More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4781 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4781  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  100 
 
 		 288 aa  545  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0372095  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4007  inner-membrane translocator  88.15 
 
 		 287 aa  425  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2060  inner-membrane translocator  76.9 
 
 		 289 aa  376  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2453  inner-membrane translocator  76.9 
 
 		 289 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.768144  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2248  transmembrane ABC transporter protein  76.9 
 
 		 289 aa  360  1e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0687971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  58.6 
 
 		 288 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  57.65 
 
 		 288 aa  318  7e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  57.3 
 
 		 288 aa  318  7e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3383  inner-membrane translocator  61.97 
 
 		 290 aa  318  9e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0509603 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0289  inner-membrane translocator  60.21 
 
 		 290 aa  315  7e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2729  inner-membrane translocator  60.56 
 
 		 290 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279205  decreased coverage  0.00299657 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0160  inner-membrane translocator  60.92 
 
 		 311 aa  305  6e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  59.29 
 
 		 289 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1748  inner-membrane translocator  59.15 
 
 		 290 aa  301  8.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294925  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5149  inner-membrane translocator  58.15 
 
 		 274 aa  250  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.416573 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3731  inner-membrane translocator  45.68 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1178  inner-membrane translocator  46.26 
 
 		 288 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0649  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.04 
 
 		 289 aa  229  5e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1364  inner-membrane translocator  50.88 
 
 		 290 aa  228  8e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2271  inner-membrane translocator  45.99 
 
 		 289 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.921298  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3184  inner-membrane translocator  44.93 
 
 		 287 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.819999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3476  inner-membrane translocator  44.2 
 
 		 287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4296  inner-membrane translocator  42.96 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4218  inner-membrane translocator  44.2 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5445  ABC transporter membrane spanning protein  44.88 
 
 		 285 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.596659  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  37.76 
 
 		 286 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  36.2 
 
 		 287 aa  165  9e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 287 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 287 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  36.21 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 286 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 288 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  36.64 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  38.46 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 293 aa  145  7.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 315 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1288  inner-membrane translocator  36.64 
 
 		 294 aa  145  9e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  35.36 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.1 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 295 aa  142  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  36.23 
 
 		 285 aa  142  6e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.21 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 305 aa  142  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3294  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  34.97 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0420921  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2331  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 291 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.28 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  37.55 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4026  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3165  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  33.69 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  37.18 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.17 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  36.47 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  34.4 
 
 		 286 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 294 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 320 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 320 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 286 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 286 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 291 aa  137  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.74 
 
 		 558 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3758  putative ABC transporter, permease protein  35.54 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 288 aa  136  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.55 
 
 		 286 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  33.33 
 
 		 542 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.62 
 
 		 294 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 294 aa  135  9e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>