266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2054 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1148  ABC transporter nitrate-binding protein  68.61 
 
 
453 aa  692    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294193  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1307  ABC transporter nitrate-binding protein  68.61 
 
 
453 aa  695    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.870256  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2054  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
462 aa  962    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2617  ABC transporter nitrate-binding protein  68.55 
 
 
454 aa  650    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0708468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5415  putative nitrate ABC transporter (substrate-binding protein) (ntrA-like protein)  72.94 
 
 
461 aa  739    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411292  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4663  ABC transporter nitrate-binding protein  68.61 
 
 
453 aa  680    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2403  ABC transporter nitrate-binding protein  91.34 
 
 
462 aa  879    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0310148  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  70.56 
 
 
456 aa  677    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2589  putative nitrate transporter component  62.29 
 
 
475 aa  614  9.999999999999999e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200575 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  59.78 
 
 
457 aa  604  1.0000000000000001e-171  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3487  putative nitrate transporter component, nrtA  60.22 
 
 
464 aa  587  1e-166  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  56.43 
 
 
486 aa  567  1e-160  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0292  ABC transporter nitrate-binding protein  57.17 
 
 
451 aa  563  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3972  ABC transporter nitrate-binding protein  59.2 
 
 
471 aa  562  1.0000000000000001e-159  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.338423  normal  0.174767 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0997  ABC transporter nitrate-binding protein  56.77 
 
 
457 aa  557  1e-157  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3742  twin-arginine translocation pathway signal  55.98 
 
 
467 aa  550  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2172  putative nitrate transporter component, nrtA  52.38 
 
 
460 aa  537  1e-151  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.210639  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3774  putative nitrate transporter component, NrtA  48.88 
 
 
454 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.944319  normal  0.102556 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  52.5 
 
 
529 aa  421  1e-117  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  36.03 
 
 
433 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  36.28 
 
 
423 aa  241  2e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  35.89 
 
 
427 aa  240  4e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  33.01 
 
 
417 aa  239  5e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0999  ABC transporter periplasmic protein  33.87 
 
 
431 aa  236  9e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  34.44 
 
 
467 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  35.52 
 
 
430 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  34.39 
 
 
425 aa  232  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  35.35 
 
 
430 aa  232  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  35.26 
 
 
430 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0258  putative nitrate transporter protein  34.3 
 
 
426 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.753989 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  36.36 
 
 
420 aa  230  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0237  putative nitrate transporter protein  34.3 
 
 
426 aa  230  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2554  twin-arginine translocation pathway signal  34.52 
 
 
414 aa  229  9e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2320  twin-arginine translocation pathway signal  33.66 
 
 
414 aa  228  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2831  twin-arginine translocation pathway signal  33.66 
 
 
414 aa  227  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1392  NO3-/NO2- ABC transporter  34.05 
 
 
417 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3267  twin-arginine translocation pathway signal  32.3 
 
 
414 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159892  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  34.96 
 
 
414 aa  225  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2377  twin-arginine translocation pathway signal  33.25 
 
 
426 aa  224  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3743  twin-arginine translocation pathway signal  34.34 
 
 
431 aa  224  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.869277  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1414  twin-arginine translocation pathway signal  32.37 
 
 
414 aa  224  3e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.922981 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  34.12 
 
 
434 aa  221  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  33.41 
 
 
437 aa  219  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2497  nitrate-binding proteint  33.33 
 
 
418 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.722347  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2590  twin-arginine translocation pathway signal  31.97 
 
 
414 aa  217  4e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0514763 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  34.36 
 
 
414 aa  217  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  33.41 
 
 
432 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2909  nitrate-binding proteint  33.73 
 
 
419 aa  216  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  31.18 
 
 
405 aa  215  9.999999999999999e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  31.85 
 
 
437 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0277  putative nitrate transporter protein  32.45 
 
 
434 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  34.3 
 
 
419 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  32.53 
 
 
415 aa  210  5e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5897  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  31.85 
 
 
432 aa  209  8e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.260088  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2307  hypothetical protein  32.09 
 
 
403 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  33.42 
 
 
407 aa  207  2e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  33.25 
 
 
444 aa  207  3e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  31.46 
 
 
437 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  33.25 
 
 
444 aa  207  3e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  32.93 
 
 
419 aa  207  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3518  hypothetical protein  34.84 
 
 
402 aa  206  7e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2817  ABC transporter nitrate-binding protein (nrtA)  31.76 
 
 
438 aa  206  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2105  hypothetical protein  31.82 
 
 
403 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.498438  hitchhiker  0.00655849 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1785  nitrate-binding protein NasS, putative  32.57 
 
 
403 aa  205  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1605  nitrate-binding protein NasS  33.07 
 
 
421 aa  203  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  32.81 
 
 
442 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4540  twin-arginine translocation pathway signal  34.36 
 
 
440 aa  200  6e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  33.16 
 
 
404 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.77 
 
 
668 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  31.93 
 
 
450 aa  198  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  33.16 
 
 
404 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2958  nitrate transporter  32.32 
 
 
382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23460  nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein ; NasS  32.21 
 
 
440 aa  195  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1969  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transporter, substrate binding protein  32.17 
 
 
457 aa  194  4e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.733899  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1115  putative nitrate transport protein  31.91 
 
 
491 aa  191  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.22 
 
 
669 aa  189  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1968  nitrate transport protein, NrtC like protein  31.47 
 
 
444 aa  189  9e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1025  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  32.72 
 
 
667 aa  188  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.129474 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4676  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.3 
 
 
673 aa  189  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1438  nitrate-binding proteint  33.41 
 
 
432 aa  189  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.28551  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  31.91 
 
 
442 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41480  hypothetical protein  31.63 
 
 
402 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1612  nitrate-binding protein NasS  33.33 
 
 
400 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.837424  hitchhiker  0.00000000179069 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.62 
 
 
668 aa  188  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.62 
 
 
668 aa  188  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3656  twin-arginine translocation pathway signal  28.61 
 
 
427 aa  187  4e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2596  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  33.08 
 
 
457 aa  186  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2598  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.33 
 
 
669 aa  186  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.992008  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03654  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  31.52 
 
 
469 aa  186  8e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3519  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  31.33 
 
 
669 aa  186  9e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4542  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  31.64 
 
 
657 aa  186  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3521  bicarbonate transport system substrate-binding protein  33.08 
 
 
457 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4923  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  32.05 
 
 
668 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.502071 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4527  putative nitrate transport protein  30.87 
 
 
435 aa  183  6e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2580  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.76 
 
 
403 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.457398  hitchhiker  0.00316434 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1490  nitrate transport ATP-binding subunits C and D  30.37 
 
 
663 aa  181  2e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.810592  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2417  putative nitrate transport protein  30.73 
 
 
466 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1084  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  32.86 
 
 
467 aa  181  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1454  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  30.71 
 
 
425 aa  180  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4373  nitrate transport protein, NrtC like protein  28.48 
 
 
461 aa  180  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>