155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3797 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4874  cytochrome c oxidase subunit III  100 
 
 		 202 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.108668 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3797  cytochrome c oxidase subunit III  100 
 
 		 202 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1566  cytochrome-C oxidase oxidoreductase protein  73.27 
 
 		 202 aa  261  6e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7360  Heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like  64.53 
 
 		 203 aa  235  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.610074 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5938  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like protein  64.04 
 
 		 203 aa  229  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6211  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like protein  63.55 
 
 		 203 aa  226  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3957  cytochrome c oxidase subunit III  46.45 
 
 		 222 aa  135  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.179765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2476  cytochrome c oxidase, subunit III  43.85 
 
 		 235 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.314801  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2266  cytochrome c oxidase subunit III  46.86 
 
 		 237 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2427  cytochrome c oxidase subunit III  43.02 
 
 		 232 aa  124  8.000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.278961  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5128  cytochrome oxidase subunit III oxidase polypeptide I  43.24 
 
 		 209 aa  117  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3634  cytochrome c oxidase subunit III  43.65 
 
 		 215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.040361  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2343  cytochrome c oxidase subunit III  42.35 
 
 		 202 aa  112  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0728  cytochrome c oxidase subunit III  42.49 
 
 		 202 aa  105  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2592  cytochrome c oxidase subunit III  46.24 
 
 		 237 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.329702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0252  cytochrome c oxidase subunit III  44.15 
 
 		 222 aa  92.4  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00632373 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3467  cytochrome c oxidase subunit III  33.74 
 
 		 195 aa  85.5  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0634849 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0439  cytochrome c oxidase subunit III  33.51 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0988011 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2360  cytochrome c oxidase subunit III  34.41 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3896  cytochrome c oxidase  34 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2023  Heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like  31.21 
 
 		 254 aa  75.1  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5674  cytochrome c oxidase subunit III  31.06 
 
 		 196 aa  73.2  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.842654 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4943  cytochrome c oxidase, subunit III  29.45 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2203  cytochrome c oxidase, subunit III  28.49 
 
 		 180 aa  67.8  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000157592  normal  0.966564 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0520  cytochrome c oxidase subunit III  26.88 
 
 		 187 aa  66.2  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0779441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14190  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  25.49 
 
 		 244 aa  62  0.000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.124552  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5946  cytochrome c oxidase subunit III  28.16 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3993  cytochrome c oxidase subunit III  33.59 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.115102  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3134  cytochrome c oxidase, subunit III  26.4 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2265  cytochrome c oxidase, subunit III  29.05 
 
 		 202 aa  58.2  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1446  cytochrome c oxidase subunit III  30.56 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.190204  normal  0.245723 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1296  cytochrome-c oxidase  26.5 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0782  cytochrome c oxidase, subunit III:cytochrome c oxidase, subunit I  29.55 
 
 		 974 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12221  cytochrome C oxidase subunit III ctaE  32.97 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2075  Cytochrome-c oxidase  29.63 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15710  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  27.78 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.674032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0770  cytochrome c oxidase, subunit I/subunit III  29.55 
 
 		 962 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306921  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0944  cytochrome C oxidase subunit I  29.55 
 
 		 950 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.358792  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5384  cytochrome c oxidase, subunit III  34.07 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5662  cytochrome c oxidase, subunit III  32.97 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3712  cytochrome c oxidase, subunit III  32.97 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.386532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5349  cytochrome c oxidase, subunit III  32.97 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0305  cytochrome c oxidase subunit III  28.64 
 
 		 283 aa  55.1  0.0000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.418473  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2809  cytochrome c oxidase, subunit III  33.33 
 
 		 197 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2956  cytochrome c oxidase, subunit III  29.79 
 
 		 220 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0112346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12120  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  27.46 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0237313  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3557  cytochrome c oxidase, subunit III  25.68 
 
 		 220 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.294632 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3295  cytochrome c oxidase, subunit III  31.87 
 
 		 199 aa  53.1  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.496142  normal  0.166605 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16180  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  28.69 
 
 		 217 aa  53.5  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.107626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3556  cytochrome c oxidase subunit III  28.49 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1892  cytochrome c oxidase subunit III  27.86 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000286925 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3527  cytochrome c oxidase subunit III  30.77 
 
 		 199 aa  52.4  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000550439 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2692  Cytochrome-c oxidase  33.7 
 
 		 181 aa  51.6  0.000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.48074  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3353  cytochrome c oxidase, subunit III  33.33 
 
 		 203 aa  51.6  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176455  normal  0.0560155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3302  cytochrome c oxidase, subunit III  33.33 
 
