72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3853 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3853  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  369  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.504751  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4796  transcriptional regulators-like protein  70.86 
 
 		 177 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5338  transcriptional regulators-like protein  70.86 
 
 		 177 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.434634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0198  transcriptional regulators-like  71.26 
 
 		 177 aa  264  5e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.448139 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5453  transcriptional regulators-like protein  70.69 
 
 		 177 aa  262  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4816  transcriptional regulators-like protein  70.69 
 
 		 177 aa  262  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.912627  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5408  transcriptional regulators-like  70.69 
 
 		 177 aa  262  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1692  transcriptional regulator-like protein  58.14 
 
 		 201 aa  212  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4631  transcriptional regulator-like protein  56.98 
 
 		 186 aa  210  7.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000043936 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1942  transcriptional regulator-like protein  54.24 
 
 		 218 aa  207  7e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368597  normal  0.0226422 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2992  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  50 
 
 		 186 aa  175  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3098  putative transcriptional regulatory protein  49.71 
 
 		 186 aa  174  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2872  putative transcriptional regulatory protein  49.71 
 
 		 186 aa  174  7e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.870058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3538  hypothetical protein  47.02 
 
 		 194 aa  172  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1483  putative transcriptional regulator  50.94 
 
 		 174 aa  172  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.653166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4898  hypothetical protein  48.85 
 
 		 189 aa  171  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.231509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0735  hypothetical protein  47.73 
 
 		 187 aa  170  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.679244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0441  hypothetical protein  46.43 
 
 		 194 aa  169  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.388606  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4777  ArsR family transcriptional regulator  49.11 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4160  hypothetical protein  44.31 
 
 		 186 aa  164  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4930  putative transcriptional regulator  45.61 
 
 		 192 aa  164  9e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653338  hitchhiker  0.000469457 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4272  hypothetical protein  44.31 
 
 		 186 aa  164  9e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.2022  normal  0.341622 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0493  hypothetical protein  41.95 
 
 		 207 aa  163  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5231  hypothetical protein  44.97 
 
 		 214 aa  162  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.468748 
 
 
-
 
NC_003296  RS03185  hypothetical protein  43.71 
 
 		 186 aa  161  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0864529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4118  hypothetical protein  43.11 
 
 		 217 aa  161  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3330  putative transcriptional regulator  45.35 
 
 		 191 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.216044  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4326  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 		 190 aa  161  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6122  putative transcriptional regulator protein  44.64 
 
 		 192 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.143906  normal  0.933768 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2041  transcriptional regulators-like protein  45.51 
 
 		 213 aa  158  4e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2885  putative transcriptional regulator  46.51 
 
 		 174 aa  156  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6537  putative transcriptional regulator protein  44.05 
 
 		 192 aa  154  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0579  helix-turn-helix, type 11  39.18 
 
 		 191 aa  148  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.556285  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0507  hypothetical protein  44.08 
 
 		 178 aa  144  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2572  ArsR family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 185 aa  142  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.237192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2400  ArsR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 198 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.651579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03482  Helix-turn-helix, type 11  43.75 
 
 		 183 aa  141  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3364  ArsR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 193 aa  141  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3836  hypothetical protein  40.61 
 
 		 181 aa  134  9e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.902876  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1229  hypothetical protein  39.08 
 
 		 187 aa  132  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0589  putative transcriptional regulator  37.27 
 
 		 175 aa  113  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7088  conserved hypothetical protein; putative transcriptional regulatory protein  38.26 
 
 		 168 aa  99  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195583  normal  0.688965 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0439  transcriptional regulators-like protein  35.33 
 
 		 167 aa  97.8  7e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0179863  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3598  transcriptional regulator protein-like protein  32.17 
 
 		 166 aa  94  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0687943 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2633  transcriptional regulator protein-like protein  28.77 
 
 		 184 aa  74.7  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0396  transcriptional regulator, ArsR family  26.06 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0368  regulatory protein, ArsR  26.06 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.370147  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0397  transcriptional regulator, ArsR family  26.06 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4210  regulatory protein, ArsR  28.57 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.204887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1167  transcription regulator  28.57 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.25103  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5901  transcriptional regulator, ArsR family  35.51 
 
 		 180 aa  65.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.660241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1298  regulatory protein ArsR  27.13 
 
 		 192 aa  61.6  0.000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1829  putative transcriptional regulator  27.56 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.140183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2057  YuaC  26.32 
 
 		 183 aa  53.1  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000122085  hitchhiker  0.000000369916 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3210  transcriptional regulator  21.74 
 
 		 189 aa  51.2  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17010  predicted transcriptional regulator  30.25 
 
 		 175 aa  50.1  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.491454 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5280  ArsR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 145 aa  48.9  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.840921  normal  0.204126 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1369  transcriptional regulators-like protein  29.17 
 
 		 171 aa  48.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0611668  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1475  YuaC  26.02 
 
 		 180 aa  45.8  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.472023  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2452  hypothetical protein  26.37 
 
 		 168 aa  45.1  0.0006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000738344  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0584  regulatory protein, MarR  30.67 
 
 		 155 aa  43.5  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0088  regulatory protein, MarR  28.92 
 
 		 158 aa  43.1  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0691  transcriptional regulator, TrmB  36 
 
 		 143 aa  43.1  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2135  hypothetical protein  27.38 
 
 		 147 aa  42.7  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.421336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1511  hypothetical protein  30.95 
 
 		 163 aa  42.7  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.523376  decreased coverage  0.00417665 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36940  predicted transcriptional regulator  34.21 
 
 		 169 aa  42.7  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.830889  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2178  hypothetical protein  24.75 
 
 		 187 aa  42.4  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2926  regulatory protein, MarR  30.7 
 
 		 163 aa  42  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2690  hypothetical protein  24.81 
 
 		 187 aa  42  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2636  hypothetical protein  24.81 
 
 		 187 aa  42  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3656  regulatory protein, MarR  24.12 
 
 		 179 aa  41.2  0.007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1462  hypothetical protein  29.76 
 
 		 155 aa  40.8  0.009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0195486 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>