More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4396 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4396  putrescine ABC transporter periplasmic putrescine-binding protein  100 
 
 
362 aa  746    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.57762  normal  0.179765 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1531  polyamine transport protein PotD  51.42 
 
 
353 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17610  polyamine ABC transporter  51.42 
 
 
354 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0979  extracellular solute-binding protein  51.21 
 
 
366 aa  361  1e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  36.31 
 
 
370 aa  230  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  35.26 
 
 
365 aa  222  8e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 
365 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  34.54 
 
 
367 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  34.54 
 
 
367 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  34.88 
 
 
372 aa  215  8e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  34.71 
 
 
371 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  33.51 
 
 
373 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 
365 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  35.21 
 
 
365 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  35.21 
 
 
365 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  34.71 
 
 
371 aa  212  9e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  34.71 
 
 
371 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  34.71 
 
 
371 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  34.12 
 
 
371 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  32.97 
 
 
373 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  33.82 
 
 
371 aa  210  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  34.83 
 
 
365 aa  209  7e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  35.4 
 
 
366 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  34.64 
 
 
365 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  35.1 
 
 
373 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  33.7 
 
 
369 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  35.01 
 
 
365 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  34.51 
 
 
373 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  34.51 
 
 
409 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  33.52 
 
 
363 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  34.51 
 
 
406 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  35.22 
 
 
342 aa  203  4e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  33.33 
 
 
391 aa  202  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  31.74 
 
 
367 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  35.01 
 
 
371 aa  200  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.13 
 
 
363 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  36.34 
 
 
366 aa  199  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  34.26 
 
 
369 aa  199  7e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.68 
 
 
369 aa  199  7.999999999999999e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  32.11 
 
 
364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.41 
 
 
363 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  32.11 
 
 
364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  32.69 
 
 
364 aa  197  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  33.14 
 
 
364 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  31.83 
 
 
364 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.03 
 
 
363 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1903  polyamine ABC transporter system, substrate-binding protein  32.56 
 
 
376 aa  194  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0765034  normal  0.376204 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.31 
 
 
363 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  32.13 
 
 
359 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  34.88 
 
 
372 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 
401 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  31.51 
 
 
367 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 
375 aa  193  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 
367 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.43 
 
 
369 aa  192  5e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  33.23 
 
 
367 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  35.38 
 
 
341 aa  191  1e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  32.74 
 
 
374 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  31.81 
 
 
372 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1279  extracellular solute-binding protein  31.96 
 
 
366 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 
364 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 
362 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  32.32 
 
 
364 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  32.05 
 
 
371 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  31.56 
 
 
369 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.96 
 
 
369 aa  190  4e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.43 
 
 
369 aa  190  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.43 
 
 
369 aa  190  4e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.43 
 
 
369 aa  190  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  32.94 
 
 
365 aa  190  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 
364 aa  190  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 
364 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 
364 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 
364 aa  190  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  32.95 
 
 
370 aa  189  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  32.05 
 
 
366 aa  189  5e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.95 
 
 
370 aa  189  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  34.12 
 
 
365 aa  189  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.95 
 
 
370 aa  189  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  33.43 
 
 
367 aa  189  7e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  33.89 
 
 
366 aa  189  7e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  30.98 
 
 
365 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.95 
 
 
370 aa  189  8e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.95 
 
 
370 aa  189  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.95 
 
 
370 aa  189  8e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.15 
 
 
370 aa  189  8e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  32.95 
 
 
370 aa  189  8e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  31.86 
 
 
364 aa  189  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  32.87 
 
 
366 aa  188  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  32.48 
 
 
364 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.39 
 
 
371 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  31.96 
 
 
364 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.59 
 
 
370 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.39 
 
 
371 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.39 
 
 
371 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.39 
 
 
371 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 
369 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1408  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 
336 aa  187  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.121808  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  30.71 
 
 
365 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4388  extracellular solute-binding protein family 1  34.21 
 
 
367 aa  187  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.244304 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>