50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4760 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4760  hypothetical protein  100 
 
 		 390 aa  776    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.636154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2204  hypothetical protein  55.25 
 
 		 409 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.843647 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3336  hypothetical protein  33.43 
 
 		 407 aa  126  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3896  hypothetical protein  27.89 
 
 		 473 aa  125  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.27072  normal  0.662181 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3818  hypothetical protein  28.74 
 
 		 473 aa  119  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3511  hypothetical protein  28.15 
 
 		 473 aa  119  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.854274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0537  hypothetical protein  28.78 
 
 		 480 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2084  hypothetical protein  28.2 
 
 		 463 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.446219  normal  0.0261738 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2843  hypothetical protein  28.7 
 
 		 439 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4937  hypothetical protein  27.47 
 
 		 440 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.760745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2052  hypothetical protein  28.31 
 
 		 418 aa  100  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3920  hypothetical protein  28.46 
 
 		 418 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186757  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0137  hypothetical protein  34.27 
 
 		 403 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5903  hypothetical protein  24.26 
 
 		 417 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0611  hypothetical protein  27.64 
 
 		 427 aa  84.3  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19142  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2684  hypothetical protein  27.34 
 
 		 429 aa  84.3  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3796  hypothetical protein  27.23 
 
 		 439 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0811  hypothetical protein  39.73 
 
 		 435 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.563774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0220  hypothetical protein  23.45 
 
 		 494 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4864  hypothetical protein  35 
 
 		 462 aa  77.4  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.739447 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5128  hypothetical protein  29.47 
 
 		 436 aa  74.3  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.193766 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4788  hypothetical protein  33.33 
 
 		 461 aa  73.9  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.110982 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0919  hypothetical protein  40.41 
 
 		 435 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.432365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3558  hypothetical protein  37.5 
 
 		 455 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2249  hypothetical protein  36.59 
 
 		 432 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4701  aminoacyl-tRNA synthetase class I  25.78 
 
 		 407 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0319438  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1697  hypothetical protein  66 
 
 		 605 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0623596  normal  0.82432 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7591  hypothetical protein  33.33 
 
 		 449 aa  64.7  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.29036  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2394  hypothetical protein  50.94 
 
 		 456 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.600984  normal  0.360592 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2418  hypothetical protein  36.91 
 
 		 483 aa  62  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00315022  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3057  hypothetical protein  34.81 
 
 		 464 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1912  hypothetical protein  26.36 
 
 		 435 aa  60.5  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0782839  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4775  hypothetical protein  34.38 
 
 		 602 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0477  hypothetical protein  33.33 
 
 		 443 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2274  hypothetical protein  30.77 
 
 		 666 aa  58.2  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.378789  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0556  hypothetical protein  44.29 
 
 		 453 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.559091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2084  hypothetical protein  36.84 
 
 		 549 aa  56.2  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0869  hypothetical protein  35.23 
 
 		 477 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7530  hypothetical protein  29.37 
 
 		 511 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3326  hypothetical protein  35.61 
 
 		 479 aa  53.5  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1104  hypothetical protein  28.47 
 
 		 483 aa  50.8  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1938  putative signal peptide protein  47.17 
 
 		 126 aa  50.1  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.608545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0543  hypothetical protein  31.93 
 
 		 518 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0227  von Willebrand factor type A  33.09 
 
 		 436 aa  46.2  0.0009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0799  hypothetical protein  41.46 
 
 		 468 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2227  hypothetical protein  28.18 
 
 		 429 aa  45.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2008  hypothetical protein  26.6 
 
 		 429 aa  44.3  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3441  hypothetical protein  26.76 
 
 		 612 aa  43.9  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00864363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0362  hypothetical protein  40.35 
 
 		 437 aa  43.9  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0639849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1526  hypothetical protein  31.91 
 
 		 385 aa  43.5  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.681076 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>