  73.2  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.737809  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1494  sensory box histidine kinase  29.1 
 
 
550 aa  73.9  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102326  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4695  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.98 
 
 
991 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000969954 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0659  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 
525 aa  73.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
581 aa  73.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62530  two-component sensor CbrA  30.04 
 
 
983 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0311  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.09 
 
 
383 aa  73.2  0.00000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.138677  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0988  histidine kinase  30.4 
 
 
486 aa  72.8  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.638134  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8216  histidine kinase  27.27 
 
 
392 aa  73.2  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2122  sensor histidine kinase  25.93 
 
 
447 aa  72.8  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0173  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 
495 aa  72.8  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.875361  hitchhiker  0.00423579 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16710  signal transduction histidine kinase  31.79 
 
 
554 aa  73.2  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0521739 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0588  histidine kinase  29.51 
 
 
903 aa  72.8  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.416059  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5442  two-component sensor CbrA  30.45 
 
 
983 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6170  multi-sensor signal transduction multi-kinase  28.27 
 
 
1748 aa  72.4  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42670  Sensory histidine protein kinase CbrA  29.46 
 
 
981 aa  72.4  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.416099  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3321  histidine kinase  23.79 
 
 
444 aa  72.4  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000784482 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0625  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.1 
 
 
526 aa  72.4  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 
733 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0832  PAS  28.51 
 
 
984 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253594 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4807  two-component sensor kinase CbrA  27.92 
 
 
982 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0111257 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  27.34 
 
 
581 aa  71.2  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0659  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
525 aa  71.2  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3078  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.94 
 
 
369 aa  71.2  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>