More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4998 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
267 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.64 
 
 
290 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.269843 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.39 
 
 
267 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.365556  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  76.98 
 
 
266 aa  415  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0972  putative short-chain dehydrogenase/reductase  49.81 
 
 
268 aa  263  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000126906  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.37 
 
 
278 aa  257  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.47 
 
 
262 aa  256  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.06102  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1935  putative short-chain alcohol dehydrogenase  47.92 
 
 
267 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000230306  normal  0.160662 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
262 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.55 
 
 
266 aa  252  4.0000000000000004e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.14 
 
 
267 aa  250  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0435882  hitchhiker  0.0000139106 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0968  putative short-chain dehydrogenase/reductase  47.22 
 
 
255 aa  241  9e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.24 
 
 
267 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
273 aa  235  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5379  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.18 
 
 
269 aa  232  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122542  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.05 
 
 
277 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7160  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.43 
 
 
262 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.254231  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.79 
 
 
273 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.824236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.06 
 
 
262 aa  216  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.618077  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.77 
 
 
272 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.73 
 
 
257 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.36 
 
 
272 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0477123  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.17 
 
 
287 aa  191  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0920178 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.3 
 
 
251 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
283 aa  182  6e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
254 aa  181  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4952  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.4 
 
 
269 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.560393  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  38.4 
 
 
257 aa  179  5.999999999999999e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.68 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
274 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.709092  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.3 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0904  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.05 
 
 
258 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
256 aa  172  5e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
250 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.52 
 
 
251 aa  171  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
250 aa  169  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
248 aa  169  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
258 aa  168  7e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
282 aa  168  8e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
257 aa  168  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.64 
 
 
244 aa  168  9e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
280 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.7 
 
 
261 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
257 aa  167  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10005  hypothetical protein  37.36 
 
 
289 aa  166  2.9999999999999998e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.443768 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  41.83 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.83 
 
 
254 aa  166  5e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  37.26 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
267 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.31 
 
 
255 aa  163  3e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1234  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41 
 
 
252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 
256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.61 
 
 
252 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0734  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.61 
 
 
252 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.439886  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.61 
 
 
252 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7567  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1076  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.61 
 
 
252 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2279  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.61 
 
 
252 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
251 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1082  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41 
 
 
252 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0876  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.85 
 
 
252 aa  159  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2289  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.2 
 
 
253 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.48599  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  36.6 
 
 
254 aa  159  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1192  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.67 
 
 
285 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.448653  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
250 aa  159  6e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10933  conserved hypothetical protein  37.69 
 
 
287 aa  159  7e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
265 aa  158  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  38.7 
 
 
251 aa  158  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.7 
 
 
255 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.7 
 
 
255 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
254 aa  157  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
252 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
251 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.2 
 
 
250 aa  157  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
251 aa  157  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4948  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
270 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617034  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
251 aa  157  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2853  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.59 
 
 
249 aa  156  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
251 aa  156  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
268 aa  156  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
250 aa  156  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.46 
 
 
252 aa  156  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
262 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.72 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.67 
 
 
253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00858141  normal  0.0322686 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.31 
 
 
245 aa  155  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.31 
 
 
253 aa  155  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
251 aa  155  1e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0607199 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2110  short chain dehydrogenase  40.93 
 
 
253 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
256 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
279 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.869362  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
251 aa  153  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>