257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4459 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4593  NMT1/THI5 like domain protein  100 
 
 
335 aa  687    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4459  NMT1/THI5 like domain protein  100 
 
 
335 aa  687    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0725563  normal  0.370588 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2219  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  89.23 
 
 
341 aa  612  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0766615  normal  0.160433 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4112  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  85.9 
 
 
344 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.463971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4254  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  85.9 
 
 
344 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000917513  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3263  NMT1/THI5-like domain-containing protein  85.58 
 
 
344 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0622389  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1757  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  85.32 
 
 
346 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.502422  normal  0.0158469 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3678  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  85.81 
 
 
344 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.987849 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4336  NMT1/THI5-like domain-containing protein  84.84 
 
 
344 aa  558  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379972  normal  0.507879 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4151  NMT1/THI5-like domain-containing protein  85.16 
 
 
344 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  0.147422 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3869  NMT1/THI5 like domain protein  70.82 
 
 
337 aa  497  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.478553  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5617  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system periplasmic component  59.93 
 
 
368 aa  401  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.415554 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2165  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  48.48 
 
 
345 aa  342  4e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2671  NMT1/THI5 like domain protein  53.85 
 
 
367 aa  340  2e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0117  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.19 
 
 
347 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5012  ABC transporter substrate-binding protein  48.97 
 
 
343 aa  332  7.000000000000001e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2774  ABC transporter substrate-binding protein  51.68 
 
 
373 aa  328  6e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4899  ABC transporter substrate-binding protein  49.66 
 
 
359 aa  318  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1329  ABC transporter substrate-binding protein  49.33 
 
 
361 aa  317  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal  0.17545 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1169  ABC transporter substrate-binding protein  49.33 
 
 
361 aa  316  4e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0939824  normal  0.0445222 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4839  ABC transporter substrate-binding protein  47.65 
 
 
366 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.377956  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2686  ABC transporter substrate-binding protein  42.03 
 
 
362 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3303  putative alkanesulfonate ABC transporter, substrate binding protein  50.84 
 
 
355 aa  298  8e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31110  ABC transporter substrate binding protein  44.78 
 
 
360 aa  282  5.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3267  taurine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  44.59 
 
 
356 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471303 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0857  putative nitrate transport protein NrtA  43.53 
 
 
353 aa  280  3e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2516  putative alkanesulfonate ABC transporter, substrate binding protein  41.14 
 
 
344 aa  249  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.715691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2902  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  36.07 
 
 
342 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1356  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  30.07 
 
 
367 aa  124  3e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.459208  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3147  hypothetical protein  25.84 
 
 
364 aa  110  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.162814 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1920  NMT1/THI5 like domain protein  30.59 
 
 
344 aa  101  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1570  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 
353 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0049  putative nitrate transport protein NrtA  27.46 
 
 
337 aa  77.4  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0526  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.09 
 
 
357 aa  73.6  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  29.17 
 
 
346 aa  72  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  24.83 
 
 
333 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0041  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.09 
 
 
338 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.487407 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2789  NLPA lipoprotein  30.49 
 
 
360 aa  70.1  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.63 
 
 
346 aa  68.2  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0167  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  28.14 
 
 
385 aa  67.8  0.0000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2375  ABC transporter substrate-binding protein  25.69 
 
 
312 aa  67.4  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0769  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.25 
 
 
354 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1483  ABC transporter substrate-binding protein  26.41 
 
 
330 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2986  NMT1/THI5 like domain protein  26.55 
 
 
354 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4931  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  27.8 
 
 
325 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  29.32 
 
 
341 aa  62.4  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4888  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  28.31 
 
 
339 aa  62  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108184  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  30.52 
 
 
337 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5156  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.93 
 
 
350 aa  60.1  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0260  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 
331 aa  60.1  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.388479  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2205  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.11 
 
 
332 aa  59.7  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142056  normal  0.465742 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0646  ABC transporter, substrate-binding protein  26.32 
 
 
311 aa  59.7  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.714673  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2299  ABC transporter, substrate-binding protein  26.32 
 
 
311 aa  59.3  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0813032 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1981  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.84 
 
 
335 aa  58.9  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0169392  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  29.71 
 
 
364 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.22 
 
 
338 aa  57.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1170  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.67 
 
 
356 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0662412  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
341 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4355  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  24.5 
 
 
334 aa  58.2  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.0000418029  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  28.49 
 
 
340 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  23.95 
 
 
371 aa  58.2  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1647  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  23.05 
 
 
324 aa  57.4  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  29.71 
 
 
337 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  29.71 
 
 
337 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  29.71 
 
 
337 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  29.71 
 
 
337 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  29.71 
 
 
337 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  29.71 
 
 
337 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  26.89 
 
 
349 aa  57  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  24.11 
 
 
343 aa  56.6  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30906  predicted protein  24.63 
 
 
339 aa  57  0.0000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.407472  normal  0.0307188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2778  NMT1/THI5 like domain protein  26.17 
 
 
325 aa  57  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  27.41 
 
 
349 aa  56.6  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1079  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.23 
 
 
333 aa  56.6  0.0000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0298231  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  27.83 
 
 
669 aa  56.6  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  26.63 
 
 
361 aa  56.2  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7630  hypothetical protein  21.58 
 
 
363 aa  56.2  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.958132  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  22.96 
 
 
344 aa  56.2  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2612  hypothetical protein  26.19 
 
 
347 aa  55.8  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0016523  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  30.16 
 
 
364 aa  55.8  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  27.87 
 
 
342 aa  55.8  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.87 
 
 
334 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 
347 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  23.36 
 
 
529 aa  55.8  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2932  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  24.01 
 
 
346 aa  55.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.83 
 
 
346 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  26.25 
 
 
346 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1032  putative aliphatic sulfonate binding protein precursor  23.96 
 
 
327 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1901  twin-arginine translocation pathway signal  20 
 
 
321 aa  54.7  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00273857  hitchhiker  0.00000000000094829 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3067  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  27.12 
 
 
336 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal  0.352902 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  24.47 
 
 
334 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  24.47 
 
 
334 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000866  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter substrate-binding component  26.27 
 
 
316 aa  54.3  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06841  nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components  25.6 
 
 
337 aa  54.3  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  28.46 
 
 
332 aa  53.9  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  23.55 
 
 
486 aa  53.9  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.24 
 
 
344 aa  53.5  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0097  NLPA lipoprotein  26.34 
 
 
328 aa  53.5  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 
347 aa  53.5  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2402  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  24.49 
 
 
347 aa  53.1  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.150141  normal  0.561383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>