97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3267 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3267  taurine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 		 356 aa  735    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471303 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31110  ABC transporter substrate binding protein  76.64 
 
 		 360 aa  507  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4839  ABC transporter substrate-binding protein  51.01 
 
 		 366 aa  298  7e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.377956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0117  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.81 
 
 		 347 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0857  putative nitrate transport protein NrtA  48.15 
 
 		 353 aa  295  1e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2165  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  48.65 
 
 		 345 aa  293  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4336  NMT1/THI5-like domain-containing protein  47.19 
 
 		 344 aa  293  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379972  normal  0.507879 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3263  NMT1/THI5-like domain-containing protein  47.19 
 
 		 344 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0622389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1757  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  46.86 
 
 		 346 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.502422  normal  0.0158469 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5012  ABC transporter substrate-binding protein  49.66 
 
 		 343 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3678  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  46.53 
 
 		 344 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.987849 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4112  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  46.86 
 
 		 344 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.463971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4254  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  46.86 
 
 		 344 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000917513  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4151  NMT1/THI5-like domain-containing protein  46.2 
 
 		 344 aa  288  9e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  0.147422 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2774  ABC transporter substrate-binding protein  45.57 
 
 		 373 aa  288  9e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2219  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  42.66 
 
 		 341 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0766615  normal  0.160433 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2686  ABC transporter substrate-binding protein  46.13 
 
 		 362 aa  286  5e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3303  putative alkanesulfonate ABC transporter, substrate binding protein  47.65 
 
 		 355 aa  285  7e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4459  NMT1/THI5 like domain protein  44.59 
 
 		 335 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0725563  normal  0.370588 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4593  NMT1/THI5 like domain protein  44.59 
 
 		 335 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1329  ABC transporter substrate-binding protein  48.99 
 
 		 361 aa  281  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal  0.17545 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1169  ABC transporter substrate-binding protein  48.99 
 
 		 361 aa  280  4e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0939824  normal  0.0445222 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3869  NMT1/THI5 like domain protein  45.24 
 
 		 337 aa  278  9e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.478553  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4899  ABC transporter substrate-binding protein  47.97 
 
 		 359 aa  275  6e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2671  NMT1/THI5 like domain protein  46.13 
 
 		 367 aa  272  7e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5617  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system periplasmic component  41.72 
 
 		 368 aa  242  9e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.415554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2516  putative alkanesulfonate ABC transporter, substrate binding protein  40.77 
 
 		 344 aa  218  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.715691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2902  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  34.22 
 
 		 342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1356  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.18 
 
 		 367 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.459208  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3147  hypothetical protein  29.97 
 
 		 364 aa  106  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.162814 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1570  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 353 aa  74.3  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0526  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  26.12 
 
 		 357 aa  73.2  0.000000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1920  NMT1/THI5 like domain protein  25.23 
 
 		 344 aa  71.6  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5441  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  23.83 
 
 		 329 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.558403 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5731  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  23.83 
 
 		 329 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5352  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  23.83 
 
 		 329 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  23.17 
 
 		 486 aa  61.2  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0049  putative nitrate transport protein NrtA  25.97 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  24.49 
 
 		 349 aa  55.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  24.49 
 
 		 349 aa  55.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34350  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  24.29 
 
 		 297 aa  54.3  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0292  ABC transporter nitrate-binding protein  23.85 
 
 		 451 aa  54.3  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.79 
 
 		 338 aa  54.3  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3487  putative nitrate transporter component, nrtA  24.2 
 
 		 464 aa  52.4  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2802  NLPA lipoprotein  25.66 
 
 		 327 aa  52.4  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000138117  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3972  ABC transporter nitrate-binding protein  23.66 
 
 		 471 aa  52.8  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.338423  normal  0.174767 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2172  putative nitrate transporter component, nrtA  23.94 
 
 		 460 aa  52.4  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.210639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0997  ABC transporter nitrate-binding protein  23.79 
 
 		 457 aa  51.6  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4331  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.43 
 
 		 330 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1483  ABC transporter substrate-binding protein  26.95 
 
 		 330 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  23.67 
 
 		 349 aa  50.4  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2589  putative nitrate transporter component  22.31 
 
 		 475 aa  50.4  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200575 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  27.39 
 
 		 343 aa  50.4  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  24.28 
 
 		 657 aa  50.1  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  25 
 
 		 333 aa  49.7  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 347 aa  49.3  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1032  putative aliphatic sulfonate binding protein precursor  25.93 
 
 		 327 aa  48.9  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  23.72 
 
 		 456 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0167  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.25 
 
 		 385 aa  48.1  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0105  NMT1/THI5 like domain protein  29.76 
 
 		 314 aa  47.8  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.318497  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1025  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  27.23 
 
 		 667 aa  47.8  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.129474 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1307  ABC transporter nitrate-binding protein  23.81 
 
 		 453 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.870256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2205  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  23.23 
 
 		 332 aa  47.8  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142056  normal  0.465742 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1148  ABC transporter nitrate-binding protein  23.81 
 
 		 453 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294193  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3062  hypothetical protein  24.68 
 
 		 330 aa  47.8  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3774  putative nitrate transporter component, NrtA  23.14 
 
 		 454 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.944319  normal  0.102556 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 347 aa  47.4  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2859  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.95 
 
 		 317 aa  47.4  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.23743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  26.26 
 
 		 371 aa  47.4  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4663  ABC transporter nitrate-binding protein  23.81 
 
 		 453 aa  47  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1047  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 322 aa  47  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2720  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 325 aa  46.6  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5981  ABC transporter substrate-binding protein  22.59 
 
 		 311 aa  45.4  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.409896 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2673  putative ABC transporter, substrate binding protein  24.83 
 
 		 326 aa  45.8  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.416834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  24.24 
 
 		 345 aa  45.8  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2131  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.98 
 
 		 319 aa  45.8  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.603164  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0288  NMT1/THI5 like domain protein  22.92 
 
 		 327 aa  45.8  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.133462  hitchhiker  0.0000957197 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.39 
 
 		 345 aa  45.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7630  hypothetical protein  31.14 
 
 		 363 aa  44.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.958132  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1836  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transport systems, periplasmic component  20.6 
 
 		 340 aa  45.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2120  hypothetical protein  23.57 
 
 		 326 aa  44.7  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2789  NLPA lipoprotein  24.6 
 
 		 360 aa  44.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1466  hypothetical protein  22.9 
 
 		 322 aa  45.1  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0764811  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2283  NLPA lipoprotein  26.14 
 
 		 341 aa  44.3  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000054697  unclonable  0.00000000025197 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3147  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.01 
 
 		 344 aa  44.3  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1738  hypothetical protein  22.9 
 
 		 322 aa  43.9  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0611482  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1170  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.71 
 
 		 356 aa  43.9  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0662412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 		 340 aa  43.9  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4526  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.08 
 
 		 336 aa  43.9  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.600337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.71 
 
 		 345 aa  43.5  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0889  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  24.07 
 
 		 390 aa  43.5  0.006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.390575  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  21.83 
 
 		 332 aa  43.1  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  24.7 
 
 		 529 aa  43.1  0.008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  23.87 
 
 		 346 aa  43.1  0.008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  24.19 
 
 		 348 aa  42.7  0.009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4784  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.44 
 
 		 327 aa  42.7  0.01  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000265162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2054  twin-arginine translocation pathway signal  21.76 
 
 		 462 aa  42.7  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>