More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5012 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5012  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
343 aa  695    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1329  ABC transporter substrate-binding protein  56 
 
 
361 aa  349  3e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal  0.17545 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1169  ABC transporter substrate-binding protein  55.69 
 
 
361 aa  347  2e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0939824  normal  0.0445222 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4899  ABC transporter substrate-binding protein  53.63 
 
 
359 aa  342  7e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4839  ABC transporter substrate-binding protein  55.33 
 
 
366 aa  341  1e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.377956  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2774  ABC transporter substrate-binding protein  56.29 
 
 
373 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3678  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  52.61 
 
 
344 aa  328  6e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.987849 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4336  NMT1/THI5-like domain-containing protein  52.29 
 
 
344 aa  324  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379972  normal  0.507879 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3303  putative alkanesulfonate ABC transporter, substrate binding protein  53.31 
 
 
355 aa  324  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2671  NMT1/THI5 like domain protein  53 
 
 
367 aa  323  2e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1757  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  51.96 
 
 
346 aa  323  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.502422  normal  0.0158469 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4151  NMT1/THI5-like domain-containing protein  51.96 
 
 
344 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  0.147422 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2219  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  49.7 
 
 
341 aa  323  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0766615  normal  0.160433 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3263  NMT1/THI5-like domain-containing protein  51.63 
 
 
344 aa  322  5e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0622389  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2686  ABC transporter substrate-binding protein  46.59 
 
 
362 aa  322  8e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4112  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  51.31 
 
 
344 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.463971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4254  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  51.31 
 
 
344 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000917513  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4459  NMT1/THI5 like domain protein  51.68 
 
 
335 aa  319  5e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0725563  normal  0.370588 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4593  NMT1/THI5 like domain protein  51.68 
 
 
335 aa  319  5e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0117  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.76 
 
 
347 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2165  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  50 
 
 
345 aa  317  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3869  NMT1/THI5 like domain protein  51.34 
 
 
337 aa  313  3.9999999999999997e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.478553  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31110  ABC transporter substrate binding protein  48.34 
 
 
360 aa  303  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3267  taurine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  49.66 
 
 
356 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471303 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0857  putative nitrate transport protein NrtA  45.72 
 
 
353 aa  275  6e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5617  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system periplasmic component  41.45 
 
 
368 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.415554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2516  putative alkanesulfonate ABC transporter, substrate binding protein  38.44 
 
 
344 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.715691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2902  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  35.86 
 
 
342 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1356  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.93 
 
 
367 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.459208  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3147  hypothetical protein  30.99 
 
 
364 aa  133  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.162814 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1570  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
353 aa  96.3  6e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1920  NMT1/THI5 like domain protein  25.34 
 
 
344 aa  93.6  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5352  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.55 
 
 
329 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5731  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.55 
 
 
329 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5441  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.55 
 
 
329 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.558403 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0049  putative nitrate transport protein NrtA  27.15 
 
 
337 aa  79  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0167  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  30.5 
 
 
385 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0526  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.68 
 
 
357 aa  77.8  0.0000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  35.4 
 
 
333 aa  72.8  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 
347 aa  70.1  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  32.05 
 
 
349 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  27.31 
 
 
360 aa  68.9  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  30.8 
 
 
349 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  32.26 
 
 
364 aa  67.4  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  30.43 
 
 
349 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 
347 aa  67  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.83 
 
 
338 aa  67  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1129  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.09 
 
 
333 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  25.2 
 
 
343 aa  65.5  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0260  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
331 aa  64.3  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.388479  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1144  NMT1/THI5 like domain protein  24.23 
 
 
357 aa  63.2  0.000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144377  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3147  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.1 
 
 
344 aa  63.2  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1981  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  30.11 
 
 
335 aa  62.8  0.000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0169392  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  28.96 
 
 
657 aa  62.4  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  25.51 
 
 
334 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  25.51 
 
 
334 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 
340 aa  61.6  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1237  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  30.63 
 
 
659 aa  60.8  0.00000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4526  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.1 
 
 
336 aa  60.5  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.600337  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1032  putative aliphatic sulfonate binding protein precursor  25 
 
 
327 aa  60.5  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  26.69 
 
 
371 aa  60.1  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  26.22 
 
 
332 aa  60.1  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2789  NLPA lipoprotein  32.26 
 
 
360 aa  59.7  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2172  putative nitrate transporter component, nrtA  27.44 
 
 
460 aa  59.7  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.210639  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  28.02 
 
 
345 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  27.57 
 
 
340 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1901  twin-arginine translocation pathway signal  23.05 
 
 
321 aa  58.9  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00273857  hitchhiker  0.00000000000094829 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1483  ABC transporter substrate-binding protein  27.08 
 
 
330 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  26.29 
 
 
348 aa  58.9  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.02 
 
 
345 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2782  NLPA lipoprotein  29.45 
 
 
319 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0743027  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0851  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.35 
 
 
328 aa  58.5  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0219644  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.76 
 
 
345 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.27 
 
 
344 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2205  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  23.62 
 
 
332 aa  58.5  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142056  normal  0.465742 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  25.3 
 
 
529 aa  57.8  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  26.52 
 
 
342 aa  57.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4355  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  25.85 
 
 
334 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.0000418029  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5156  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.45 
 
 
350 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1973  NLPA lipoprotein  23.45 
 
 
335 aa  57  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000524772  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.35 
 
 
346 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  24.27 
 
 
328 aa  56.6  0.0000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 
336 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1647  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  25.91 
 
 
324 aa  56.2  0.0000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  28.09 
 
 
344 aa  56.2  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
341 aa  56.2  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0436  NMT1/THI5 like protein  24.91 
 
 
316 aa  55.8  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  23.11 
 
 
457 aa  55.5  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  24.91 
 
 
340 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
341 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0288  NMT1/THI5 like domain protein  26.7 
 
 
327 aa  55.8  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.133462  hitchhiker  0.0000957197 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2645  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  28.76 
 
 
320 aa  55.5  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  25.77 
 
 
346 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0451  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.91 
 
 
316 aa  55.8  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2673  putative ABC transporter, substrate binding protein  29.55 
 
 
326 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.416834  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1186  taurine ABC transporter, taurine-binding protein  27.51 
 
 
319 aa  54.7  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.217841  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0997  ABC transporter nitrate-binding protein  25.27 
 
 
457 aa  54.7  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1089  taurine ABC transporter, taurine-binding protein  27.51 
 
 
319 aa  54.7  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  27.12 
 
 
349 aa  55.1  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3542  NLPA lipoprotein  33.77 
 
 
313 aa  55.1  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.295467  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>