219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3869 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3869  NMT1/THI5 like domain protein  100 
 
 
337 aa  687    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.478553  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4593  NMT1/THI5 like domain protein  70.82 
 
 
335 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4459  NMT1/THI5 like domain protein  70.82 
 
 
335 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0725563  normal  0.370588 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2219  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  69.72 
 
 
341 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0766615  normal  0.160433 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4112  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  71.92 
 
 
344 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.463971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4254  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  71.92 
 
 
344 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000917513  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1757  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  71.58 
 
 
346 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.502422  normal  0.0158469 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3263  NMT1/THI5-like domain-containing protein  71.58 
 
 
344 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0622389  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4336  NMT1/THI5-like domain-containing protein  71.92 
 
 
344 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379972  normal  0.507879 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3678  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  70.89 
 
 
344 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.987849 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4151  NMT1/THI5-like domain-containing protein  70.21 
 
 
344 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  0.147422 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5617  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system periplasmic component  60.61 
 
 
368 aa  419  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.415554 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2165  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  48.18 
 
 
345 aa  338  9e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0117  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.16 
 
 
347 aa  334  1e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2671  NMT1/THI5 like domain protein  52.84 
 
 
367 aa  324  1e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5012  ABC transporter substrate-binding protein  50 
 
 
343 aa  322  5e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2774  ABC transporter substrate-binding protein  52.01 
 
 
373 aa  322  6e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1329  ABC transporter substrate-binding protein  51.34 
 
 
361 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal  0.17545 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4899  ABC transporter substrate-binding protein  50.67 
 
 
359 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1169  ABC transporter substrate-binding protein  50.16 
 
 
361 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0939824  normal  0.0445222 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4839  ABC transporter substrate-binding protein  48.32 
 
 
366 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.377956  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2686  ABC transporter substrate-binding protein  43.06 
 
 
362 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31110  ABC transporter substrate binding protein  48.14 
 
 
360 aa  291  7e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0857  putative nitrate transport protein NrtA  42.81 
 
 
353 aa  286  5e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3303  putative alkanesulfonate ABC transporter, substrate binding protein  49.5 
 
 
355 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3267  taurine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  45.24 
 
 
356 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471303 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2516  putative alkanesulfonate ABC transporter, substrate binding protein  42.14 
 
 
344 aa  247  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.715691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2902  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  37.01 
 
 
342 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1356  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.16 
 
 
367 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.459208  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1920  NMT1/THI5 like domain protein  29.68 
 
 
344 aa  100  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3147  hypothetical protein  25.17 
 
 
364 aa  95.5  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.162814 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1570  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 
353 aa  92  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0526  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  26.04 
 
 
357 aa  77.8  0.0000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2789  NLPA lipoprotein  30.49 
 
 
360 aa  70.1  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0041  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.23 
 
 
338 aa  67.4  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.487407 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0167  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  25.37 
 
 
385 aa  66.2  0.0000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  33.49 
 
 
364 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0260  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 
331 aa  63.5  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.388479  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  33.49 
 
 
337 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  33.49 
 
 
337 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  33.49 
 
 
337 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  33.49 
 
 
337 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  33.49 
 
 
337 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  33.49 
 
 
337 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  33.65 
 
 
337 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3972  ABC transporter nitrate-binding protein  25.74 
 
 
471 aa  61.6  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.338423  normal  0.174767 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0769  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.61 
 
 
354 aa  59.7  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4931  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  26.94 
 
 
325 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  21.07 
 
 
333 aa  58.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2986  NMT1/THI5 like domain protein  32.79 
 
 
354 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3067  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  26.83 
 
 
336 aa  57.4  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal  0.352902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2375  ABC transporter substrate-binding protein  26.42 
 
 
312 aa  57.4  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 
341 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  24.91 
 
 
371 aa  57  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0292  ABC transporter nitrate-binding protein  24.01 
 
 
451 aa  57  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  23.66 
 
 
457 aa  57  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0049  putative nitrate transport protein NrtA  22.81 
 
 
337 aa  57  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06841  nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components  23.65 
 
 
337 aa  56.6  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  24.54 
 
 
340 aa  56.6  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  24.17 
 
 
343 aa  56.2  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5156  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.11 
 
 
350 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2402  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  23.92 
 
 
347 aa  55.8  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.150141  normal  0.561383 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0520  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.3 
 
 
323 aa  55.5  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2299  ABC transporter, substrate-binding protein  24.57 
 
 
311 aa  55.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0813032 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0646  ABC transporter, substrate-binding protein  24.3 
 
 
311 aa  54.7  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.714673  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.67 
 
 
346 aa  55.1  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  24.51 
 
 
344 aa  54.7  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0997  ABC transporter nitrate-binding protein  24.1 
 
 
457 aa  54.3  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000866  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter substrate-binding component  25.9 
 
 
316 aa  54.3  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  25.23 
 
 
346 aa  53.5  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1186  taurine ABC transporter, taurine-binding protein  29.15 
 
 
319 aa  53.9  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.217841  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1148  ABC transporter nitrate-binding protein  24.51 
 
 
453 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294193  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  25.79 
 
 
361 aa  53.9  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1307  ABC transporter nitrate-binding protein  24.51 
 
 
453 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.870256  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1089  taurine ABC transporter, taurine-binding protein  29.15 
 
 
319 aa  53.9  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  27.78 
 
 
349 aa  53.5  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
347 aa  53.5  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  26.42 
 
 
342 aa  53.5  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2205  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  24.06 
 
 
332 aa  53.5  0.000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142056  normal  0.465742 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  24.43 
 
 
348 aa  53.1  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2172  putative nitrate transporter component, nrtA  23.79 
 
 
460 aa  53.1  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.210639  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  27.78 
 
 
349 aa  53.5  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1079  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  24.68 
 
 
333 aa  52.8  0.000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0298231  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  25.81 
 
 
345 aa  52.8  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4355  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  21.97 
 
 
334 aa  52.8  0.000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.0000418029  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1981  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.11 
 
 
335 aa  52  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0169392  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1483  ABC transporter substrate-binding protein  25.42 
 
 
330 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 
341 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3777  hypothetical protein  23.14 
 
 
331 aa  52  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0437  extracellular solute-binding protein family 3  23.86 
 
 
319 aa  51.2  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0271798  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1642  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  24.89 
 
 
335 aa  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456194  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0925  NMT1/THI5 like domain protein  26.01 
 
 
311 aa  51.2  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0676609  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0308  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 
414 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  24.58 
 
 
456 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7630  hypothetical protein  21.89 
 
 
363 aa  51.2  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.958132  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.35 
 
 
345 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4663  ABC transporter nitrate-binding protein  25.22 
 
 
453 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0586  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.79 
 
 
309 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.891954  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08009  thiamine biosynthesis protein (Eurofung)  25.82 
 
 
341 aa  50.8  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.504438  normal  0.187766 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2782  NLPA lipoprotein  26.52 
 
 
319 aa  50.8  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0743027  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>