 		 203 aa  51.6  0.000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.639722  normal  0.219398 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4120  Cytochrome-c oxidase  28.57 
 
 		 200 aa  51.6  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.929846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1809  cytochrome c oxidase subunit III  26.34 
 
 		 212 aa  51.6  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3141  cytochrome c oxidase subunit III  22.8 
 
 		 201 aa  51.6  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.785996 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3575  cytochrome c oxidase subunit III  28.25 
 
 		 222 aa  51.6  0.000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515089  normal  0.0102703 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2677  Cytochrome-c oxidase  25.19 
 
 		 205 aa  51.2  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.697367 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3063  Cytochrome-c oxidase  29.09 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458737  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3100  cytochrome c oxidase subunit III  27.07 
 
 		 222 aa  50.8  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3291  cytochrome c oxidase, subunit III  33.33 
 
 		 180 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.482439  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2008  cytochrome c oxidase subunit III  27.86 
 
 		 218 aa  50.8  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.481722  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0407  cytochrome c oxidase, subunit III  27.57 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3250  cytochrome c oxidase subunit III  28.3 
 
 		 219 aa  50.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0735358 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3055  Cytochrome-c oxidase  28.72 
 
 		 205 aa  50.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.407956  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3958  cytochrome c oxidase subunit III  25.39 
 
 		 234 aa  50.1  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178096 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4112  cytochrome c oxidase, subunit III  25.31 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.771178  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3575  cytochrome c oxidase  25.53 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0530  cytochrome c oxidase subunit III  25 
 
 		 207 aa  49.3  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01170  hypothetical protein  25.93 
 
 		 192 aa  49.3  0.00004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1677  cytochrome c oxidase subunit III  28.46 
 
 		 206 aa  48.9  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.881512  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3135  Cytochrome-c oxidase  30.85 
 
 		 208 aa  49.3  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0276  cytochrome c oxidase, subunit III  22.73 
 
 		 204 aa  48.1  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.18856  normal  0.0430335 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1777  cytochrome c oxidase, subunit III  24.43 
 
 		 211 aa  48.1  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.723591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3340  Cytochrome-c oxidase  33.33 
 
 		 208 aa  48.1  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1213  cytochrome c oxidase subunit III  27.41 
 
 		 208 aa  47.4  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.84888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3187  nitric oxide reductase E protein  30.83 
 
 		 184 aa  47.8  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1022  cytochrome c oxidase subunit III  27.18 
 
 		 194 aa  47  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.113935  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4437  cytochrome c oxidase, subunit III  28 
 
 		 209 aa  46.6  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.424494  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0979  cytochrome c oxidase subunit III  26.47 
 
 		 198 aa  47  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.139868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0964  cytochrome c oxidase, subunit III  26.56 
 
 		 223 aa  47  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.158798 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1946  cytochrome c oxidase subunit III  25.66 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000125492 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2860  cytochrome c oxidase subunit III  37.18 
 
 		 208 aa  46.6  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1373  cytochrome c oxidase subunit III  30.21 
 
 		 204 aa  46.2  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.907318  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0141  cytochrome c oxidase, subunit III  29.29 
 
 		 275 aa  45.8  0.0004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.400418  n/a   
 
 
-
 
NC_014250  Aazo_5355  cytochrome c oxidase  24.61 
 
 		 229 aa  45.8  0.0004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2209  cytochrome c oxidase, subunit III  26.85 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00141599  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3193  cytochrome c oxidase, subunit III  39.39 
 
 		 285 aa  45.8  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0677  cytochrome c oxidase subunit III  39.39 
 
 		 285 aa  45.8  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.397658  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3658  cytochrome c oxidase subunit III  23.31 
 
 		 200 aa  45.4  0.0005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0819  cytochrome c oxidase, subunit III  38.33 
 
 		 203 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0165  cytochrome c oxidase, subunit III  39.39 
 
 		 285 aa  45.8  0.0005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12651  cytochrome c oxidase subunit III  21.67 
 
 		 198 aa  45.4  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1427  cytochrome c oxidase, subunit III  39.39 
 
 		 285 aa  45.8  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0494  cytochrome c oxidase, subunit III  39.39 
 
 		 285 aa  45.8  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.817705  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0512  cytochrome c oxidase, subunit III  39.39 
 
 		 285 aa  45.8  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2854  cytochrome c oxidase, subunit III  39.39 
 
 		 285 aa  45.8  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2604  cytochrome c oxidase subunit III  26.2 
 
 		 195 aa  45.4  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.204507 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>