222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3678 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_3263  NMT1/THI5-like domain-containing protein  95.35 
 
 
344 aa  650    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0622389  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4151  NMT1/THI5-like domain-containing protein  98.84 
 
 
344 aa  699    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  0.147422 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4112  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  95.06 
 
 
344 aa  648    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.463971  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3678  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  100 
 
 
344 aa  707    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.987849 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4254  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  95.06 
 
 
344 aa  648    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000917513  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1757  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  96.05 
 
 
346 aa  627  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.502422  normal  0.0158469 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4336  NMT1/THI5-like domain-containing protein  93.6 
 
 
344 aa  627  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379972  normal  0.507879 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2219  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  87.16 
 
 
341 aa  609  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0766615  normal  0.160433 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4459  NMT1/THI5 like domain protein  85.02 
 
 
335 aa  559  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0725563  normal  0.370588 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4593  NMT1/THI5 like domain protein  85.02 
 
 
335 aa  559  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3869  NMT1/THI5 like domain protein  67.39 
 
 
337 aa  460  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.478553  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5617  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system periplasmic component  57.32 
 
 
368 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.415554 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2165  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  48.56 
 
 
345 aa  344  1e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5012  ABC transporter substrate-binding protein  52.41 
 
 
343 aa  343  2e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0117  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.17 
 
 
347 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2671  NMT1/THI5 like domain protein  52.17 
 
 
367 aa  333  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2774  ABC transporter substrate-binding protein  51.84 
 
 
373 aa  332  6e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4899  ABC transporter substrate-binding protein  51.84 
 
 
359 aa  328  8e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1329  ABC transporter substrate-binding protein  51.5 
 
 
361 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal  0.17545 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1169  ABC transporter substrate-binding protein  51.5 
 
 
361 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0939824  normal  0.0445222 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4839  ABC transporter substrate-binding protein  50.34 
 
 
366 aa  325  7e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.377956  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2686  ABC transporter substrate-binding protein  43.02 
 
 
362 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31110  ABC transporter substrate binding protein  46.73 
 
 
360 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3303  putative alkanesulfonate ABC transporter, substrate binding protein  49.4 
 
 
355 aa  300  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3267  taurine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  45.81 
 
 
356 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471303 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0857  putative nitrate transport protein NrtA  43.85 
 
 
353 aa  273  2.0000000000000002e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2516  putative alkanesulfonate ABC transporter, substrate binding protein  41.14 
 
 
344 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.715691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2902  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  36.14 
 
 
342 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1356  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.57 
 
 
367 aa  123  5e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.459208  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3147  hypothetical protein  25.42 
 
 
364 aa  109  9.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.162814 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1920  NMT1/THI5 like domain protein  29.36 
 
 
344 aa  97.8  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1570  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 
353 aa  87  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0526  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.18 
 
 
357 aa  77.4  0.0000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.31 
 
 
333 aa  76.3  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2789  NLPA lipoprotein  29.61 
 
 
360 aa  70.5  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  24.41 
 
 
346 aa  68.6  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0049  putative nitrate transport protein NrtA  25.78 
 
 
337 aa  68.6  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0769  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.87 
 
 
354 aa  66.2  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4931  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  28.7 
 
 
325 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2172  putative nitrate transporter component, nrtA  25.42 
 
 
460 aa  64.3  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.210639  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0167  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  26.84 
 
 
385 aa  63.5  0.000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2986  NMT1/THI5 like domain protein  33.88 
 
 
354 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.84 
 
 
346 aa  62.4  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  29.13 
 
 
669 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  24.58 
 
 
343 aa  61.6  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
341 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0041  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.91 
 
 
338 aa  59.7  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.487407 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  24.57 
 
 
457 aa  59.7  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
341 aa  58.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0997  ABC transporter nitrate-binding protein  23.28 
 
 
457 aa  58.9  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  28.24 
 
 
340 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2403  ABC transporter nitrate-binding protein  25 
 
 
462 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0310148  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1483  ABC transporter substrate-binding protein  25.21 
 
 
330 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2205  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.89 
 
 
332 aa  58.2  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142056  normal  0.465742 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.92 
 
 
338 aa  58.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  25.83 
 
 
433 aa  58.2  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0260  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 
331 aa  58.2  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.388479  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2375  ABC transporter substrate-binding protein  25.53 
 
 
312 aa  58.5  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2778  NMT1/THI5 like domain protein  26.2 
 
 
325 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  26.63 
 
 
342 aa  57.4  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7630  hypothetical protein  24.02 
 
 
363 aa  57  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.958132  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  24.71 
 
 
486 aa  56.6  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  26.84 
 
 
361 aa  56.2  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  25.53 
 
 
529 aa  56.2  0.0000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  25.78 
 
 
668 aa  56.2  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1032  putative aliphatic sulfonate binding protein precursor  22.75 
 
 
327 aa  56.2  0.0000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  23.32 
 
 
371 aa  55.8  0.0000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
347 aa  55.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0646  ABC transporter, substrate-binding protein  26.39 
 
 
311 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.714673  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30906  predicted protein  23.78 
 
 
339 aa  55.8  0.000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.407472  normal  0.0307188 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_36967  predicted protein  28.46 
 
 
307 aa  55.8  0.000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.177714  normal  0.228714 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2299  ABC transporter, substrate-binding protein  26.39 
 
 
311 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0813032 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  24.44 
 
 
657 aa  55.1  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  24.63 
 
 
344 aa  55.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0097  NLPA lipoprotein  26.69 
 
 
328 aa  54.7  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2054  twin-arginine translocation pathway signal  24.16 
 
 
462 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.46 
 
 
331 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  26.18 
 
 
349 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3972  ABC transporter nitrate-binding protein  22.87 
 
 
471 aa  55.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.338423  normal  0.174767 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  26.18 
 
 
349 aa  54.3  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.5 
 
 
346 aa  54.3  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  26.14 
 
 
334 aa  53.9  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1901  twin-arginine translocation pathway signal  20.57 
 
 
321 aa  53.9  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00273857  hitchhiker  0.00000000000094829 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1144  NMT1/THI5 like domain protein  21.79 
 
 
357 aa  53.9  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144377  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  27.86 
 
 
337 aa  53.9  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0292  ABC transporter nitrate-binding protein  23.48 
 
 
451 aa  53.9  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  26.14 
 
 
334 aa  53.9  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1134  NMT1/THI5 like domain protein  22.6 
 
 
365 aa  53.5  0.000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.334038 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  27.78 
 
 
364 aa  53.5  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  26.27 
 
 
346 aa  53.5  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2617  ABC transporter nitrate-binding protein  26.84 
 
 
454 aa  53.5  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0708468 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4663  ABC transporter nitrate-binding protein  24.07 
 
 
453 aa  53.5  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  27.86 
 
 
364 aa  53.1  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  22.82 
 
 
347 aa  53.1  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  26.77 
 
 
332 aa  53.1  0.000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  24.34 
 
 
348 aa  52.8  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1307  ABC transporter nitrate-binding protein  24.07 
 
 
453 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.870256  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5415  putative nitrate ABC transporter (substrate-binding protein) (ntrA-like protein)  25.28 
 
 
461 aa  52.8  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411292  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1148  ABC transporter nitrate-binding protein  23.91 
 
 
453 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294193  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  27.86 
 
 
337 aa  52.8  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>