265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2219 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2219  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 
341 aa  701    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0766615  normal  0.160433 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4112  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  89.78 
 
 
344 aa  591  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.463971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4254  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  89.78 
 
 
344 aa  591  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000917513  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4459  NMT1/THI5 like domain protein  90.82 
 
 
335 aa  587  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0725563  normal  0.370588 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3263  NMT1/THI5-like domain-containing protein  89.46 
 
 
344 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0622389  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4593  NMT1/THI5 like domain protein  90.82 
 
 
335 aa  587  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1757  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  88.75 
 
 
346 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.502422  normal  0.0158469 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3678  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  89.39 
 
 
344 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.987849 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4151  NMT1/THI5-like domain-containing protein  88.75 
 
 
344 aa  578  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  0.147422 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4336  NMT1/THI5-like domain-containing protein  89.07 
 
 
344 aa  580  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379972  normal  0.507879 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3869  NMT1/THI5 like domain protein  69.72 
 
 
337 aa  482  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.478553  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5617  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system periplasmic component  56.72 
 
 
368 aa  398  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.415554 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2165  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  48.82 
 
 
345 aa  342  4e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0117  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.85 
 
 
347 aa  341  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2671  NMT1/THI5 like domain protein  52.35 
 
 
367 aa  334  1e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2774  ABC transporter substrate-binding protein  50.51 
 
 
373 aa  326  4.0000000000000003e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5012  ABC transporter substrate-binding protein  49.7 
 
 
343 aa  323  3e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4899  ABC transporter substrate-binding protein  50.17 
 
 
359 aa  317  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1329  ABC transporter substrate-binding protein  49.83 
 
 
361 aa  317  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal  0.17545 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1169  ABC transporter substrate-binding protein  49.83 
 
 
361 aa  317  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0939824  normal  0.0445222 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4839  ABC transporter substrate-binding protein  48.48 
 
 
366 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.377956  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2686  ABC transporter substrate-binding protein  43.87 
 
 
362 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31110  ABC transporter substrate binding protein  45.75 
 
 
360 aa  296  4e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3303  putative alkanesulfonate ABC transporter, substrate binding protein  48.73 
 
 
355 aa  295  8e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3267  taurine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  46.31 
 
 
356 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471303 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0857  putative nitrate transport protein NrtA  44.3 
 
 
353 aa  281  1e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2516  putative alkanesulfonate ABC transporter, substrate binding protein  40.46 
 
 
344 aa  248  8e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.715691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2902  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  34.94 
 
 
342 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1356  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.26 
 
 
367 aa  124  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.459208  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3147  hypothetical protein  26.17 
 
 
364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.162814 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1920  NMT1/THI5 like domain protein  29.22 
 
 
344 aa  98.6  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1570  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 
353 aa  94  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0526  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.18 
 
 
357 aa  78.2  0.0000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2789  NLPA lipoprotein  29.61 
 
 
360 aa  73.2  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.65 
 
 
333 aa  73.2  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0167  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  28.88 
 
 
385 aa  70.1  0.00000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0041  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.51 
 
 
338 aa  68.9  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.487407 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0049  putative nitrate transport protein NrtA  24.65 
 
 
337 aa  67.4  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0769  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.55 
 
 
354 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  28.24 
 
 
346 aa  65.1  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2986  NMT1/THI5 like domain protein  26.11 
 
 
354 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2375  ABC transporter substrate-binding protein  26.3 
 
 
312 aa  63.5  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1483  ABC transporter substrate-binding protein  27.31 
 
 
330 aa  63.5  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4931  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  27.35 
 
 
325 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.24 
 
 
346 aa  60.5  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  28.7 
 
 
669 aa  60.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 
341 aa  60.1  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30906  predicted protein  25.09 
 
 
339 aa  59.7  0.00000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.407472  normal  0.0307188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2403  ABC transporter nitrate-binding protein  24.09 
 
 
462 aa  59.7  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0310148  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0260  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 
331 aa  59.3  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.388479  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1901  twin-arginine translocation pathway signal  19.77 
 
 
321 aa  58.9  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00273857  hitchhiker  0.00000000000094829 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2402  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  24.49 
 
 
347 aa  58.9  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.150141  normal  0.561383 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2778  NMT1/THI5 like domain protein  25.86 
 
 
325 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  24.91 
 
 
486 aa  58.9  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.57 
 
 
338 aa  58.5  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0097  NLPA lipoprotein  26.43 
 
 
328 aa  58.2  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2205  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  24.86 
 
 
332 aa  58.5  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142056  normal  0.465742 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4888  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  27.27 
 
 
339 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108184  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  25.11 
 
 
529 aa  57.8  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2617  ABC transporter nitrate-binding protein  26.41 
 
 
454 aa  57.4  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0708468 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4663  ABC transporter nitrate-binding protein  24.75 
 
 
453 aa  57  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0646  ABC transporter, substrate-binding protein  25.65 
 
 
311 aa  56.6  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.714673  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2299  ABC transporter, substrate-binding protein  25.65 
 
 
311 aa  56.2  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0813032 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2054  twin-arginine translocation pathway signal  24.09 
 
 
462 aa  56.2  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3521  bicarbonate transport system substrate-binding protein  22.64 
 
 
457 aa  56.2  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  24.11 
 
 
343 aa  56.2  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1307  ABC transporter nitrate-binding protein  24.41 
 
 
453 aa  55.8  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.870256  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7630  hypothetical protein  22.87 
 
 
363 aa  55.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.958132  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1032  putative aliphatic sulfonate binding protein precursor  23.44 
 
 
327 aa  55.8  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  25.39 
 
 
668 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1148  ABC transporter nitrate-binding protein  24.41 
 
 
453 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294193  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3542  NLPA lipoprotein  24.82 
 
 
313 aa  55.8  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.295467  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  25.21 
 
 
340 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  22.79 
 
 
456 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5156  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.76 
 
 
350 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1647  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  22.95 
 
 
324 aa  55.1  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1981  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.11 
 
 
335 aa  55.1  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0169392  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2596  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  24.62 
 
 
457 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  26.29 
 
 
342 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 
341 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1820  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  23.78 
 
 
327 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0997  ABC transporter nitrate-binding protein  23.25 
 
 
457 aa  54.7  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  23.53 
 
 
657 aa  54.3  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  22.51 
 
 
371 aa  54.3  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  29.37 
 
 
364 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  22.88 
 
 
344 aa  54.3  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3777  hypothetical protein  23.02 
 
 
331 aa  53.9  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  25.57 
 
 
361 aa  53.9  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  22.32 
 
 
457 aa  53.1  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2172  putative nitrate transporter component, nrtA  22.92 
 
 
460 aa  53.1  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.210639  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0036  NlpA lipoprotein  25.64 
 
 
323 aa  53.5  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2612  hypothetical protein  26.45 
 
 
347 aa  53.1  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0016523  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  26.36 
 
 
346 aa  53.1  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4148  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  25.51 
 
 
326 aa  53.1  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.193725  normal  0.38818 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0308  twin-arginine translocation pathway signal  23.75 
 
 
414 aa  53.1  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0586  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  26.29 
 
 
309 aa  52.8  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.891954  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  28.76 
 
 
364 aa  52.8  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.91 
 
 
346 aa  52.8  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  25.32 
 
 
360 aa  52.8  0.000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0292  ABC transporter nitrate-binding protein  22.87 
 
 
451 aa  52.8  0.000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>